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- PDB-7k3p: The structure of the UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase from the human pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3p
タイトルThe structure of the UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase from the human pathogen Campylobacter jejuni
要素UDP-glucose 4-epimerase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / NAD+/NADH-binding enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 4-epimerase / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / UDP-glucose 4-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Yun, H.G. / Clemons Jr., W.M.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: The structure of the UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase from the human pathogen 著者: Yun, H.G. / Jang, K.S. / Tanaka, S. / Clemons, W.M.
履歴
登録2020年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 4-epimerase
B: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,81313
ポリマ－76,7232
非ポリマー2,09011
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.700, 87.700, 261.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucose 4-epimerase


分子量: 38361.535 Da / 分子数: 2 / 変異: Q45A, K46A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: gne, Cj1131c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P9C3, UDP-glucose 4-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetate trihydrate, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月26日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→65.42 Å / Num. obs: 65906 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.677 / Num. unique obs: 4348

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C20

2c20


解像度: 2.04→62.013 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 6669 10.12 %
Rwork0.1953 59237 -
obs0.1982 65906 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.99 Å2 / Biso mean: 34.96 Å2 / Biso min: 15.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→62.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 0 144 167 5463
Biso mean--33.46 33.06 -
残基数----658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.067289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.361976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.04-2.06320.29731990.25671932100
2.0632-2.08750.3071990.25621973100
2.0875-2.11290.26142500.24671886100
2.1129-2.13970.30692270.24151974100
2.1397-2.16780.25762270.23191899100
2.1678-2.19750.25292060.21931964100
2.1975-2.22890.2332140.21331945100
2.2289-2.26220.23292040.22261967100
2.2622-2.29750.27692350.22841938100
2.2975-2.33520.25672100.22241953100
2.3352-2.37550.26332090.22071959100
2.3755-2.41870.28442510.2261914100
2.4187-2.46520.25822190.2171948100
2.4652-2.51550.25082540.21111944100
2.5155-2.57020.26342140.21011945100
2.5702-2.630.25822110.21191970100
2.63-2.69580.25012330.21161951100
2.6958-2.76870.24692380.22261944100
2.7687-2.85010.30872100.22291990100
2.8501-2.94210.25172150.21961974100
2.9421-3.04730.25012130.21761982100
3.0473-3.16930.26072380.22271962100
3.1693-3.31350.23362170.21531991100
3.3135-3.48820.22641990.1979200799
3.4882-3.70670.22932210.1881995100
3.7067-3.99290.21791970.17532055100
3.9929-4.39460.19432370.16881993100
4.3946-5.03020.16992410.15112031100
5.0302-6.33660.20032310.1733206699
6.3366-62.0130.1682500.172218599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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