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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jx1 | ||||||
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タイトル | E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate analog | ||||||
要素 | Thymidylate synthase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / non covalent intermediate / half-sites activity / TMP synthesis / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Finer-Moore, J. / Kholodar, S.A. / Stroud, R.M. / Kohen, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Caught in Action: X-ray Structure of Thymidylate Synthase with Noncovalent Intermediate Analog. 著者: Kholodar, S.A. / Finer-Moore, J.S. / Swiderek, K. / Arafet, K. / Moliner, V. / Stroud, R.M. / Kohen, A. #1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Parallel reaction pathways and noncovalent intermediates in thymidylate synthase revealed by experimental and computational tools. 著者: Kholodar, S.A. / Ghosh, A.K. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Kohen, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jx1.cif.gz | 429.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jx1.ent.gz | 295.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jx1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jx1_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jx1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7jx1_validation.xml.gz | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jx1_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jx1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30559.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thyA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A029ILG4, thymidylate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 267分子
#2: 化合物 | ChemComp-VLA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-TMP / |
#4: 化合物 | ChemComp-VLD / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 % / 解説: hexagonal rods |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5.5 mg/ml protein, 3.3 mM inhibitor and 5 mM DTT against 1.3M NaCitrate, 0.1M Hepes pH7.5 PH範囲: 7.1-7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.82→109.1 Å / Num. obs: 53762 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 17.738 % / Biso Wilson estimate: 35.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 17.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NNR 解像度: 1.82→109.1 Å / SU ML: 0.2555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.4574 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→109.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -30.2851564271 Å / Origin y: 27.1076045271 Å / Origin z: -11.3719295773 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |