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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k3p | ||||||||
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タイトル | The structure of the UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase from the human pathogen Campylobacter jejuni | ||||||||
![]() | UDP-glucose 4-epimerase | ||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / NAD+/NADH-binding enzyme | ||||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose metabolic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||
![]() | Yun, H.G. / Clemons Jr., W.M. | ||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase from the human pathogen 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2c20S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38361.535 Da / 分子数: 2 / 変異: Q45A, K46A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: gne, Cj1131c / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetate trihydrate, sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月26日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→65.42 Å / Num. obs: 65906 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.677 / Num. unique obs: 4348 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2C20 解像度: 2.04→62.013 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.99 Å2 / Biso mean: 34.96 Å2 / Biso min: 15.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→62.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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