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- PDB-3qsl: Structure of CAE31940 from Bordetella bronchiseptica RB50 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsl
タイトルStructure of CAE31940 from Bordetella bronchiseptica RB50
要素Putative exported protein
キーワードStructural genomics / Unknown function / unknown / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


alkanesulfonate transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
NMT1-like family / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Exported protein / Putative exported protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bajor, J. / Kagan, O. / Chruszcz, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of pyrimidine/thiamin biosynthesis precursor-like domain-containing protein CAE31940 from proteobacterium Bordetella bronchiseptica RB50, and evolutionary insight ...タイトル: The crystal structure of pyrimidine/thiamin biosynthesis precursor-like domain-containing protein CAE31940 from proteobacterium Bordetella bronchiseptica RB50, and evolutionary insight into the NMT1/THI5 family.
著者: Bajor, J. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Chapman, H. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Minor, W.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative exported protein
B: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8874
ポリマ－72,5032
非ポリマー3842
水4,017223
1
A: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4442
ポリマ－36,2511
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4442
ポリマ－36,2511
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.913, 65.026, 160.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 29 - 345 / Label seq-ID: 29 - 345

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Putative exported protein


分子量: 36251.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB1442 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q7WME9, UniProt: A0A0H3LJQ6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M NH4Acetate, 0.1M t-Na Citrate pH5.6, 30% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 42946 / Num. obs: 42946 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1723 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 10.198 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.165
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23115 2168 5.1 %RANDOM
Rwork0.18834 ---
all0.19047 40683 --
obs0.19047 40683 97.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.537 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20 Å20 Å2
2--4.52 Å20 Å2
3----5.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 26 223 4901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9776512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96737711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4925648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11325.26173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53815732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.991516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7331.53194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1991.51324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25725069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3931592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5344.51440
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3793 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.385
loose thermal3.3410
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 143 -
Rwork0.323 2416 -
obs--80.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56740.2134-1.37622.0021-0.22243.4466-0.26340.2007-0.3984-0.06580.1130.09530.390.07720.15040.05860.00380.0510.0571-0.02270.130946.3318.1794.01
21.50720.1446-0.53281.44410.21873.7907-0.06530.16450.1695-0.11170.08620.1468-0.506-0.2332-0.0210.09350.0274-0.0010.05280.02610.152242.69634.0331.399
33.86320.1377-1.70362.150.08524.7491-0.0901-0.27710.17290.20130.12860.2245-0.33360.0324-0.03840.0860.05040.02160.0526-0.01660.144643.55129.53616.657
42.9778-0.38031.32351.5388-1.05025.09090.16070.1202-0.0432-0.1512-0.2866-0.07460.1450.61850.1260.0690.01620.00760.10130.03640.099959.94830.9-33.383
52.9726-0.2941.29411.0999-1.00814.74230.3249-0.075-0.4339-0.2351-0.00120.21320.8469-0.7114-0.32360.2518-0.1272-0.07050.13990.01140.252642.82823.433-39.835
62.4040.51622.61530.3307-0.451713.666-0.30250.21390.4540.0633-0.10680.0742-1.3747-0.03390.40930.44230.0182-0.05540.22950.02350.386750.30743.277-39.915
72.90850.25761.28114.1825-2.39524.92890.1523-0.2534-0.24880.0653-0.15210.07950.0577-0.3072-0.00020.0598-0.04660.03290.08720.00240.107451.01129.716-22.648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3A290 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4B29 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5B115 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6B247 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7B291 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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