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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k9b | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus halodurans OapB (native) at 1.2 A | |||||||||
要素 | OLE-associated protein B | |||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / ribonucleoprotein complex / OLE RNA | |||||||||
機能・相同性 | Ribosomal protein L14, KOW motif / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / BH0157 protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus halodurans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.202 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, Y. / Breaker, R.R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Structure of a bacterial OapB protein with its OLE RNA target gives insights into the architecture of the OLE ribonucleoprotein complex. 著者: Yang, Y. / Harris, K.A. / Widner, D.L. / Breaker, R.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k9b.cif.gz | 148.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k9b.ent.gz | 120 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k9b_validation.pdf.gz | 416.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k9b_full_validation.pdf.gz | 417 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7k9b_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k9b_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k9b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11378.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア) 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: BH0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KGD7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.81 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM KCl, 10 mM MgCl2 and 30% polyethylene glycol (PEG) 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→47.96 Å / Num. obs: 50673 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 4791 / CC1/2: 0.973 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.191 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.202→47.918 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.88 Å2 / Biso mean: 17.094 Å2 / Biso min: 4.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.202→47.918 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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