[日本語] English
万見
- PDB-7kd0: Ricin bound to VHH antibody V2C11 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kd0
タイトルRicin bound to VHH antibody V2C11
要素
  • Anti-RON nanobody
  • Ricin chain A
  • Ricin chain B
キーワードTOXIN / Ribosome inactivating protein / VHH antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.768 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Analysis of Toxin-Neutralizing, Single-Domain Antibodies that Bridge Ricin's A-B Subunit Interface.
著者: Rudolph, M.J. / Poon, A.Y. / Kavaliauskiene, S. / Myrann, A.G. / Reynolds-Peterson, C. / Davis, S.A. / Sandvig, K. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ricin chain A
B: Ricin chain B
C: Anti-RON nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,28717
ポリマ－72,7813
非ポリマー2,50614
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area26410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)76.223, 100.817, 129.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin chain A


分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Glycosidase / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Ricin chain B


分子量: 28989.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 1種, 1分子 C

#3: 抗体 Anti-RON nanobody


分子量: 13854.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 5分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 167分子

#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Zinc Acetate, 14% PEG 8,000, 22% Glycerol, 80 mM NaCaco pH 6.5, 3% D+Galactose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.768→50 Å / Num. obs: 26051 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.198 / Χ2: 1.231 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.77-2.822.90.81612420.6850.5410.9850.98795.3
2.82-2.873.70.82212560.720.4840.9590.93498.9
2.87-2.924.50.72712800.7970.3790.8230.98599.6
2.92-2.985.20.70712880.8540.3390.7870.97299.8
2.98-3.055.50.63112930.8750.2920.6970.994100
3.05-3.125.60.512680.90.2290.5520.96599.9
3.12-3.25.60.43713040.9230.20.4820.96899.8
3.2-3.285.60.35212850.9410.1610.3880.99999.6
3.28-3.385.60.33712800.9450.1540.3721.0699.8
3.38-3.495.60.25913060.9650.1170.2851.08199.6
3.49-3.615.60.21112880.9720.0940.2321.1799.8
3.61-3.765.70.19812870.970.0890.2171.6999.7
3.76-3.935.70.16113110.9860.0720.1761.29799.7
3.93-4.145.90.15312840.9860.0680.1681.3799.9
4.14-4.460.12813210.990.0560.141.73299.9
4.4-4.746.20.11313170.9940.0490.1241.658100
4.74-5.216.50.11213180.9940.0480.1221.215100
5.21-5.966.60.12713380.9910.0530.1381.11100
5.96-7.516.50.11913630.9930.050.1291.14799.9
7.51-5060.06814220.9960.030.0751.72298.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AAI, 3EZJ

2aai

3ezj


解像度: 2.768→32.428 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 1339 5.15 %
Rwork0.2071 24637 -
obs0.2095 25976 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.62 Å2 / Biso mean: 43.3933 Å2 / Biso min: 9.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.768→32.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4977 0 155 158 5290
Biso mean--67.98 36.83 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5997150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4863137
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.768-2.86690.33241450.269232696
2.8669-2.98160.36131340.26442427100
2.9816-3.11720.33571320.24942435100
3.1172-3.28140.31311310.25052452100
3.2814-3.48680.28951280.22392452100
3.4868-3.75560.24641220.19482457100
3.7556-4.13290.21951350.18582456100
4.1329-4.72930.1971410.15882480100
4.7293-5.95240.22221350.18772510100
5.9524-32.4280.24121360.21542642100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5776-3.84423.3624.464-4.68754.97690.5511-0.4164-0.6082-0.3519-0.11690.84710.1314-0.451-0.37390.508-0.0648-0.07740.5164-0.03410.6134-25.1467118.793729.7776
23.5084.9154-0.18267.1831-1.26892.5195-0.0920.25170.59-0.341-0.05320.513-0.1895-0.13660.19470.25110.0818-0.03640.2658-0.01630.28952.6624122.335954.7456
35.1138-0.5191-4.01430.84080.44313.01550.16540.1020.432-0.00670.0719-0.17480.0163-0.1832-0.16890.1826-0.0166-0.03030.2585-0.02380.206913.1703122.693857.3705
46.3633.9972-0.20425.240.18896.87520.1404-0.3824-0.07320.3653-0.0362-0.2286-0.27670.4433-0.08290.2085-0.0089-0.02720.27440.01910.207914.4834123.457171.6243
55.3143-0.6036-1.11235.64770.51645.3586-0.0256-0.4133-0.02720.07630.0655-0.17570.2936-0.1365-0.06620.1494-0.00320.00360.23180.03760.20262.9229111.294570.8074
67.31750.87-0.66911.88090.91160.59130.11990.5993-0.4196-0.0049-0.1177-0.01-0.05990.0959-0.09660.2234-0.0230.01750.2357-0.08650.28023.706110.007453.5838
73.2891-0.2908-3.50193.3603-0.14644.4931-0.31270.1345-0.2158-0.03050.2220.08520.52680.10950.12910.29570.0048-0.04360.2987-0.04250.205214.1674101.704552.277
88.47874.20136.07368.52954.03714.5167-0.65990.1739-0.0386-0.79610.4262-0.8005-0.41210.35180.13970.3309-0.0320.02240.3012-0.03670.257121.6601112.859448.5871
92.47170.1096-0.52121.7104-0.24442.9796-0.0269-0.06130.0626-0.07550.1849-0.2719-0.07790.3314-0.14420.2603-0.00690.02580.3016-0.09910.277129.945796.636829.9585
104.394-2.4426-0.73142.9170.45392.05870.0220.2044-0.3972-0.1748-0.00790.38560.2216-0.2077-0.01910.2673-0.0531-0.03470.2686-0.07090.25592.2844102.41633.5768
114.8967-0.4572-1.93853.69220.11092.0186-0.16220.101-0.1604-0.4551-1.07130.19760.51530.65881.34060.69840.04310.04390.36550.01040.7581-24.5365125.017428.4918
128.6487-0.17222.73555.11110.42342.23750.16480.1029-0.6602-0.05270.42370.7570.1706-0.2566-0.55390.39860.04870.02320.36810.08570.4988-18.5807119.991832.0612
138.1891-3.4906-0.85447.1335-1.10643.90740.52650.59030.7511-0.7191-0.1652-0.25530.0347-0.3775-0.30990.32930.03560.0220.34170.14780.471-11.2404123.213627.7413
141.6932-1.9081.69743.5194-4.39128.60390.22240.6691-0.7119-0.5455-0.35240.4773-0.00180.23960.14550.51390.1098-0.1720.69620.04760.7065-21.4213119.666721.2879
153.8175-3.54061.07524.8911.0472.8984-0.1825-0.8715-1.41020.85-0.26610.22520.2789-0.35530.38770.3580.02490.04940.3730.0371.0297-16.4991110.035141.9077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 106 through 116 )C106 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 5 through 32 )A5 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 75 )A33 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 122 )A76 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 174 )A123 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 175 through 193 )A175 - 193
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 194 through 247 )A194 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 248 through 263 )A248 - 263
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 134 )B1 - 134
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 135 through 262 )B135 - 262
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 0 through 17 )C0 - 17
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 18 through 45 )C18 - 45
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 46 through 83 )C46 - 83
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 84 through 97 )C84 - 97
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 98 through 105 )C98 - 105

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る