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Yorodumi- PDB-4uw1: X-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small mol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uw1 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of human TNKS in complex with a small molecule inhibitor | ||||||
Components | TANKYRASE-1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TNKS / INHIBITOR / WNT SIGNALLING | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / : / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / mRNA transport / spindle assembly / nuclear pore / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / peptidyl-serine phosphorylation / histone binding / chromosome, telomeric region / nuclear membrane / nuclear body / Ub-specific processing proteases / cell division / Golgi membrane / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.37 Å | ||||||
Authors | Oliver, A.W. / Rajasekaran, M.B. / Pearl, L.H. | ||||||
Citation | Journal: Medchemcommm / Year: 2015 Title: Design and Discovery of 3-Aryl-5-Substituted-Isoquinolin-1-Ones as Potent and Selective Tankyrase Inhibitors Authors: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. ...Authors: Elliot, R.J. / Jarvis, A. / Rajasekaran, M.B. / Menon, M. / Bowers, L. / Boffey, R. / Bayford, M. / Firth-Clark, S. / Beevers, R. / Aquil, R. / Kirton, S.B. / Niculescu-Duvaz, D. / Fish, L. / Lopes, F. / Mcleary, R. / Trindade, I. / Vendrell, E. / Munkonge, F. / Porter, R. / Perrior, T. / Springer, C. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H. / Ashworth, A. / Lord, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uw1.cif.gz | 648 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uw1.ent.gz | 537 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uw1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4uw1_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4uw1_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 4uw1_validation.xml.gz | 58.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4uw1_validation.cif.gz | 75.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/4uw1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2r5fS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29417.082 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1091-1325 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PNIC-BSA4-TNKS1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA / References: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-92R / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 53.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6 Details: 0.1M MES PH 6.0, 0.1M AMMONIUM TATRATE, 12-16% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.37→46.92 Å / Num. obs: 27052 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 3.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.37→3.57 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2R5F Resolution: 3.37→46.923 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 0.02 / Phase error: 35.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.37→46.923 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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