[日本語] English
万見
- PDB-4uw1: X-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small mol... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uw1
タイトルX-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small molecule inhibitor
要素TANKYRASE-1
キーワードTRANSFERASE / TNKS / INHIBITOR / WNT SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region ...: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / mitotic spindle pole / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / mRNA transport / nuclear pore / spindle assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / histone binding / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / nuclear body / Golgi membrane / cell division / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-92R / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Oliver, A.W. / Rajasekaran, M.B. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Medchemcommm / 年: 2015
タイトル: Design and Discovery of 3-Aryl-5-Substituted-Isoquinolin-1-Ones as Potent and Selective Tankyrase Inhibitors
著者: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. / ...著者: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. / Lopes, F. / Mcleary, R. / Trindade, I. / Vendrell, E. / Munkonge, F. / Porter, R. / Perrior, T. / Springer, C. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. / Ashworth, A. / Lord, C.J.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TANKYRASE-1
B: TANKYRASE-1
C: TANKYRASE-1
D: TANKYRASE-1
E: TANKYRASE-1
F: TANKYRASE-1
G: TANKYRASE-1
H: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,78930
ポリマ－235,3378
非ポリマー3,45322
水00
1
A: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9455
ポリマ－29,4171
非ポリマー5284
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7913
ポリマ－29,4171
非ポリマー3742
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9455
ポリマ－29,4171
非ポリマー5284
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8834
ポリマ－29,4171
非ポリマー4663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7913
ポリマ－29,4171
非ポリマー3742
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7913
ポリマ－29,4171
非ポリマー3742
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8534
ポリマ－29,4171
非ポリマー4363
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: TANKYRASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7913
ポリマ－29,4171
非ポリマー3742
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.589, 82.312, 86.727
Angle α, β, γ (deg.)71.38, 67.31, 89.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
TANKYRASE-1 / TANK1 / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE DIPHTHERIA TOXIN-LIKE 5 / ARTD 5 / POLY ADP-RIBOSE POLYMERASE 5A / ...TANK1 / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE DIPHTHERIA TOXIN-LIKE 5 / ARTD 5 / POLY ADP-RIBOSE POLYMERASE 5A / TNKS-1 / TRF1-INTERACTING ANKYRIN -RELATED ADP-RIBOSE POLYMERASE / TANKYRASE I / TANK1 / ADP-RIBOSYLTRA NSFERASE DIPHTHERIA TOXIN-LIKE 5 / ARTD 5 / POLY ADP-RIBOSE POLYMERA SE 5A / TNKS-1 / TRF1-INTERACTING ANKYRIN -RELATED ADP-RIBOSE POLYME RASE / TANKYRASE I


分子量: 29417.082 Da / 分子数: 8 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1091-1325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4-TNKS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-92R / 3-{4-[(dimethylamino)methyl]phenyl}-5-methoxyisoquinolin-1(2H)-one / 3-(4-(ジメチルアミノメチル)フェニル)-5-メトキシイソキノリン-1(2H)-オン


分子量: 308.374 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N2O2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.1M MES PH 6.0, 0.1M AMMONIUM TATRATE, 12-16% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→46.92 Å / Num. obs: 27052 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 3.37→3.57 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R5F

2r5f


解像度: 3.37→46.923 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 35.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3218 2714 5 %
Rwork0.266 --
obs0.2688 27052 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.37→46.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12693 0 216 0 12909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47418024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6654745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0211835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3697-3.4310.39021120.36732719X-RAY DIFFRACTION98
3.431-3.49690.41831460.33392726X-RAY DIFFRACTION98
3.4969-3.56830.33741180.33762681X-RAY DIFFRACTION98
3.5683-3.64580.38221220.31722702X-RAY DIFFRACTION99
3.6458-3.73060.36021660.31432682X-RAY DIFFRACTION99
3.7306-3.82390.37951500.30732701X-RAY DIFFRACTION99
3.8239-3.92720.37151280.29742678X-RAY DIFFRACTION99
3.9272-4.04270.2951460.26962695X-RAY DIFFRACTION99
4.0427-4.17310.33791540.25652696X-RAY DIFFRACTION99
4.1731-4.32220.34331320.25172700X-RAY DIFFRACTION99
4.3222-4.49510.26351300.23212740X-RAY DIFFRACTION99
4.4951-4.69950.33141180.22692714X-RAY DIFFRACTION99
4.6995-4.9470.24041280.21582726X-RAY DIFFRACTION99
4.947-5.25660.28411380.23262706X-RAY DIFFRACTION99
5.2566-5.66180.32211640.24512694X-RAY DIFFRACTION100
5.6618-6.23040.31861700.26732726X-RAY DIFFRACTION100
6.2304-7.12930.33771560.2552656X-RAY DIFFRACTION99
7.1293-8.97180.26411700.21632713X-RAY DIFFRACTION100
8.9718-46.92730.27391660.21192650X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4088-0.26260.72080.8152-0.26231.3116-0.0147-0.15750.00450.31090.05390.0964-0.0335-0.37370.14920.2504-0.151-0.0130.15060.10050.060215.2554-26.1164-12.1655
20.48020.08110.37550.3525-0.31220.7119-0.0284-0.35370.11770.24840.0744-0.0569-0.2707-0.38520.66530.3706-0.03650.15130.3445-0.13540.296913.809-11.0252-11.5773
31.2906-1.07630.52061.0292-0.52550.30290.0970.49310.03160.1903-0.1516-0.15660.2250.2383-0.21380.4407-0.0619-0.04680.36730.00210.076922.9484-21.9027-20.7839
40.60680.4054-0.43610.43420.09711.2072-0.13690.0628-0.21060.0235-0.04140.10470.1396-0.12650.06840.54590.0464-0.26440.1752-0.09720.480712.5645-3.8255-22.2875
50.0493-0.04840.07410.22480.16470.44890.12790.15950.1108-0.0173-0.06790.0179-0.0936-0.27230.43280.25630.00570.24960.31920.07340.248914.4764-18.0145-19.7661
61.2216-0.1374-0.12261.0581-0.3110.1996-0.2201-0.1269-0.4580.05320.14230.14920.3028-0.3109-1.29150.4499-0.10870.11130.35090.18040.250353.04819.455-2.4089
70.3782-0.1859-0.68530.1110.32581.582-0.2230.193-0.2230.0095-0.0523-0.01550.3001-0.2503-0.58570.249-0.0921-0.08460.1660.13240.464953.766216.4981-13.807
81.03160.57220.26110.52230.05480.83270.10060.0710.03780.1157-0.069-0.2463-0.0111-0.0019-0.01130.1812-0.04230.03990.17610.05460.340959.62719.0719-18.2092
91.859-0.4392-1.21451.4181-0.25681.02250.1890.68070.0624-0.5459-0.09680.46070.0337-0.4322-0.38120.19970.0451-0.12150.28030.07030.351452.804230.5949-25.4849
100.5450.08490.06360.7947-0.38920.39360.0217-0.0211-0.1036-0.11960.10540.08260.1325-0.05680.17570.0755-0.0552-0.04060.2513-0.06930.162956.606912.5259-13.6683
111.3510.8081-1.72070.5604-0.89542.47020.23320.2780.30260.20720.02770.2929-0.6925-0.31610.34770.31850.1399-0.03710.27090.03780.1545.077427.786816.2213
120.004-0.01160.01790.0365-0.05440.07920.06350.0054-0.07220.009-0.00740.05130.128-0.01270.07090.5506-0.1805-0.17590.4318-0.13520.377351.48284.35799.3377
130.18380.1876-0.16260.1897-0.16790.14470.15690.3649-0.2252-0.29510.14730.0240.8365-0.16450.04850.5237-0.0529-0.05910.34930.03450.474148.279812.421316.9447
140.86780.09170.02530.00880.01080.04740.1733-0.47150.1068-0.1902-0.07840.23590.07510.10050.01050.387-0.03750.00480.2886-0.04170.319647.570417.732426.8832
150.6670.05090.33571.757-0.50890.52720.1502-0.0955-0.29650.2567-0.00210.29610.0315-0.13260.27230.17-0.0308-0.05310.180.00750.22542.798113.870123.0977
160.99150.0702-0.02680.31040.56241.03140.38930.20350.077-0.38820.0831-0.1537-0.2499-0.14290.12030.31870.12010.02980.20970.01230.25195.855-25.954315.1274
172.382-0.22662.28680.2597-0.07922.2793-0.0523-0.5626-0.04410.2126-0.05320.44340.2059-0.510.04710.50330.06380.09680.2672-0.08750.37912.7358-34.224625.2659
180.3338-0.48380.01350.9269-0.1080.1594-0.1458-0.00560.13510.40890.0734-0.1754-0.2055-0.0063-0.10510.29460.13570.02380.28430.26560.34256.907-23.781328.4502
190.21930.01980.13470.0788-0.22080.79830.06240.10780.12720.11070.00280.007-0.3842-0.05820.08740.4156-0.00880.17760.3090.00320.14134.8539-28.676625.0541
200.79750.0766-0.06570.7808-0.20020.3241-0.04320.08050.32040.17950.10640.0657-0.27-0.17330.04730.2396-0.0272-0.07220.23140.10130.17672.1839-29.103822.2227
210.93640.4258-0.16640.2101-0.13870.31480.188-0.039-0.3481-0.2894-0.2877-0.28140.57780.38980.01620.64180.09910.07470.2886-0.0120.571760.0698-28.433321.4086
220.5385-0.25510.12740.22330.14790.46270.2561-0.18690.1112-0.2324-0.3328-0.0504-0.13410.0879-0.07590.3715-0.0790.09060.13440.0420.32156.1804-15.183719.3441
231.0376-0.073-0.11390.393-0.09240.51250.0472-0.16360.2270.03810.16750.0517-0.1039-0.19521.39780.05960.05770.07830.30440.03740.183656.458-18.302629.5789
240.92480.12670.00670.1897-0.30.51750.406-0.50060.19970.1397-0.177-0.0055-0.2517-0.30980.27560.4815-0.12150.01150.47920.01220.350452.5857-23.110828.3127
250.6736-0.1248-0.00871.08610.35780.12270.1314-0.13490.26280.4241-0.1055-0.24020.18760.0904-0.04020.2844-0.00330.10450.2127-0.05530.259158.6867-14.710226.6077
260.3418-0.238-0.17170.46490.27770.4256-0.1808-0.031-0.21080.09480.0421-0.07910.33390.207-0.04450.2730.10560.18160.17630.06540.132422.58089.08113.1039
270.83210.3302-0.35821.0443-0.43430.57570.0874-0.3001-0.0890.1831-0.07870.1664-0.06030.07360.00540.12890.13740.06940.3279-0.00730.141620.239519.612221.03
280.2375-0.01410.09590.56870.28310.28040.0588-0.0908-0.13720.16360.1964-0.24230.11070.06640.83110.04390.1711-0.04560.42780.0880.213513.561220.703427.2905
291.711-1.032-0.20651.91650.62060.214-0.2428-0.3019-0.32250.32450.18690.0480.14450.1180.0450.12240.09530.12670.23050.01630.294520.657326.414929.3801
300.21380.17960.09730.37470.1550.0690.09080.0167-0.0852-0.1508-0.0286-0.00470.0637-0.0337-0.01580.35390.1392-0.03770.22610.13130.161616.9437.599821.6076
310.3331-0.1561-0.31740.5683-0.30670.71720.0728-0.05110.22960.34520.1896-0.11660.1460.18780.35790.276-0.0415-0.12440.3026-0.060.282530.949226.0819-11.3869
321.8799-0.1974-0.42690.80430.06420.18430.3061-0.4319-0.14090.5523-0.05960.15840.09710.2790.21270.4091-0.0161-0.08070.2548-0.03380.281825.480513.3662-7.4675
330.3246-0.0310.42010.48290.41960.98430.13330.47630.1374-0.19480.3351-0.05760.11670.03040.58170.1925-0.0597-0.02680.27160.07820.405324.845119.9715-20.9447
340.10110.01630.08190.48060.95042.25280.01920.0157-0.0780.12030.2588-0.3082-0.1810.23290.57690.16080.0206-0.10470.17530.00490.374334.39565.2557-17.7556
350.5618-0.25190.07260.7695-0.33590.52470.03450.08240.1314-0.04340.0044-0.0507-0.0384-0.0140.6330.0740.0208-0.06370.03950.02870.181326.737326.8411-12.0723
360.75150.2335-0.84540.2571-0.58811.5240.05160.14880.16040.30040.02240.0546-0.42180.11040.5720.3639-0.19840.05090.2272-0.04850.129569.9271-17.2234-11.2642
370.4173-0.5260.12041.2577-0.32950.0828-0.1558-0.0382-0.08040.11960.18150.1983-0.1782-0.13680.18750.44660.09640.03020.22240.12450.072164.673-32.4413-6.404
380.56320.3973-0.18691.0241-0.46210.76680.06050.1755-0.01910.05950.19860.0337-0.29360.13870.38080.1772-0.0744-0.00830.25130.04280.10264.3965-25.9555-19.1693
390.1188-0.12390.15450.1299-0.16130.19880.05550.13160.0781-0.07540.1278-0.1327-0.04920.04841.43430.11550.06630.20760.24370.00260.111373.7674-39.1049-17.598
400.11010.1238-0.06080.2949-0.01790.16530.0149-0.0392-0.02720.0946-0.05920.06080.0584-0.049-0.32360.1901-0.16820.07970.2193-0.1120.088766.1929-15.7331-13.0436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1105:1164)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 1165:1192)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 1193:1252)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 1253:1276)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 1277:1313)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 1105:1118)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 1119:1171)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 1172:1259)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 1260:1297)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 1298:1313)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 1105:1154)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 1155:1171)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 1172:1195)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 1196:1267)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 1268:1314)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 1105:1188)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 1189:1210)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 1211:1236)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 1237:1273)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 1274:1315)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN E AND RESID 1105:1139)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN E AND RESID 1140:1208)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 1209:1224)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN E AND RESID 1225:1264)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN E AND RESID 1265:1314)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN F AND RESID 1105:1125)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN F AND RESID 1126:1187)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN F AND RESID 1188:1276)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN F AND RESID 1277:1301)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN F AND RESID 1302:1313)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN G AND RESID 1105:1141)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN G AND RESID 1142:1195)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN G AND RESID 1196:1252)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN G AND RESID 1253:1300)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN G AND RESID 1301:1313)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN H AND RESID 1105:1144)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN H AND RESID 1145:1192)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN H AND RESID 1193:1258)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN H AND RESID 1259:1301)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN H AND RESID 1302:1314)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る