PDB-1i1o: ROOM TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE FLAVODOXIN D. VULGARIS MUTANT ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i1o

タイトル

ROOM TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE FLAVODOXIN D. VULGARIS MUTANT Y98H AT 2.0 ANG. RESOLUTION

要素

FLAVODOXIN

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / High Resolution / Redox potential / electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Reynolds, R.A. / Watt, W. / Watenpaugh, K.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structures and comparison of the Y98H (2.0 A) and Y98W (1.5 A) mutants of flavodoxin (Desulfovibrio vulgaris).
著者: Reynolds, R.A. / Watt, W. / Watenpaugh, K.D.

履歴

登録	2001年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i1o.cif.gz	45.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i1o.ent.gz	31.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/1i1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f4pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1akw-d 5yog-d 5yoc-d 1j9e-d 1azl-d 5yoe-d 1c7f-2 7cdb-2 3kuo-1 5ljl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: FLAVODOXIN

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.960, 61.450, 57.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FLAVODOXIN 分子量: 15653.082 Da / 分子数: 1 / 断片: MAIN CHAIN / 変異: Y98H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00323
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 3.2 M Ammonium Sulfate, Tris.buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	0.8-1.0 %	protein	1	1
2	3.1 M	ammonium sulfate	1	2
3	0.1 M	Tris-HCl	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年2月4日 / 詳細: Graphite Monochomator
放射	モノクロメーター: Single Crystal Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→8 Å / Num. all: 13000 / Num. obs: 9294 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.5 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2→8 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / % possible all: 98
反射シェル	PLUS % possible obs*: 98 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MERLOT	位相決定
PROFFT	精密化
FRAMBO	データ収集
X-GEN	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Flavodoxin D.vulgaris p2a

解像度: 2→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: Standard isotropic refinement model building on E&S ps2. Details of raw data collection no longer recoverable because of change of operating systems and media Total number of reflections not ...

	R_factor	反射数	Selection details
R_work	0.172	-	-
all	0.22	13000	-
obs	0.172	9294	-
R_free	-	-	Rfree Not available at that time

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1123	0	31	142	1296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	2.6

ソフトウェア

*PLUS

名称: PROFFT / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.022

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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