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万見
- PDB-7kb7: THE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kb7
タイトルTHE STRUCTURE OF A SENSOR DOMAIN OF A HISTIDINE KINASE (VxrA) FROM VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR ELTOR STR. N16961, N239-T240 deletion mutant
要素Sensor histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / VxrA / Two-component system / Histidine kinase / sensor domain / Structural Genomics / Center for Membrane Proteins of Infectious Diseases / MPID
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...: / Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase VxrA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Membrane Proteins of Infectious Diseases (MPID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: Sensor Domain of Histidine Kinase VxrA of Vibrio cholerae - A Hairpin-swapped Dimer and its Conformational Change.
著者: Tan, K. / Teschler, J.K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Zhou, M. / Shuvalova, L.A. / Endres, M.J. / Welk, L.F. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Yildiz, F.H. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,38311
ポリマ－24,6641
非ポリマー71910
水48627
1
A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,76522
ポリマ－49,3282
非ポリマー1,43820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.856, 87.856, 107.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 24663.773 Da / 分子数: 1 / 変異: N239-T240 deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0565 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -MAGIC / 参照: UniProt: Q9KM24
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris:HCl, 1 M Magnesium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46 Å / Num. obs: 22071 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 55.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 1076 / Rpim(I) all: 0.381 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R7Q

4r7q


解像度: 2.2→45.91 Å / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2618
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 1133 5.16 %random
Rwork0.2019 20845 --
obs0.2032 21978 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 41 27 1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6012533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.693676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30.31861290.26852551X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.420.2821450.26512552X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.570.26711350.23622585X-RAY DIFFRACTION99.93
2.57-2.770.26941400.25182566X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-3.050.28381600.23842556X-RAY DIFFRACTION99.82
3.05-3.490.23611430.21432619X-RAY DIFFRACTION99.86
3.49-4.40.21431280.1772653X-RAY DIFFRACTION99.75
4.4-45.910.19481530.18422763X-RAY DIFFRACTION99.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.79898105382-4.327664657220.4791001034568.41658367027-1.505208704583.21734996888-0.2264391187-0.2790962587940.3142590111341.323994690010.286665531503-0.389787834872-0.359472835577-0.0526412737003-0.04290601709940.684816416253-0.0279790635246-0.04041349078350.466148003061-0.1429452981780.501325502553-15.9142864275-14.536858800919.6925517344
25.59703266617-0.655051270177-2.227151003015.151420838771.111811787227.783182549370.05881708546240.4389231597420.00498668017455-0.3255373682090.131912412628-0.8105080510620.2849979488070.902908513664-0.1734045860030.4522266522090.0356891413191-0.02458823460840.5829998559820.01606967613320.4386768740783.16044872784-44.56381865395.33312211316
31.74012363484-3.381786435961.598007529727.83969150674-3.533363979773.39362150905-0.2151697867550.224946968462-0.8983566769710.1877880665230.381614892216-1.570238349061.127165738251.244865559840.1041341054110.5886824740150.105803631326-0.005030081217110.705678442566-0.04789790558520.7092164916257.30709082443-52.138362973611.5612933568
44.41932307419-0.927426437105-1.571681744554.238563670730.2296681897836.85003245553-0.341541386225-0.152748413196-0.5254724300570.1345817100840.2514633660530.01143347322680.903324282880.3973611432670.009432165986620.5105967900550.0609406310194-0.003284464618310.3104841680370.04647198913270.364447345052-3.02452832972-49.096160283817.1766343899
53.16978234265-3.36587628053-0.1833281459317.031088021391.225446103751.67921997131-0.117151586058-0.04142365076760.1829328905760.2304199494550.0588550114770.209451268483-0.237511414637-0.1347830213820.06941692395760.590308754729-0.0123481916414-0.001464370501790.3613617710170.02053356307260.440946999045-14.3468236185-28.490792099714.2160401102
62.03542440031-1.563387331580.5378878453843.25291948381-0.9412493421225.039511902790.102698842363-0.118776312849-0.3527398038430.6069413539050.102189501820.4919151794270.0611786210218-0.139459528947-0.1967690595670.7018811539440.00380908786170.01332574907480.336175321342-0.02074619706580.554547726178-23.1150809692-15.053342560715.9944477346
71.406293604790.542600192026-1.26765408272.898914645420.82953577967.96129536257-0.04377862749460.07471456066320.05429715632980.1364753584640.322094847718-0.8373403791430.379102537360.927379651963-0.1370969493840.5274085596950.1099831175230.02795883167310.600639449739-0.1260249354790.728042378935-11.283245552-15.497086054-1.90626847815
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 36 through 68 )36 - 681 - 33
22chain 'A' and (resid 69 through 108 )69 - 10834 - 74
33chain 'A' and (resid 109 through 123 )109 - 12375 - 89
44chain 'A' and (resid 124 through 163 )124 - 16390 - 131
55chain 'A' and (resid 164 through 211 )164 - 211132 - 183
66chain 'A' and (resid 212 through 228 )212 - 228184 - 200
77chain 'A' and (resid 229 through 253 )229 - 253201 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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