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万見
- PDB-7k15: Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k15
タイトルCrystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046
要素Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human Leukotriene B4 Receptor 1 / hBLT1 / BLT1 / BLTR1 / LTB4 / LTB4R / LT4R1 / LTB4R1 / MK-D-046 / selective antagonist / inflammation / inflammatory disease / Type 2 Diabetes / G protein-coupled receptor / GPCR / flavodoxin fusion / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene B4 receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / neuropeptide signaling pathway / muscle contraction / FMN binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / electron transfer activity ...leukotriene B4 receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / neuropeptide signaling pathway / muscle contraction / FMN binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / electron transfer activity / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukotriene B4 receptor / Leukotriene B4 type 1 receptor / Flavodoxin, short chain / : / Formyl peptide receptor-related / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Leukotriene B4 receptor / Leukotriene B4 type 1 receptor / Flavodoxin, short chain / : / Formyl peptide receptor-related / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-VRJ / Flavodoxin / Leukotriene B4 receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Michaelian, N. / Han, G.W. / Cherezov, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127086 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights on ligand recognition at the human leukotriene B4 receptor 1.
著者: Michaelian, N. / Sadybekov, A. / Besserer-Offroy, E. / Han, G.W. / Krishnamurthy, H. / Zamlynny, B.A. / Fradera, X. / Siliphaivanh, P. / Presland, J. / Spencer, K.B. / Soisson, S.M. / Popov, ...著者: Michaelian, N. / Sadybekov, A. / Besserer-Offroy, E. / Han, G.W. / Krishnamurthy, H. / Zamlynny, B.A. / Fradera, X. / Siliphaivanh, P. / Presland, J. / Spencer, K.B. / Soisson, S.M. / Popov, P. / Sarret, P. / Katritch, V. / Cherezov, V.
履歴
登録2020年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,14010
ポリマ－53,2321
非ポリマー2,9099
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.770, 82.670, 127.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Leukotriene B4 receptor 1,Flavodoxin,Leukotriene B4 receptor 1 / LTB4-R1 / Chemoattractant receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 16 / P2Y purinoceptor 7 / P2Y7


分子量: 53231.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
遺伝子: LTB4R, BLT, BLT1, BLTR, CMKRL1, GPR16, P2RY7, DVU_2680
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15722, UniProt: P00323

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非ポリマー , 9種, 14分子

#2: 化合物 ChemComp-VRJ / N-(tert-butylsulfonyl)-4-fluoro-2-{(3S,4R)-4-hydroxy-3-[(pyridin-2-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl}benzamide


分子量: 498.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27FN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.8
詳細: sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.8, sodium acetate trihydrate, benzamidine hydrochloride, PEG-400, MK-D-046, DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→40 Å / Num. obs: 14961 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Net I/σ(I): 7.48
反射 シェル解像度: 2.88→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.83 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 869 / CC1/2: 0.314 / CC star: 0.691 / % possible all: 50

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X33, 1I1O

5x33

1i1o


解像度: 2.88→34.37 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 714 5.17 %
Rwork0.2118 13094 -
obs0.2144 13808 78.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182.87 Å2 / Biso mean: 63.5718 Å2 / Biso min: 22.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3431 0 180 5 3616
Biso mean--66.66 55.83 -
残基数----455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.88-3.10.3258720.3171368144042
3.1-3.410.35241270.26712153228067
3.41-3.910.26621430.23042866300987
3.91-4.920.24621990.18943233343298
4.92-34.370.24061730.19673474364799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8011-0.34720.09640.1682-0.02210.14270.70590.4546-0.1721-0.4813-0.2133-0.15060.20270.04871.25491.20590.3252-0.03040.3858-0.08530.48762.0870.3747.8366
20.5664-0.1381-0.0040.30840.14010.0870.1844-0.0072-0.1779-0.3793-0.05240.3650.027-0.00020.00260.4820.0947-0.02010.3603-0.01220.34093.94462.468524.4583
30.749-0.286-0.25040.602-0.3670.91940.0153-0.0961-0.1953-0.0954-0.03760.07550.0089-0.081600.22870.0297-0.03680.286-0.02070.3572-44.14140.687926.952
40.9966-0.20360.42420.0421-0.08620.1813-0.09550.1096-0.0354-0.2424-0.19020.06470.1190.2199-0.39190.41420.14030.17820.4001-0.1330.2755-14.619328.431422.9945
50.26360.2263-0.3860.91850.19340.91590.15560.2023-0.4749-0.17420.03640.1546-0.04570.04880.64320.39160.0923-0.24220.20660.03690.6338-7.7828-0.568623.5822
60.1395-0.1739-0.23310.22270.2960.38620.02680.1033-0.15630.1704-0.45970.26530.69520.0085-0.07630.77510.1234-0.19290.4591-0.09540.5823-7.5181-13.882720.5906
70.0539-0.0154-0.01130.0227-0.03250.0630.07130.3240.0699-0.18190.0068-0.2267-0.25660.2498-0.00010.7510.077-0.0540.84670.00840.4377-2.039921.70859.7402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 44 )A13 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 208 )A45 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 209 through 212 and resid 1002 through 1150 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 213 through 220 )A213 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 221 through 249 )A221 - 249
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 250 through 276 )A250 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 277 through 318 )A277 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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