PDB-7k82: The X-ray crystal structure of SSR4, an S. pombe chromatin remode...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k82

タイトル

The X-ray crystal structure of SSR4, an S. pombe chromatin remodelling protein: sulfur SAD

要素

SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4

キーワード

GENE REGULATION / chromatin remodelling / SAD phasing / novel structure

機能・相同性

機能・相同性情報

RSC-type complex / SWI/SNF complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein.
著者: Newman, J. / Nebl, T. / Van, H. / Peat, T.S.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k82.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k82.ent.gz	37.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k82_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k82_full_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示
XML形式データ	7k82_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	7k82_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k7vSC 7k7wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kkn-4 7ckj-d 7k7v-d 1dix-d 4pnl-3 6tl1-2 4uw1-2 4bih-4 3npw-1 4buu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4

ヘテロ分子

22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.342, 68.255, 67.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4 分子量: 22334.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: ssr4, SPBP23A10.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P7Y0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. ...詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. Reservoir conditions contained 1.5 to 1.9 M ammonium sulfate, 0.7-12% dioxane and either 100 mM MES, 100 mM bis-tris or 10% (v/v) malate-MES-tris buffer at a pH between 5.5 and 5.8 PH範囲: 5.5 - 5.8

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.82 %

結晶化

温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. ...
PH範囲: 5.5 - 5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.5486 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5486 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40.4 Å / Num. obs: 14204 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 97.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.355 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 101 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1128 / CC_1/2: 0.753 / R_pim(I) all: 0.469 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7k7v

7k7v

解像度: 2.1→40.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 5.581 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	590	4.167 %
R_work	0.1917	13568	-
all	0.193	-	-
obs	-	14158	99.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.082 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.635 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.465 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	7	58	1584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.648	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.265	1.567	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.287	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.186	21.19	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.019	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.305	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.195	3.75	773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.189	3.744	772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.492	5.597	968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.49	5.604	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.135	4.199	835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.133	4.199	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.325	6.113	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.322	6.113	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.733	71.24	6299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.72	71.224	6273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.358	44	0.326	968	X-RAY DIFFRACTION	99.9013
2.154-2.213	0.397	47	0.268	970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.277	0.28	49	0.259	916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.277-2.347	0.365	45	0.245	907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.347-2.424	0.293	41	0.237	884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.509	0.285	32	0.23	846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.603	0.223	18	0.199	838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.709	0.178	22	0.172	815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.829	0.2	38	0.175	768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-2.967	0.201	34	0.183	730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.967-3.127	0.272	38	0.176	687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.316	0.188	21	0.161	664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.316-3.543	0.168	27	0.162	631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.543-3.826	0.177	27	0.157	591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.826-4.188	0.161	19	0.155	546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.188-4.678	0.206	24	0.151	490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.678-5.393	0.16	19	0.167	444	X-RAY DIFFRACTION	100
5.393-6.585	0.336	18	0.232	380	X-RAY DIFFRACTION	100
6.585-9.226	0.161	14	0.246	309	X-RAY DIFFRACTION	100
9.226-40.4	0.235	13	0.258	184	X-RAY DIFFRACTION	97.0443

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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