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Yorodumi- PDB-4uw1: X-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small mol... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4uw1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | X-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small molecule inhibitor | ||||||
Components | TANKYRASE-1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TNKS / INHIBITOR / WNT SIGNALLING | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region ...: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / mitotic spindle pole / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / mRNA transport / nuclear pore / spindle assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-serine phosphorylation / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / nuclear membrane / histone binding / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / nuclear body / Golgi membrane / cell division / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.37 Å | ||||||
Authors | Oliver, A.W. / Rajasekaran, M.B. / Pearl, L.H. | ||||||
Citation | Journal: Medchemcommm / Year: 2015Title: Design and Discovery of 3-Aryl-5-Substituted-Isoquinolin-1-Ones as Potent and Selective Tankyrase Inhibitors Authors: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. ...Authors: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. / Lopes, F. / Mcleary, R. / Trindade, I. / Vendrell, E. / Munkonge, F. / Porter, R. / Perrior, T. / Springer, C. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. / Ashworth, A. / Lord, C.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4uw1.cif.gz | 648 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4uw1.ent.gz | 537 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4uw1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4uw1_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4uw1_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
| Data in XML | 4uw1_validation.xml.gz | 58.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 4uw1_validation.cif.gz | 75.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2r5fS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29417.082 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1091-1325 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PNIC-BSA4-TNKS1 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-92R / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 53.7 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 6 Details: 0.1M MES PH 6.0, 0.1M AMMONIUM TATRATE, 12-16% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.37→46.92 Å / Num. obs: 27052 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 3.5 |
| Reflection shell | Resolution: 3.37→3.57 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2R5F Resolution: 3.37→46.923 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 0.02 / Phase error: 35.2 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.37→46.923 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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