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- PDB-7k99: Crystal Structure of P. aeruginosa LpxC with N-Hydroxyformamide i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k99
タイトルCrystal Structure of P. aeruginosa LpxC with N-Hydroxyformamide inhibitor 19
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE / LpxC
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W4M / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sacco, M. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: N-Hydroxyformamide LpxC inhibitors, their in vivo efficacy in a mouse Escherichia coli infection model, and their safety in a rat hemodynamic assay.
著者: Furuya, T. / Shapiro, A.B. / Comita-Prevoir, J. / Kuenstner, E.J. / Zhang, J. / Ribe, S.D. / Chen, A. / Hines, D. / Moussa, S.H. / Carter, N.M. / Sylvester, M.A. / Romero, J.A.C. / Vega, C.V. ...著者: Furuya, T. / Shapiro, A.B. / Comita-Prevoir, J. / Kuenstner, E.J. / Zhang, J. / Ribe, S.D. / Chen, A. / Hines, D. / Moussa, S.H. / Carter, N.M. / Sylvester, M.A. / Romero, J.A.C. / Vega, C.V. / Sacco, M.D. / Chen, Y. / O'Donnell, J.P. / Durand-Reville, T.F. / Miller, A.A. / Tommasi, R.A.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
C: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,21719
ポリマ－66,9502
非ポリマー2,26717
水5,134285
1
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,65510
ポリマ－33,4751
非ポリマー1,1809
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5629
ポリマ－33,4751
非ポリマー1,0878
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.763, 158.047, 49.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 33475.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lpxC, envA, PA4406
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P47205, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 302分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-W4M / (hydroxy{(1S)-1-(methylsulfanyl)-2-[5-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}ethynyl)-1H-benzotriazol-1-yl]ethyl}amino)methanol


分子量: 453.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M AmSO4, 0.5 M LiCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 40247 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 199786
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.934.40.79619120.4240.4040.8980.87592.7
1.93-1.974.50.69319470.7040.3490.780.88392.6
1.97-2.014.50.57119010.7940.2890.6430.85591.8
2.01-2.054.50.48618050.8750.2430.5460.89387
2.05-2.0950.43420180.8870.2110.4850.95696.3
2.09-2.145.20.40820640.9120.1950.4540.89999.3
2.14-2.195.30.3620490.9390.1710.3990.9399.5
2.19-2.255.30.32220900.9350.1540.3580.93399.5
2.25-2.325.20.27620730.9560.1330.3070.89599.4
2.32-2.395.20.24220490.9180.1160.2690.97799
2.39-2.485.10.21920790.9710.1070.2450.92999.3
2.48-2.585.10.18720730.9630.0910.2080.9298.1
2.58-2.74.90.15420000.9810.0760.1730.92497.4
2.7-2.844.60.12819900.9780.0650.1440.996
2.84-3.024.70.09919290.990.0490.1120.90491.7
3.02-3.255.30.07520910.9940.0350.0830.89399
3.25-3.585.30.05420510.9960.0260.060.83999.1
3.58-4.095.20.04220300.9970.020.0470.75397.2
4.09-5.164.90.03420330.9980.0170.0380.75896.4
5.16-5050.03420630.9970.0160.0380.90497.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5u39

5u39


解像度: 1.9→35.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.955 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 1806 4.8 %RANDOM
Rwork0.1662 ---
obs0.169 35555 89.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.4 Å2 / Biso mean: 24.146 Å2 / Biso min: 2.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20.24 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4609 0 136 295 5040
Biso mean--41.78 32.24 -
残基数----592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.6556713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3141.59210763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3755621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08122.101257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73815844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5261536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021051
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 105 -
Rwork0.226 1803 -
all-1908 -
obs--61.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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