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万見
- PDB-7kbj: Co-crystal structure of alpha glucosidase with compound 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kbj
タイトルCo-crystal structure of alpha glucosidase with compound 9
要素
  • (Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment ...) x 3
  • Glucosidase 2 subunit beta
キーワードHYDROLASE / Alpha glucosidase II / Endoplasmic reticulum / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Glc2Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / mannosyl-oligosaccharide alpha-1,3-glucosidase / glucan 1,3-alpha-glucosidase activity / glucosidase II complex / nitrogen cycle metabolic process / glucosidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / N-glycan processing / liver development ...Glc2Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / mannosyl-oligosaccharide alpha-1,3-glucosidase / glucan 1,3-alpha-glucosidase activity / glucosidase II complex / nitrogen cycle metabolic process / glucosidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / N-glycan processing / liver development / melanosome / negative regulation of neuron projection development / carbohydrate binding / in utero embryonic development / carbohydrate metabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Glucosidase II beta subunit, N-terminal / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase 2 subunit beta-like / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / Glycosyl hydrolases family 31, conserved site / Glycosyl hydrolases family 31 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily ...Glucosidase II beta subunit, N-terminal / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase 2 subunit beta-like / Glucosidase II beta subunit-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / Glycosyl hydrolases family 31, conserved site / Glycosyl hydrolases family 31 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / EF hand / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / LDL receptor-like superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-WAV / Glucosidase 2 subunit beta / Neutral alpha-glucosidase AB
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Karade, S.S. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: N-Substituted Valiolamine Derivatives as Potent Inhibitors of Endoplasmic Reticulum alpha-Glucosidases I and II with Antiviral Activity.
著者: Karade, S.S. / Hill, M.L. / Kiappes, J.L. / Manne, R. / Aakula, B. / Zitzmann, N. / Warfield, K.L. / Treston, A.M. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2020年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #1
H: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #2
A: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #3
B: Glucosidase 2 subunit beta
I: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #1
J: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #2
C: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #3
D: Glucosidase 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,80175
ポリマ－233,5008
非ポリマー6,30167
水18,0691003
1
G: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #1
H: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #2
A: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #3
B: Glucosidase 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,12237
ポリマ－116,7504
非ポリマー3,37233
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #1
J: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #2
C: Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #3
D: Glucosidase 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,67938
ポリマ－116,7504
非ポリマー2,92934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.652, 102.652, 238.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...
21(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...
12(chain B and resid 36 through 117)
22(chain D and resid 36 through 117)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...A34
121(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...A35
131(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...A33 - 966
141(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...A33 - 966
151(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...A33 - 966
161(chain A and (resid 34 or (resid 35 and (name...A33 - 966
211(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C34 - 184
221(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C246 - 252
231(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C254 - 476
241(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C478 - 527
251(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C545 - 553
261(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C560 - 578
271(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C608 - 647
281(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C579 - 606
291(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C647 - 755
2101(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C755 - 963
2111(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C965 - 963
2121(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C1001
2131(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C2001 - 2501
2141(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C2501 - 2701
2151(chain C and (resid 34 through 184 or resid 246...C3001 - 3301
112(chain B and resid 36 through 117)B36 - 117
212(chain D and resid 36 through 117)D36 - 117

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment ... , 3種, 6分子 GIHJAC

#1: タンパク質 Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #1 / Alpha-glucosidase 2 / Glucosidase II subunit alpha


分子量: 20475.881 Da / 分子数: 2 / 断片: Trypsin-cleaved Fragment #1 / 変異: N97D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ganab, G2an, Kiaa0088 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8BHN3, mannosyl-oligosaccharide alpha-1,3-glucosidase
#2: タンパク質 Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #2 / Alpha-glucosidase 2 / Glucosidase II subunit alpha


分子量: 12052.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ganab, G2an, Kiaa0088 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8BHN3, mannosyl-oligosaccharide alpha-1,3-glucosidase
#3: タンパク質 Neutral alpha-glucosidase AB Trypsin-cleaved Fragment #3 / Alpha-glucosidase 2 / Glucosidase II subunit alpha


分子量: 69898.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ganab, G2an, Kiaa0088 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8BHN3, mannosyl-oligosaccharide alpha-1,3-glucosidase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#4: タンパク質 Glucosidase 2 subunit beta / 80K-H protein / Glucosidase II subunit beta / Protein kinase C substrate 60.1 kDa protein heavy chain / PKCSH


分子量: 14323.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkcsh / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O08795

-
非ポリマー , 8種, 1070分子

#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-WAV / (1S,2S,3R,4S,5S)-1-(hydroxymethyl)-5-{[2-(2-{[2-nitro-4-(triazan-1-yl)phenyl]amino}ethoxy)ethyl]amino}cyclohexane-1,2,3,4-tetrol


分子量: 446.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H30N6O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.09M NPS, 0.1M Buffer system 1 pH 7.0, 29%v/v P500MME_P20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→42.09 Å / Num. obs: 140010 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1655 / Rpim(I) all: 0.0561 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 8.33
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.8132 / Num. unique obs: 13256 / Rpim(I) all: 0.4278 / Rrim(I) all: 0.9256 / % possible all: 93.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000v717.1データ削減
HKL-2000v717.1データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F0E

5f0e


解像度: 2.21→42.09 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 2031 1.45 %
Rwork0.167 137879 -
obs0.1674 139910 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.41 Å2 / Biso mean: 42.4273 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→42.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15015 0 399 1004 16418
Biso mean--59.03 44.85 -
残基数----1877
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8235X-RAY DIFFRACTION6.519TORSIONAL
12C8235X-RAY DIFFRACTION6.519TORSIONAL
21B742X-RAY DIFFRACTION6.519TORSIONAL
22D742X-RAY DIFFRACTION6.519TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.21-2.260.32371300.28878358848890
2.26-2.320.2761300.25279301943199
2.32-2.380.24981380.220992879425100
2.38-2.450.25891300.20691899319100
2.45-2.530.26241340.211892089342100
2.53-2.620.23921420.197692989440100
2.62-2.730.23291360.189891979333100
2.73-2.850.2381340.186993219455100
2.85-30.23391310.185392379368100
3-3.190.22411320.168792319363100
3.19-3.430.20721440.157792779421100
3.43-3.780.16671340.149792539387100
3.78-4.330.1491360.137992589394100
4.33-5.450.1571360.129592379373100
5.45-42.090.17781440.156892279371100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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