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- PDB-7kkv: Crystal structure of Bacillus halodurans OapB in complex with its... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kkv | |||||||||
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Title | Crystal structure of Bacillus halodurans OapB in complex with its OLE RNA target (native, crystal form I) | |||||||||
![]() |
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![]() | RNA-BINDING PROTEIN/RNA / ribonucleoprotein complex / OLE RNA / noncoding RNA / RNA / RNA-BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
Function / homology | Ribosomal protein L14, KOW motif / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / RNA / RNA (> 10) / BH0157 protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yang, Y. / Breaker, R.R. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of a bacterial OapB protein with its OLE RNA target gives insights into the architecture of the OLE ribonucleoprotein complex. Authors: Yang, Y. / Harris, K.A. / Widner, D.L. / Breaker, R.R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 133.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 98.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 706.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 706.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7k9bC ![]() 7k9cC ![]() 7k9dSC ![]() 7k9eC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 11378.141 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 Gene: BH0157 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: RNA chain | Mass: 19465.389 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 282 molecules ![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | ||
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#4: Chemical | ChemComp-EPE / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM HEPES (pH 7.0 to 7.5), 200 mM NH4Cl and 39 to 42.5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) PH range: 7.0 - 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 27, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→42.84 Å / Num. obs: 27246 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 123752 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7K9D Resolution: 2→41.875 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 224.96 Å2 / Biso mean: 75.9925 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→41.875 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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