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- PDB-7k3l: Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQ peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3l
タイトルCrystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQ peptide
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Protein panoramix
キーワードMOTOR PROTEIN / Piwi / transposon siliencing / heterochromatin formation / piRNA pathway / transcriptional silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


piRNA-mediated heterochromatin formation / spermatid nucleus elongation / positive regulation of neuron remodeling / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic ...piRNA-mediated heterochromatin formation / spermatid nucleus elongation / positive regulation of neuron remodeling / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / piRNA binding / microtubule anchoring at centrosome / transposable element silencing by heterochromatin formation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / chaeta development / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / : / RNA polymerase II transcription repressor complex / Neutrophil degranulation / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / oogenesis / establishment of mitotic spindle orientation / actin filament bundle assembly / transcription repressor complex / centriole / transcription corepressor activity / disordered domain specific binding / spermatogenesis / microtubule / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic / Protein panoramix
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Wang, J. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)P30 GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021
タイトル: Molecular principles of Piwi-mediated cotranscriptional silencing through the dimeric SFiNX complex.
著者: Schnabl, J. / Wang, J. / Hohmann, U. / Gehre, M. / Batki, J. / Andreev, V.I. / Purkhauser, K. / Fasching, N. / Duchek, P. / Novatchkova, M. / Mechtler, K. / Plaschka, C. / Patel, D.J. / Brennecke, J.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Protein panoramix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0825
ポリマ－11,8952
非ポリマー1863
水1,29772
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Protein panoramix
ヘテロ分子

A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Protein panoramix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,16310
ポリマ－23,7914
非ポリマー3726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.900, 62.900, 120.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-614-

HOH

21B-616-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein


分子量: 10388.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1, CG6998 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q24117
#2: タンパク質・ペプチド Protein panoramix / Protein silencio


分子量: 1506.618 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 468-480 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Panx, CG9754 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9W2H9
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M KSCN, 30% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→60.2 Å / Num. obs: 11305 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.79→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.415 / Num. unique obs: 1281 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZKE

3zke


解像度: 1.79→55.75 Å / SU ML: 0.1555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3632
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 552 4.89 %
Rwork0.1762 10734 -
obs0.178 11286 95.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→55.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数780 0 12 72 864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068804
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85661078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5247472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.970.29591130.21452298X-RAY DIFFRACTION83.63
1.97-2.260.1961390.15922731X-RAY DIFFRACTION99.69
2.26-2.840.23631360.17942789X-RAY DIFFRACTION99.9
2.84-55.750.19091640.17362916X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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