[日本語] English
万見
- PDB-7jwq: Fab CJ11 in complex IL-1beta peptide liberated by Caspase cleavage -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwq
タイトルFab CJ11 in complex IL-1beta peptide liberated by Caspase cleavage
要素
  • Fab CJ11 Heavy chain
  • Fab CJ11 Light chain
  • IL-1beta peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-1beta / caspase
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Payandeh, J. / Ho, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Discovery of a caspase cleavage motif antibody reveals insights into noncanonical inflammasome function.
著者: Davies, C.W. / Stowe, I. / Phung, Q.T. / Ho, H. / Bakalarski, C.E. / Gupta, A. / Zhang, Y. / Lill, J.R. / Payandeh, J. / Kayagaki, N. / Koerber, J.T.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fab CJ11 Heavy chain
B: Fab CJ11 Light chain
C: Fab CJ11 Heavy chain
D: Fab CJ11 Light chain
V: IL-1beta peptide
P: IL-1beta peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3376
ポリマ－94,3376
非ポリマー00
水8,521473
1
A: Fab CJ11 Heavy chain
B: Fab CJ11 Light chain
V: IL-1beta peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1693
ポリマ－47,1693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
2
C: Fab CJ11 Heavy chain
D: Fab CJ11 Light chain
P: IL-1beta peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1693
ポリマ－47,1693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.037, 109.550, 65.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 Fab CJ11 Heavy chain


分子量: 23001.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab CJ11 Light chain


分子量: 23397.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド IL-1beta peptide


分子量: 768.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 54078 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.97
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.681 / Num. unique obs: 500

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2747精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I8O

5i8o


解像度: 2.001→29.527 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 2753 5.09 %
Rwork0.2042 51325 -
obs0.2057 54078 85.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.52 Å2 / Biso mean: 46.1521 Å2 / Biso min: 21.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.001→29.527 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6494 0 0 473 6967
Biso mean---43.32 -
残基数----865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6319066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4673946
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.001-2.03510.3945690.3617130945
2.0351-2.07210.4028860.365154952
2.0721-2.11190.3931640.3563176758
2.1119-2.1550.33771050.3197186164
2.155-2.20190.35121470.3137207569
2.2019-2.25310.3372870.305224576
2.2531-2.30940.36671520.2852242081
2.3094-2.37180.36231140.2719257286
2.3718-2.44160.25591530.2716279293
2.4416-2.52040.34011800.2646285996
2.5204-2.61040.28491100.2492298299
2.6104-2.71480.25651330.2354300199
2.7148-2.83830.24821950.2273296799
2.8383-2.98780.22151660.2182292799
2.9878-3.17480.25461650.1952299899
3.1748-3.41960.21971650.18452985100
3.4196-3.76310.18351480.17082995100
3.7631-4.30620.18141770.15112974100
4.3062-5.41980.16011860.13683003100
5.4198-29.5270.22061510.195304499

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る