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- PDB-7k98: Preaminoacylation complex of M. tuberculosis PheRS with cognate p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k98
タイトルPreaminoacylation complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and 5'-O-(N-phenylalanyl)sulfamoyl-adenosine (F-AMS)
要素
  • (Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2
  • tRNA(Phe)
キーワードLIGASE/RNA / aminoacylation / phenylalanyl tRNA synthetase / adenylate analog / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. ...Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(L-phenylalanylsulfamoyl)adenosine / : / RNA / RNA (> 10) / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Michalska, K. / Chang, C. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Baragana, B. / Forte, B. / Gilbert, I.H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase: structural insights into tRNA recognition and aminoacylation.
著者: Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Chang, C. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Forte, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: tRNA(Phe)
F: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,77926
ポリマ－304,1296
非ポリマー1,65020
水12,106672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36480 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area111380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.423, 65.302, 193.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 37687.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 89533.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 24842.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
参照: GenBank: 1251771558

-
非ポリマー , 5種, 692分子

#4: 化合物 ChemComp-W5Y / 5'-O-(L-phenylalanylsulfamoyl)adenosine / L-Phe-AMS


分子量: 493.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, no cryoprotectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→30 Å / Num. obs: 173141 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.409 / Net I/av σ(I): 21.5 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.2461.2231.5682630.5960.5341.3380.92993.6
2.24-2.285.91.11183140.6410.4831.2160.96793.1
2.28-2.325.90.97382660.6940.4241.0650.98193.4
2.32-2.375.50.76280510.760.3440.840.98491.2
2.37-2.425.90.71283680.8050.310.781.00393.9
2.42-2.486.30.64485270.8490.2690.71.00596.8
2.48-2.546.20.53286290.8950.2240.5791.04196.6
2.54-2.616.30.4487050.9270.1860.4791.08197.6
2.61-2.686.30.34887090.950.1480.3791.13598.7
2.68-2.776.40.28887460.960.1220.3131.20198.6
2.77-2.876.40.22488490.9750.0950.2441.30598.9
2.87-2.996.30.17488050.9830.0750.191.47798.7
2.99-3.1260.13985460.9860.060.1521.78195.8
3.12-3.297.10.11988880.9910.0480.1291.67999.4
3.29-3.497.10.187830.9930.040.1081.86199.1
3.49-3.7670.08688990.9950.0350.0931.82399.4
3.76-4.146.80.07589580.9950.0310.0811.93899.3
4.14-4.736.30.06586880.9960.0280.0711.95796.5
4.73-5.967.10.06390200.9970.0260.0681.85299.7
5.96-306.60.04991270.9980.020.0531.5698.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18rc1_3777精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3PCO

3pco


解像度: 2.19→29.85 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 3498 2.02 %
Rwork0.1775 169565 -
obs0.1784 173063 96.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182.87 Å2 / Biso mean: 61.1809 Å2 / Biso min: 21.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17796 3256 101 675 21828
Biso mean--49.86 51.8 -
残基数----2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0070.09622119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91510.63830941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0520.2933642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0060.0513539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.127179.9898639
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.19-2.220.34511240.28235717584182
2.22-2.250.29021320.28016485661792
2.25-2.290.38721360.27496524666095
2.29-2.320.39391210.26876528664993
2.32-2.360.29651180.25886368648692
2.36-2.40.30341350.24996522665793
2.4-2.440.30391100.24656742685296
2.44-2.490.3331470.24076729687696
2.49-2.540.27561480.23576784693297
2.54-2.60.29181250.2416876700198
2.6-2.660.30581390.23536872701199
2.66-2.720.30811320.22796972710499
2.72-2.80.27731550.22446824697999
2.8-2.880.27781410.22146980712199
2.88-2.970.29831760.22496914709099
2.97-3.080.31071320.2256671680395
3.08-3.20.21021130.21166928704199
3.2-3.350.2461490.2027018716799
3.35-3.520.23061480.18766964711299
3.52-3.740.20851750.1666963713899
3.74-4.030.20481560.14677030718699
4.03-4.440.16571530.12556875702897
4.44-5.080.16751550.11966962711798
5.08-6.390.16931550.1471107265100
6.39-29.850.17671230.14267207733098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.97655.1458-5.41526.1761-4.51917.28560.6324-1.44550.26550.8653-0.37710.55090.01310.5027-0.30451.01790.16540.14410.8029-0.02970.6251-65.753611.531717.5197
26.25275.5091-5.07084.7652-4.31676.6756-0.45030.0453-0.65490.48170.3349-0.25480.70.16210.15970.91330.22350.17070.7643-0.02040.7294-64.60345.20219.7923
36.77026.8182-2.14428.4034-4.24753.8574-0.1624-0.59950.38340.20640.21870.62450.05150.2007-0.28590.72640.09840.080.6536-0.10950.4593-62.232116.56914.573
46.532-4.8495-6.7535.13465.19519.4118-0.42-0.43010.64770.55970.5535-0.40470.83920.4355-0.09520.4155-0.0622-0.03140.445-0.00990.4112-25.520114.5709-24.5381
51.0618-0.12741.16083.02170.10771.3852-0.0574-0.10480.0043-0.04470.1695-0.10510.10050.0278-0.09650.343-0.04890.0680.39280.00350.3575-21.79361.2318-56.6175
62.55680.84770.80145.1328-3.63853.4015-0.15770.15390.1232-0.2981-0.276-1.12360.62421.32520.440.5160.10370.15910.6796-0.09330.6165-2.3025-5.5449-66.5987
71.8082-0.2728-0.10141.6895-0.70563.0248-0.02440.12510.06580.03440.0373-0.0175-0.01880.1027-0.01630.3044-0.05710.09650.3308-0.03740.333-18.13985.5117-64.4926
83.21984.66783.64557.06794.32776.88780.13630.16610.16940.09120.0563-0.1054-0.34820.2535-0.26560.397-0.04080.12020.382-0.02720.4053-13.683318.8426-63.5495
92.79071.71841.13016.03531.36030.76670.00120.0922-0.0023-0.4884-0.06120.0339-0.1569-0.05340.04920.3222-0.0610.08570.34050.02950.2317-20.07493.6633-68.4287
101.6317-0.9114-0.2066.9834-4.67713.5597-0.08060.30850.10640.0822-0.0756-0.2862-0.1570.33130.25420.4582-0.1550.00610.6125-0.09550.4151-12.157313.6964-43.032
118.33863.86491.86592.27020.92461.08720.2545-0.41260.04970.1386-0.1741-0.0515-0.08940.1179-0.08720.38630.05750.09780.43860.0170.409913.539634.4834-77.1785
129.25826.34131.57925.85591.11050.86720.3026-0.4960.55010.4197-0.27780.112-0.0877-0.1151-0.03680.40970.02420.11270.4359-0.04160.487717.292438.3777-72.8199
132.7994-0.3561-1.49021.39930.20071.7536-0.2382-0.43-0.34510.06430.049-0.17490.3320.36470.16740.32170.0870.04710.50170.10480.363313.32210.0064-87.7751
140.36080.1512-0.82960.4256-0.31231.608-0.06990.13370.0135-0.06120.0459-0.03590.2448-0.07390.02010.3082-0.0167-0.00160.4284-0.04720.4007-13.59093.2296-73.7001
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161.03450.2486-0.6791.1099-0.48551.35990.04810.0389-0.04790.13520.0567-0.03680.12810.061-0.08980.42230.0329-0.08140.3285-0.03090.3416-26.5955-13.7949-21.092
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230.76010.21990.59070.320.21210.6774-0.0678-0.0559-0.00260.04510.04250.0658-0.1034-0.11880.03970.37670.01170.01680.3849-0.00390.3425-54.345312.8067-40.1433
245.30720.3341-3.24750.9989-1.57417.28760.11020.08110.3413-0.2927-0.2080.1447-0.01941.97350.07150.5369-0.0294-0.15410.93250.03830.694713.50111.1943-46.6039
250.6259-1.87080.2795.4434-0.80170.10820.4709-0.36311.5197-0.0323-0.6762-1.20220.21661.48180.28550.5809-0.13920.03831.784-0.05290.852421.154813.7767-32.8204
265.8782-2.0345-2.13361.97750.93521.4482-0.331-0.81920.12710.40090.5273-0.63270.17191.2743-0.2150.56410.0361-0.07121.1054-0.16220.67183.816217.8311-13.8757
274.3734-1.3995-6.08380.46142.01348.9871-0.23980.052-0.18320.33130.25310.21361.25891.8024-0.06390.57730.1967-0.02711.25950.02950.83715.24215.0794-30.5338
285.90340.47763.46370.09740.67413.8485-0.3375-0.0905-0.4080.04420.1856-0.156-0.16960.73890.15890.54580.1179-0.00511.17950.13130.782818.83783.7545-46.7964
299.11160.02217.77340.71731.17489.70230.23860.1911-0.1082-0.308-0.111-0.0119-0.1025-0.8679-0.08630.70030.04180.12560.87290.10050.6139-72.1378-3.3287-21.2084
307.4823-6.0486-6.95724.92755.65746.4643-0.62030.0053-1.74570.7987-0.65011.20790.3801-0.98891.16480.5843-0.08460.15870.85860.050.896-70.8392-6.4282-5.3133
318.8443-4.006-0.03423.7411-0.14382.0196-0.8701-1.4084-0.24871.01740.77860.142-0.1664-0.25570.08880.71250.15690.04750.74170.05560.5213-46.1679-10.3560.9085
322.4955-2.64272.51692.7776-2.65892.636-0.8905-0.23961.12340.2592-0.2424-0.7345-0.986-0.72941.21330.76010.21860.0890.84730.02780.8844-64.81982.4267-6.6039
335.72531.0124-4.39471.0273-1.12333.49650.50650.28230.05250.02410.14110.2025-1.1903-0.7818-0.71840.85310.15250.24151.1093-0.13180.8718-80.76467.5053-6.2551
342.73272.78740.58856.0673-3.23665.35360.09630.16460.07590.08730.1609-0.0510.9064-0.829-0.23620.582-0.0012-0.02220.796-0.02020.6347-72.2685-1.07-33.5353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 20 )A-1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 55 )A21 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 91 )A56 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 110 )A92 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 142 )A111 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 143 through 169 )A143 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 170 through 260 )A170 - 260
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 261 through 285 )A261 - 285
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 286 through 318 )A286 - 318
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 319 through 341 )A319 - 341
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid -2 through 99 )B-2 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 100 through 168 )B100 - 168
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 169 through 394 )B169 - 394
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 395 through 550 )B395 - 550
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 551 through 635 )B551 - 635
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 636 through 831 )B636 - 831
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid -1 through 20 )D-1 - 20
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 21 through 91 )D21 - 91
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 92 through 110 )D92 - 110
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 111 through 318 )D111 - 318
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 319 through 341 )D319 - 341
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid -4 through 290 )E-4 - 290
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 291 through 831 )E291 - 831
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 11 through 20 )C11 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 21 through 45 )C21 - 45
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 46 through 50 )C46 - 50
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 51 through 77 )C51 - 77
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 1 through 10 )F1 - 10
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 11 through 20 )F11 - 20
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 21 through 45 )F21 - 45
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 46 through 50 )F46 - 50
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 51 through 65 )F51 - 65
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 66 through 77 )F66 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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