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- PDB-7kbc: The crystal structure of the 2009/H1N1/California PA endonuclease... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kbc
タイトルThe crystal structure of the 2009/H1N1/California PA endonuclease mutant E119D (construct with truncated loop 51-72) in complex with baloxavir acid
要素Protein PA-X
キーワードVIRAL PROTEIN / NUCLEASE / INFLUENZA / cleaved / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome replication / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Baloxavir acid / : / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / Protein PA-X / Protein PA-X / Protein PA-X
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Kumar, G. / Slavish, J. / White, S.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of the endonuclease activity of the influenza virus cap-snatching mechanism.
著者: Kumar, G. / Cuypers, M. / Webby, R.R. / Webb, T.R. / White, S.W.
履歴
登録2020年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PA-X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,95311
ポリマ－23,1341
非ポリマー1,81910
水88349
1
A: Protein PA-X
ヘテロ分子

A: Protein PA-X
ヘテロ分子

A: Protein PA-X
ヘテロ分子

A: Protein PA-X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,81244
ポリマ－92,5374
非ポリマー7,27540
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.963, 89.963, 133.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein PA-X


分子量: 23134.316 Da / 分子数: 1 / 変異: E119D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA-X / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4P2TE19, UniProt: C6H0Y9, UniProt: A0A5J6VBC3*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 59分子

#2: 化合物 ChemComp-E4Z / Baloxavir acid


分子量: 483.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19F2N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-QQ4 / Hexa Vinylpyrrolidone K15 / 1,1',1'',1''',1'''',1'''''-[(3R,5R,7R,9S,11R)-dodecane-1,3,5,7,9,11-hexayl]hexa(pyrrolidin-2-one)


分子量: 668.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56N6O6
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.98 Å / Num. obs: 12694 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 768 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.377 / % possible all: 65.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vpt

5vpt


解像度: 2.25→44.98 Å / SU ML: 0.3147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.3547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 679 5.35 %
Rwork0.195 12008 -
obs0.1969 12687 94.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1457 0 111 49 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16192156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0655221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9914586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.430.3396920.2821880X-RAY DIFFRACTION75.73
2.43-2.670.29381360.25782438X-RAY DIFFRACTION98.09
2.67-3.060.26951540.22752494X-RAY DIFFRACTION99.96
3.06-3.850.20941370.18782545X-RAY DIFFRACTION100
3.85-44.980.2051600.17012651X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.73620391623-2.725571064763.456324333854.986538515852.016465816887.37763177373-0.2581060398710.270987146071-0.975003048423-1.949981588430.4666604440691.278360059980.006747469829780.824078390774-0.4074641709520.7568351889060.03208539699690.05601685648340.708821186670.1136053185690.47984856066821.1804418704-16.42438617013.60454101115
29.081628516242.843548160030.8706936487445.94628090432.253629764936.98690054398-0.363277309291.472014438530.951561097004-1.185691428820.219470049485-0.415346524644-1.22938990760.8306752952110.1770665244750.778499016716-0.04110669009070.03824060706250.8042748763840.2618713180180.51692098539126.766072337-5.358414189164.42032816435
32.109839893950.302994300233-1.563402690446.201862764891.198816372153.42225179719-0.2324659766060.2178824646330.174508520479-0.1670924558140.05331061573620.530789950574-0.2062771002720.2364407434510.1725146523110.3487936779930.079857582191-0.06119981847650.5053214550020.1572087277880.33891110066319.4070782119-3.7322892414816.8792489712
47.702611042423.31823762716-5.100876527413.61613265929-2.647459883386.28709268755-0.945590292291-0.3187985869420.8280624544130.0400488439979-0.470069180473-0.106712013284-0.8632171366931.405240591690.121359721680.4832339674-0.106982705722-0.2051340212520.816605127010.1309357200250.39737783917526.132028960111.153725128318.8605479923
53.02540142099-0.618635224431-0.4010636065995.274056157931.391104617451.29810951328-0.329246659021-0.3053811147420.0264207987181.268459363230.382150427542-0.7628118109780.5095119303950.588385264074-0.04372747223160.5159114724110.133029660165-0.1825710899320.7441815547870.08248659510080.404411044325.8485523261-0.26355111791125.2735025955
65.59501112214-0.328217711356-0.6613551896193.247697786130.5574736736019.08947403439-0.354884573064-0.5632900110650.3148348304030.6730836896740.182784840461-1.180802596711.14813684758-0.168397005257-0.1092613709760.6826914521230.310817751111-0.2541993930581.141947764580.06103428983150.69697764758134.0957543568-9.4933607303827.5370342822
72.80520205805-0.02456728640210.3981842896627.095446529491.455387115477.84192273675-0.17696755092-0.3349908017090.06141478358130.919529608655-0.124788882038-0.1850497716550.3354755636580.1920709452630.2664645146410.5497120166110.197848471188-0.06989071000530.7017808992020.1635018740090.37409294905323.9357880546-8.3985747342329.555774266
83.62976247518-1.28841563462-2.475266627738.081769394164.446345967263.69656157809-0.07877268125550.248697863513-0.3334350830310.518988160648-0.241275165990.51564136920.776826150457-0.337118224210.1132881015660.5276264532410.1400953136320.02162267253110.4679136705710.1803796393630.4311674716116.9320362071-18.551140529918.9553095382
95.113653792563.65873199942-3.084521822578.908803033934.643221034169.503755494720.158315147048-0.387714137119-0.759244141958-0.604158703628-0.504491187442-0.6711284066310.9115920751010.7703410021930.3007057300180.6330311152790.327447328964-0.001968843763550.9932376345270.06771358821620.5416180235529.9204536913-22.242811223813.0440118917
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 10 )-2 - 102 - 14
22chain 'A' and (resid 11 through 31 )11 - 3115 - 35
33chain 'A' and (resid 32 through 83 )32 - 8336 - 68
44chain 'A' and (resid 84 through 98 )84 - 9869 - 83
55chain 'A' and (resid 99 through 126 )99 - 12684 - 111
66chain 'A' and (resid 127 through 138 )127 - 138112 - 123
77chain 'A' and (resid 139 through 164 )139 - 164124 - 149
88chain 'A' and (resid 165 through 185 )165 - 185150 - 170
99chain 'A' and (resid 186 through 195 )186 - 195171 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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