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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dix | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE LE | ||||||
要素 | EXTRACELLULAR RIBONUCLEASE LE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA PLUS BETA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease T2 / ribonuclease T2 activity / 細胞壁 / RNA catabolic process / RNA endonuclease activity / lyase activity / extracellular space / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Tanaka, N. / Nakamura, K.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of a plant ribonuclease, RNase LE. 著者: Tanaka, N. / Arai, J. / Inokuchi, N. / Koyama, T. / Ohgi, K. / Irie, M. / Nakamura, K.T. #1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Studies of Ribonuclease LE from Lycopersicon esculentum 著者: Tanaka, N. / Arai, J. / Inokuchi, N. / Koyama, T. / Ohgi, K. / Irie, M. / Nakamura, K.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dix.cif.gz | 51.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dix.ent.gz | 39.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dix | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22912.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P80022, EC: 3.1.27.1 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG1540, CITRATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 41 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→100 Å / Num. all: 144121 / Num. obs: 22385 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 144121 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.65→40 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / Num. reflection Rfree: 2296 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.219 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |