PDB-7k3o: Crystal structure of the unliganded second bromodomain (BD2) of h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k3o

タイトル

Crystal structure of the unliganded second bromodomain (BD2) of human TAF1

要素

Transcription initiation factor TFIID subunit 1

キーワード

GENE REGULATION / TAF1 / non-BET / BET / kinase inhibitor / ATR / dual BRD-kinase / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / midbrain development / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity ...negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / midbrain development / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / peptidyl-threonine phosphorylation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of protein binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Karim, M.R. / Schonbrunn, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Dual TAF1-ATR Inhibitors and Ligand-Induced Structural Changes of the TAF1 Tandem Bromodomain.
著者: Karim, R.M. / Yang, L. / Chen, L. / Bikowitz, M.J. / Lu, J. / Grassie, D. / Shultz, Z.P. / Lopchuk, J.M. / Chen, J. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2020年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7k3o.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7k3o_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k3o_full_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示
XML形式データ	7k3o_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	7k3o_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jjgSC 7jjhC 7jspC 7k03C 7k0dC 7k0uC 7k1pC 7k27C 7k42C 7k6fC 7l6xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uv4-d 6njd-2 7k42-d 5ixh-d 2o6v-3 6dk4-1 5wam-d 3owl-d 6ba5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

B: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.180, 57.420, 124.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...
2	1	(chain B and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ILE	ILE	(chain A and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	A	A	1499 - 1557	1 - 59
1	2	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain A and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	A	A	1559 - 1566	61 - 68
1	3	PHE	PHE	ILE	ILE	(chain A and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	A	A	1568 - 1575	70 - 77
1	4	ALA	ALA	THR	THR	(chain A and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	A	A	1577 - 1605	79 - 107
1	5	TYR	TYR	ALA	ALA	(chain A and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	A	A	1607 - 1621	109 - 123
2	1	SER	SER	ILE	ILE	(chain B and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	B	B	1499 - 1557	1 - 59
2	2	LYS	LYS	GLU	GLU	(chain B and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	B	B	1559 - 1566	61 - 68
2	3	PHE	PHE	ILE	ILE	(chain B and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	B	B	1568 - 1575	70 - 77
2	4	ALA	ALA	THR	THR	(chain B and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	B	B	1577 - 1605	79 - 107
2	5	TYR	TYR	ALA	ALA	(chain B and (resid 1499 through 1557 or resid 1559...	B	B	1607 - 1621	109 - 123

#1: タンパク質	Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250 分子量: 15882.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0 M Ammonium sulfate, 25% v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→38.52 Å / Num. obs: 45208 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.596 % / B_iso Wilson estimate: 37.617 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.04 / Χ²: 1.067 / Net I/σ(I): 26.06 / Num. measured all: 298199

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	6.725	0.737	2.91	22218	3355	3304	0.86	0.798	98.5
1.74-1.79	6.497	0.584	3.65	20803	3249	3202	0.91	0.635	98.6
1.79-1.84	6.173	0.447	4.82	19049	3182	3086	0.93	0.488	97
1.84-1.9	7.058	0.336	7	21442	3073	3038	0.971	0.363	98.9
1.9-1.96	7.081	0.252	9.12	20923	2987	2955	0.985	0.272	98.9
1.96-2.03	7.029	0.183	11.83	20139	2894	2865	0.992	0.198	99
2.03-2.11	6.919	0.133	15.56	19034	2785	2751	0.995	0.144	98.8
2.11-2.19	6.848	0.099	20.13	18291	2698	2671	0.996	0.107	99
2.19-2.29	6.702	0.072	25.55	17257	2597	2575	0.998	0.078	99.2
2.29-2.4	6.54	0.06	29.68	15996	2470	2446	0.998	0.066	99
2.4-2.53	6.04	0.055	30.78	14036	2356	2324	0.998	0.061	98.6
2.53-2.69	6.348	0.046	37.18	13814	2239	2176	0.999	0.05	97.2
2.69-2.87	6.87	0.037	45.32	14524	2130	2114	0.999	0.04	99.2
2.87-3.1	6.764	0.032	51.06	13150	1957	1944	0.999	0.034	99.3
3.1-3.4	6.483	0.029	55.54	11786	1826	1818	0.999	0.032	99.6
3.4-3.8	6.271	0.024	61.74	10442	1672	1665	0.999	0.026	99.6
3.8-4.39	6.014	0.023	64.09	8823	1474	1467	0.999	0.025	99.5
4.39-5.38	5.568	0.022	62.03	6838	1267	1228	0.999	0.024	96.9
5.38-7.6	6.358	0.021	65.58	6358	1001	1000	0.999	0.023	99.9
7.6-38.52	5.658	0.018	65.42	3276	597	579	1	0.02	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JJG

7jjg

解像度: 1.7→38.52 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2023	994	2.2 %
R_work	0.1734	44208	-
obs	0.174	45202	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.51 Å² / B_iso mean: 40.6116 Å² / B_iso min: 18.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→38.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2004	0	78	180	2262
B_iso mean	-	-	50.77	46.26	-
残基数	-	-	-	-	246

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	688	X-RAY DIFFRACTION	0.911	TORSIONAL
1	2	B	688	X-RAY DIFFRACTION	0.911	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.79	0.2705	140	0.2254	6210	6350	99
1.79-1.9	0.2304	139	0.2092	6199	6338	98
1.9-2.05	0.2148	141	0.1892	6244	6385	99
2.05-2.25	0.2111	141	0.174	6276	6417	99
2.25-2.58	0.209	141	0.1756	6277	6418	98
2.58-3.25	0.1976	144	0.1808	6391	6535	99
3.25-38.52	0.1915	148	0.16	6611	6759	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1939	-0.4556	-0.3196	4.3792	0.1076	2.426	0.085	-0.0572	-0.0013	0.2207	-0.0116	-0.2517	-0.1178	0.3776	-0.0592	0.2239	-0.0022	-0.036	0.1921	-0.0336	0.1732	4.9421	55.296	28.6799
2	2.1384	0.421	-0.6505	7.0629	0.745	3.9809	0.064	0.043	0.0546	-0.278	0.0645	-0.6217	-0.2308	0.4739	-0.1206	0.1866	0.0079	0.0041	0.271	-0.037	0.2398	7.4113	54.3043	20.4016
3	3.8632	-1.4288	0.4647	7.5268	-4.0522	8.0449	-0.0868	0.066	0.02	0.1882	-0.0491	0.0961	-0.2079	-0.1531	0.0586	0.1342	0.029	-0.0169	0.1641	-0.039	0.1571	-3.5055	49.089	19.8231
4	8.8152	5.2723	0.7155	7.0686	-1.3142	7.5817	0.0911	0.8211	1.1336	-0.7713	0.0567	0.3486	-0.6211	0.3177	-0.2913	0.9909	0.0759	0.053	0.4143	0.105	0.6081	2.044	71.8383	14.1842
5	4.7895	-0.029	-0.1802	4.3797	1.4274	5.8833	-0.0983	-0.5129	-0.038	0.0263	0.1248	0.5312	0.5987	-0.8261	-0.0429	0.2194	-0.027	-0.0413	0.5844	0.016	0.2647	-22.8508	42.991	6.3831
6	2.1228	-1.5358	2.1546	6.2009	-2.14	2.2811	-0.0798	0.7597	0.1991	-0.0662	-0.1091	-0.2964	-0.1826	-0.0487	0.2195	0.2418	-0.0025	0.0022	0.4027	-0.0219	0.2568	-4.498	47.0591	0.2521
7	6.6065	-3.934	-1.5301	7.9052	3.4795	5.7289	0.1981	0.8571	-0.4924	-0.1821	-0.3959	-0.044	0.7432	0.3009	0.1538	0.3596	0.0551	0.0598	0.4439	-0.1004	0.3614	2.6646	34.0131	-0.8342
8	5.908	-1.8159	1.255	1.9076	-2.0016	4.0879	-0.0443	0.2872	-0.5462	-0.0449	-0.0029	0.1097	0.6282	-0.1341	-0.005	0.3281	0.0064	-0.0055	0.2646	-0.0967	0.2968	-5.5286	34.6033	6.4879
9	6.0797	2.5306	3.7233	8.953	-0.4727	7.686	0.1481	-0.6499	-0.8396	0.378	-0.2143	0.5486	0.8831	-1.3257	0.1031	0.3138	-0.1045	0.0122	0.5923	0.043	0.423	-19.4651	36.1616	11.3479
10	3.5158	0.2837	1.4954	3.5231	-1.3361	5.1714	-0.0972	-0.2165	-0.2878	0.175	0.0673	0.1152	0.1546	-0.2807	-0.0205	0.1913	0.0193	-0.0217	0.1709	-0.0458	0.1729	-4.74	41.5145	13.2198
11	1.603	-0.8527	-3.4607	4.3761	1.589	8.4113	0.0952	0.0872	0.2619	-0.1495	-0.2097	-0.0757	-0.484	0.1941	0.0642	0.2375	-0.0096	-0.045	0.2174	-0.0136	0.2208	-2.7143	50.1792	9.4146
12	6.1462	4.3549	-2.2444	6.0783	-1.5156	3.0054	-0.107	-0.0506	0.3597	0.4571	0.2484	1.0381	-0.068	-0.5972	-0.3579	0.5354	0.1644	0.0242	1.2925	-0.1874	0.7657	-25.6843	46.8081	16.5976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1499 through 1558 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1559 through 1583 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1584 through 1606 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1607 through 1621 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1499 through 1517 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1518 through 1528 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1529 through 1539 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1540 through 1558 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1559 through 1564 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1565 through 1582 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1583 through 1606 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1607 through 1621 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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