[日本語] English
万見
- PDB-7k7m: Crystal Structure of a membrane protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7m
タイトルCrystal Structure of a membrane protein
要素Drug exporters of the RND superfamily-like protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / phospholipid transport / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family
類似検索 - ドメイン・相同性
6-decanoyl-trehalose / Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Su, C.-C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the mycobacterial membrane protein MmpL3 reveal its mechanism of lipid transport.
著者: Chih-Chia Su / Philip A Klenotic / Meng Cui / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Edward W Yu /
要旨: The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose ...The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose dimycolate (TDM) and mycolyl arabinogalactan peptidoglycan (mAGP), in Mycobacterium species, including Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium smegmatis. However, the mechanism that MmpL3 uses to facilitate the transport of fatty acids and lipidic elements to the mycobacterial cell wall remains elusive. Here, we report 7 structures of the M. smegmatis MmpL3 transporter in its unbound state and in complex with trehalose 6-decanoate (T6D) or TMM using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. Combined with calculated results from molecular dynamics (MD) and target MD simulations, we reveal a lipid transport mechanism that involves a coupled movement of the periplasmic domain and transmembrane helices of the MmpL3 transporter that facilitates the shuttling of lipids to the mycobacterial cell wall.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Drug exporters of the RND superfamily-like protein
B: Drug exporters of the RND superfamily-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,0066
ポリマ－172,0202
非ポリマー1,9864
水00
1
A: Drug exporters of the RND superfamily-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0033
ポリマ－86,0101
非ポリマー9932
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Drug exporters of the RND superfamily-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0033
ポリマ－86,0101
非ポリマー9932
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.378, 147.710, 138.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Drug exporters of the RND superfamily-like protein


分子量: 86010.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: mmpL3, MSMEI_0243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7G2R2
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-1)-6-O-decanoyl-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 496.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: 6-decanoyl-trehalose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_6*OCCCCCCCCCC/3=O]/1-2/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20mM Tris, 100mM NaAC and 25% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→100 Å / Num. obs: 44875 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.34-3.464.63.04144270.171.5783.4420.90299.3
3.46-3.64.72.04745010.3561.0512.3110.91499.5
3.6-3.764.61.11745070.6390.5781.2630.95699.4
3.76-3.964.50.65244430.8560.3410.7391.01299.3
3.96-4.214.20.35344580.9280.1930.4050.91798.3
4.21-4.534.80.245070.9740.1020.2250.9699.4
4.53-4.994.70.1244890.9920.0630.1360.98999.3
4.99-5.714.40.10844600.990.0570.1230.99398.4
5.71-7.24.70.0745290.9960.0350.0791.02299.5
7.2-1004.50.03145540.9980.0160.0350.99198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OR2

6or2


解像度: 3.33→98.66 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 2115 4.76 %
Rwork0.2671 42308 -
obs0.2696 44423 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 241.42 Å2 / Biso mean: 139.4473 Å2 / Biso min: 82.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.33→98.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11505 0 136 0 11641
Biso mean--154.33 --
残基数----1513
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.33-3.410.47771200.4466228280
3.41-3.490.38981400.38282298
3.49-3.590.40861500.3666282799
3.59-3.690.38341480.3486286699
3.69-3.810.37411290.3176286099
3.81-3.950.38531410.31284799
3.95-4.110.33811550.2945281898
4.11-4.290.35371400.2762287599
4.29-4.520.31231460.24622844100
4.52-4.80.2951630.2336285299
4.8-5.170.30061360.2353286399
5.17-5.70.3641350.2545284398
5.7-6.520.31461310.27012921100
6.52-8.210.26241360.2495286198
8.21-98.660.30391450.2482292799

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る