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- PDB-1r0l: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from zymomonas mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r0l
タイトル1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from zymomonas mobilis in complex with NADPH
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductoisomerase / NADPH complex / Fosmidomycin / non-mevalonate pathway / zymomonas mobilis
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A ...1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / fourier difference / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ricagno, S. / Grolle, S. / Bringer-Meyer, S. / Sahm, H. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of 1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate reductoisomerase from Zymomonas mobilis at 1.9-A resolution.
著者: Ricagno, S. / Grolle, S. / Bringer-Meyer, S. / Sahm, H. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
C: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
D: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5428
ポリマ－167,5604
非ポリマー2,9824
水1,946108
1
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2714
ポリマ－83,7802
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
2
C: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
D: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2714
ポリマ－83,7802
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area30670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.700, 93.200, 98.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase


分子量: 41890.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: DXR / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 [pREP4]
参照: UniProt: Q9X5F2, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG4000, Na citrate, Ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.076 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月10日 / 詳細: Vertically focusing cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Single asymmetrically cut Si(111) crystal with horizontal diffraction plane
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→29.63 Å / Num. all: 43474 / Num. obs: 43474 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Limit h max: 32 / Limit h min: -32 / Limit k max: 34 / Limit k min: -32 / Limit l max: 36 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1806562.97 / Observed criterion F min: 17.9 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6370 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: fourier difference
開始モデル: PDB entry 1R0K, 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

1r0k


解像度: 2.7→29.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 493 1.1 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 43304 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 16.3294 Å2 / ksol: 0.302473 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.46 Å2 / Biso mean: 45.12 Å2 / Biso min: 6.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å2-4 Å2
2--3.95 Å20 Å2
3----5.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.66 Å0.61 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.61 Å
Luzzati d res high-2.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11436 0 108 108 11652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.06
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7-2.820.486581.10.4251530.0645499521194.7
2.82-2.970.523691.30.42153260.0635409539599.7
2.97-3.160.382581.10.41854010.055467545999.9
3.16-3.40.3775210.40454030.0525461545599.9
3.4-3.740.397691.30.39453650.0485448543499.7
3.74-4.280.285661.20.36453800.0355473544699.5
4.28-5.390.4055710.33853910.0545485544899.3
5.39-29.630.294641.20.28253920.0375585545697.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3nadph.parnadph.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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