PDB-7k9c: Crystal structure of Bacillus halodurans OapB (iodine-derivative)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k9c

タイトル

Crystal structure of Bacillus halodurans OapB (iodine-derivative) at 1.0 A

要素

OLE-associated protein B

キーワード

RNA / ribonucleoprotein complex / OLE RNA / RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosome / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Yang, Y. / Breaker, R.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure of a bacterial OapB protein with its OLE RNA target gives insights into the architecture of the OLE ribonucleoprotein complex.
著者: Yang, Y. / Harris, K.A. / Widner, D.L. / Breaker, R.R.

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k9c.cif.gz	147.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k9c.ent.gz	119.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k9bC 7k9dC 7k9eC 7kkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6e25-d 7k9b-1 2y8f-3 1rhw-d 2y8f-2 4dx9-21 3v1d-4 1ght-d 3hty-6 1uhw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OLE-associated protein B

B: OLE-associated protein B

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OLE-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: OLE-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.904, 34.912, 49.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	OLE-associated protein B / OapB 分子量: 11378.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア) 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: BH0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KGD7
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.56 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.5), 100 mM KCl, 10 mM MgCl2 and 30% polyethylene glycol (PEG) 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.8266 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→49.7 Å / Num. obs: 85634 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8108 / CC_1/2: 0.573 / R_pim(I) all: 0.519 / R_rim(I) all: 1.072 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1→49.637 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1628	4278	5 %
R_work	0.148	81337	-
obs	0.1488	85615	96.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.09 Å² / B_iso mean: 15.4759 Å² / B_iso min: 6.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1→49.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1594	0	17	235	1846
B_iso mean	-	-	18.76	25.54	-
残基数	-	-	-	-	194

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1-1.0113	0.3206	134	0.2959	2557	91
1.0113-1.0232	0.2658	135	0.2845	2555	92
1.0232-1.0356	0.2585	136	0.2725	2591	93
1.0356-1.0488	0.216	137	0.2588	2601	93
1.0488-1.0626	0.2445	139	0.2343	2655	93
1.0626-1.0771	0.2277	138	0.229	2623	95
1.0771-1.0925	0.2182	138	0.2179	2626	94
1.0925-1.1088	0.2023	140	0.2028	2660	96
1.1088-1.1261	0.2107	142	0.1871	2702	95
1.1261-1.1446	0.2018	143	0.1748	2711	98
1.1446-1.1643	0.1643	141	0.1632	2685	96
1.1643-1.1855	0.1918	145	0.1531	2747	98
1.1855-1.2083	0.1626	143	0.1513	2720	96
1.2083-1.233	0.1599	143	0.1525	2714	98
1.233-1.2598	0.1488	144	0.1416	2738	97
1.2598-1.2891	0.1528	144	0.1383	2746	98
1.2891-1.3213	0.1535	142	0.1312	2688	97
1.3213-1.3571	0.1347	141	0.122	2686	96
1.3571-1.397	0.1303	146	0.119	2763	98
1.397-1.4421	0.1139	147	0.1177	2789	99
1.4421-1.4937	0.138	144	0.118	2750	98
1.4937-1.5535	0.1272	147	0.1157	2792	99
1.5535-1.6242	0.1054	145	0.1113	2743	99
1.6242-1.7098	0.1261	147	0.1204	2799	99
1.7098-1.8169	0.1417	143	0.1193	2708	96
1.8169-1.9572	0.1307	142	0.1246	2712	96
1.9572-2.1542	0.1471	148	0.1282	2815	99
2.1542-2.4659	0.1744	151	0.1412	2853	100
2.4659-3.1067	0.1814	148	0.1535	2816	99
3.1067-49.637	0.1776	145	0.1636	2792	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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