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- PDB-6kro: Tankyrase-2 in complex with RK-582 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kro
タイトルTankyrase-2 in complex with RK-582
要素(Tankyrase-2) x 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Tankyrase / PARP / ADP-ribosylation / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
YefM-like fold / YefM-like fold - #10 / Ankyrin repeat / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Other non-globular / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) ...YefM-like fold / YefM-like fold - #10 / Ankyrin repeat / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Other non-globular / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Special / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DU9 / PHOSPHATE ION / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Tsumura, T. / Okue, M. / Shirouzu, M. / Seimiya, H. / Umehara, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Design and Discovery of an Orally Efficacious Spiroindolinone-Based Tankyrase Inhibitor for the Treatment of Colon Cancer.
著者: Shirai, F. / Mizutani, A. / Yashiroda, Y. / Tsumura, T. / Kano, Y. / Muramatsu, Y. / Chikada, T. / Yuki, H. / Niwa, H. / Sato, S. / Washizuka, K. / Koda, Y. / Mazaki, Y. / Jang, M.K. / ...著者: Shirai, F. / Mizutani, A. / Yashiroda, Y. / Tsumura, T. / Kano, Y. / Muramatsu, Y. / Chikada, T. / Yuki, H. / Niwa, H. / Sato, S. / Washizuka, K. / Koda, Y. / Mazaki, Y. / Jang, M.K. / Yoshida, H. / Nagamori, A. / Okue, M. / Watanabe, T. / Kitamura, K. / Shitara, E. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / Fukami, T. / Seimiya, H. / Yoshida, M. / Koyama, H.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-2
B: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3707
ポリマ－24,5152
非ポリマー8555
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.116, 66.116, 114.758
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1328-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 19150.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Cell-free synthesis (未定義)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド Tankyrase-2


分子量: 5364.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q9H2K2

-
非ポリマー , 5種, 118分子

#3: 化合物 ChemComp-DU9 / 6-[(2S,6R)-2,6-dimethylmorpholin-4-yl]-4-fluoranyl-1-methyl-1'-(8-methyl-4-oxidanylidene-3,5,6,7-tetrahydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)spiro[indole-3,4'-piperidine]-2-one


分子量: 510.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H35FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 1.6M (NH4)2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.75 Å / Num. obs: 20832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 33.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.114 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1317 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.534 / Rrim(I) all: 2.047 / Rsym value: 1.975

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.75 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.4427
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 1968 5.14 %
Rwork0.1717 --
obs0.1733 20773 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1659 0 55 113 1827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02772373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.01521017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.30661430.29732650X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.2981480.26032552X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.26691650.24432576X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.27091340.22122595X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.29341570.21462588X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.24321450.19442570X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.390.22661440.18762586X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.18491480.1732591X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.25741420.18022609X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.880.21091540.16992562X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.23821160.16592632X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.630.16561200.15292603X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.580.15351350.12892610X-RAY DIFFRACTION100
4.58-46.750.17461170.17242624X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.90417067571-1.56155808270.01434256756944.238695631421.154017233963.713049261430.2604637867990.5272068693070.00369073442293-0.353569593811-0.2447494559290.677610316111-0.14398525841-0.448424753753-0.01375223346080.254361133015-0.0426107603509-0.02636862139630.3436890077080.04356618557030.339297556112-13.997430945-12.9459466284-24.6598795602
28.69078524408-2.640295866422.107911514857.81684871778-2.065580712427.733146650080.06048356071730.041283112478-0.2368516569260.0311475203092-0.0100111260697-0.4444002919850.1072130166990.03454369180280.05986746666590.2033195996880.01369776988790.0202063540330.2638191919630.007547323043080.261833368793.49017633416-25.0239049888-19.2138137179
34.00810323119-3.33201701007-1.196648568066.522658945353.723169629832.91622328810.121594245199-0.08468667275110.01752104091090.105908815971-0.1447487301910.409039153742-0.0924561329677-0.2460286212250.01249071127690.201726306413-0.0004724882000130.04337052128820.3230092103440.04550785484220.364278089489-14.0804657077-13.383931832-18.6478718322
43.507105552372.26477794318-4.720850461296.710292433030.3058526687749.434266110170.534501031781-0.2988319942991.25871352570.657144468136-0.1681338919520.837920109951-1.00399872839-0.248364441032-0.4030187780280.456286920180.01625477677680.06219651469770.295089287042-0.006713220508910.445015307302-5.355568633648.11179814478-17.8014957234
51.667057600430.321349415710.1252078571035.20288268656-1.564631860951.875097900090.110441974031-0.351740031064-0.03424607114210.468954055592-0.09643787155740.0704250594859-0.1739233227370.112968621639-0.01697612461420.24439362786-0.03432943586060.02910828765630.3573494289970.01966559748410.21841350583-1.37598918841-11.6820262466-13.3004417969
65.6699087469-3.10402023434-0.5986097795046.924143251231.894741874152.07398926401-0.00739071705836-0.7293216101310.1995796936010.6150513392870.0129559265204-0.6168709902920.2660161426650.780569290144-0.0641938238230.392581777209-0.0827877913537-0.01728762547950.5421969035450.04266436334640.38395045314512.4758869807-0.670562506802-18.7718792864
74.032198475692.3373235626-0.06156191046476.19055237972-0.7808514289811.24734794051-0.008756087595770.0603221434675-0.20174060649-0.02819522279710.00883310361614-0.324436983737-0.06354414710160.121005038584-0.003840905200410.199761946808-0.01672716323520.01227013357190.2893457192440.01917456926150.1478935848390.872698450158-11.2351137801-19.2301106335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 952 through 975 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 976 through 991 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 992 through 1002 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1003 through 1019 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1020 through 1102 )
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'A' and (resid 1103 through 1113 )) or (chain 'B' and (resid 1116 through 1123 ))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1124 through 1161 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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