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- PDB-6njd: Crystal structure of RavD (residues 1-200) from Legionella pneumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6njd
タイトルCrystal structure of RavD (residues 1-200) from Legionella pneumophila (strain Corby) complexed with Met-1 linked di-ubiquitin
要素
  • Di-ubiquitin
  • RavD
キーワードHYDROLASE / Deubiquitinase / Bacterial effector
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RavD / Ubiquitin C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 英国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81530068 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81322024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370722 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81561130162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81501717 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
Royal SocietyNA140239 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: A bacterial effector deubiquitinase specifically hydrolyses linear ubiquitin chains to inhibit host inflammatory signalling.
著者: Wan, M. / Wang, X. / Huang, C. / Xu, D. / Wang, Z. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Di-ubiquitin
B: RavD
C: Di-ubiquitin
D: RavD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1416
ポリマ－81,0934
非ポリマー492
水4,954275
1
A: Di-ubiquitin
B: RavD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5954
ポリマ－40,5462
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
2
C: Di-ubiquitin
D: RavD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5462
ポリマ－40,5462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.740, 102.090, 90.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Di-ubiquitin


分子量: 17607.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F5H747
#2: タンパク質 RavD


分子量: 22939.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Corby / 遺伝子: LPC_0242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0A509GV61*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride and 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97736 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50.01 Å / Num. obs: 87704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.975 % / Biso Wilson estimate: 52.129 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.296 / Net I/σ(I): 17.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.177.0330.5683.6137710.9340.613100
2.17-2.326.7790.325.97134140.9730.347100
2.32-2.57.1990.1919.49121680.990.206100
2.5-2.746.960.11414.17115920.9960.123100
2.74-3.077.0010.07221.83106450.9970.078100
3.07-3.547.0210.05130.3290780.9980.055100
3.54-4.336.9830.04535.9777180.9980.048100
4.33-6.096.8080.04437.759720.9980.047100
6.09-50.016.830.04438.8733460.9980.04899.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 11.912 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.182
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 2331 5.1 %RANDOM
Rwork0.2124 ---
obs0.2142 43764 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.57 Å2 / Biso mean: 60.34 Å2 / Biso min: 31.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.17 Å20 Å2-0 Å2
2---2.71 Å2-0 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5234 0 2 275 5511
Biso mean--51.53 54.52 -
残基数----668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9587193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894311822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94625.366246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.1815936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8131522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021199
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 186 -
Rwork0.303 3178 -
all-3364 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.547-0.7955-0.1951.4449-0.25451.32250.109-0.0974-0.0515-0.10980.21540.1267-0.2133-0.0136-0.32440.1677-0.08750.0390.0966-0.05190.265127.02762.748624.5636
20.5851-0.07-0.01660.46510.57241.9943-0.07250.0049-0.07470.0068-0.069-0.06890.0458-0.16180.14150.034-0.04690.04530.118-0.02440.140715.07499.458835.6674
30.61210.50310.15720.72620.02970.1475-0.19740.11340.2067-0.02750.11570.10390.00990.0440.08170.2634-0.0172-0.08830.1170.04890.106128.563352.182722.7534
40.1769-0.42370.71681.2139-1.81183.0646-0.0074-0.03780.0446-0.0721-0.1085-0.11330.1071-0.19790.11580.0844-0.0105-0.01720.35150.07130.055717.729646.663910.587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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