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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kbb | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by Fabs 2-18 and 8I21 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HCMV pentamer / Fab / complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / viral envelope / Envelope glycoprotein UL130 / UL128 / UL131A![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.02 Å | ||||||
![]() | Wrapp, D. / McLellan, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer recognition by neuropilin 2 and neutralizing antibodies. 著者: Daniel Wrapp / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Hang Su / Harrison G Jones / Nianshuang Wang / Akaash K Mishra / Daniel C Freed / Fengsheng Li / Aimin Tang / Leike Li / Dabbu Kumar Jaijyan / Hua ...著者: Daniel Wrapp / Xiaohua Ye / Zhiqiang Ku / Hang Su / Harrison G Jones / Nianshuang Wang / Akaash K Mishra / Daniel C Freed / Fengsheng Li / Aimin Tang / Leike Li / Dabbu Kumar Jaijyan / Hua Zhu / Dai Wang / Tong-Ming Fu / Ningyan Zhang / Zhiqiang An / Jason S McLellan / ![]() 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) encodes multiple surface glycoprotein complexes to infect a variety of cell types. The HCMV Pentamer, composed of gH, gL, UL128, UL130, and UL131A, enhances entry into ...Human cytomegalovirus (HCMV) encodes multiple surface glycoprotein complexes to infect a variety of cell types. The HCMV Pentamer, composed of gH, gL, UL128, UL130, and UL131A, enhances entry into epithelial, endothelial, and myeloid cells by interacting with the cell surface receptor neuropilin 2 (NRP2). Despite the critical nature of this interaction, the molecular determinants that govern NRP2 recognition remain unclear. Here, we describe the cryo-EM structure of NRP2 bound to Pentamer. The high-affinity interaction between these proteins is calcium dependent and differs from the canonical carboxyl-terminal arginine (CendR) binding that NRP2 typically uses. We also determine the structures of four neutralizing human antibodies bound to the HCMV Pentamer to define susceptible epitopes. Two of these antibodies compete with NRP2 binding, but the two most potent antibodies recognize a previously unidentified epitope that does not overlap the NRP2-binding site. Collectively, these findings provide a structural basis for HCMV tropism and antibody-mediated neutralization. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#3: タンパク質 | 分子量: 16684.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL128 / 発現宿主: ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 21761.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL130 / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 13005.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 4種, 4分子 ABHL
#1: 抗体 | 分子量: 25640.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23414.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 25196.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: 抗体 | 分子量: 23459.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.28 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 電子線照射量: 36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249802 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.73 Å2 / Biso mean: 57.7257 Å2 / Biso min: 30 Å2 |