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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k2n | ||||||
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タイトル | Kelch domain of human KEAP1 bound to Nrf2-based cyclic peptide, c[BAL-DEETGE] | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING/Inhibitor / Peptide inhibitor / Inhibitor complex / Loop-mimic / PROTEIN BINDING / cyclic peptide / PROTEIN BINDING-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of epidermal cell differentiation / negative regulation of response to oxidative stress / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament ...regulation of epidermal cell differentiation / negative regulation of response to oxidative stress / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muellers, S.N. / Allen, K.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Recapitulating the Binding Affinity of Nrf2 for KEAP1 in a Cyclic Heptapeptide, Guided by NMR, X-ray Crystallography, and Machine Learning. 著者: Ortet, P.C. / Muellers, S.N. / Viarengo-Baker, L.A. / Streu, K. / Szymczyna, B.R. / Beeler, A.B. / Allen, K.N. / Whitty, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7k28C ![]() 7k29C ![]() 7k2aC ![]() 7k2bC ![]() 7k2cC ![]() 7k2dC ![]() 7k2eC ![]() 7k2fC ![]() 7k2gC ![]() 7k2hC ![]() 7k2iC ![]() 7k2jC ![]() 7k2kC ![]() 7k2lC ![]() 7k2mC ![]() 7k2oC ![]() 7k2pC ![]() 7k2qC ![]() 7k2rC ![]() 7k2sC ![]() 5wflS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33122.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | ( | 分子量: 717.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.2 - 1.5 M Ammonium Sulfate, 0.5-0.7% PEG-MME-550, 0.1 M Bis-Tris pH = 6.0 - 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.218→29.52 Å / Num. obs: 37146 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 40.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04734 / Rpim(I) all: 0.04734 / Rrim(I) all: 0.06694 / Net I/σ(I): 9.85 |
反射 シェル | 解像度: 2.218→2.297 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3502 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 3602 / CC1/2: 0.836 / CC star: 0.954 / Rpim(I) all: 0.3502 / Rrim(I) all: 4952 / % possible all: 96.85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5WFL 解像度: 2.22→29.52 Å / SU ML: 0.3564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.5109 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→29.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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