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- PDB-7jve: Crystal structure of Salmonella enterica Typhimurium BcfH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jve
タイトルCrystal structure of Salmonella enterica Typhimurium BcfH
要素DsbA family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / isomerase / fimbrial operon / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / DsbA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Subedi, P. / Heras, B. / Hor, L. / Paxman, J.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号
Australian Research Council (ARC)180102987 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)130100580 オーストラリア
引用ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / : 2021
タイトル: Salmonella enterica BcfH Is a Trimeric Thioredoxin-Like Bifunctional Enzyme with Both Thiol Oxidase and Disulfide Isomerase Activities.
著者: Subedi, P. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Hor, L. / Hong, Y. / Verderosa, A.D. / Whitten, A.E. / Panjikar, S. / Santos-Martin, C.F. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Heras, B.
履歴
登録2020年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DsbA family protein
B: DsbA family protein
C: DsbA family protein
D: DsbA family protein
E: DsbA family protein
F: DsbA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,40030
ポリマ-165,9736
非ポリマー1,42724
16,718928
1
A: DsbA family protein
B: DsbA family protein
C: DsbA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,70615
ポリマ-82,9863
非ポリマー72012
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
2
D: DsbA family protein
E: DsbA family protein
F: DsbA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,69415
ポリマ-82,9863
非ポリマー70712
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.012, 133.731, 146.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
DsbA family protein / Thiol-disulfide isomerase / Thioredoxin domain-containing protein


分子量: 27662.166 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: B9C96_12120, CC725_14640, D7O80_18050, DOC60_06685, DSM38_01995, ECA50_10820, SAMEA4398682_04006
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A564XRN6
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 mM Bis Tris propane, pH 6.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 88024 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 763336
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.346.30.58541770.8050.2450.6380.894.7
2.34-2.386.40.50142140.8330.2060.5440.8196.1
2.38-2.436.60.45743090.8640.1860.4960.82898.2
2.43-2.486.50.40442580.8880.1650.4380.82597.7
2.48-2.536.30.35142490.9110.1460.3820.80996.6
2.53-2.596.80.30343670.9370.1220.3280.82298.9
2.59-2.667.50.25743890.9560.0990.2760.83899.8
2.66-2.737.70.21643950.9710.0820.2320.84100
2.73-2.8180.19243990.9790.0720.2060.85799.8
2.81-2.98.30.16644030.9850.060.1770.90399.9
2.9-38.70.13544220.990.0480.1430.941100
3-3.129.20.11344230.9930.0390.1191.006100
3.12-3.269.80.09744260.9960.0320.1021.118100
3.26-3.4410.20.08144300.9960.0270.0861.214100
3.44-3.6510.60.06844750.9980.0220.0721.298100
3.65-3.9310.50.05844320.9980.0190.0611.324100
3.93-4.339.60.0544550.9980.0160.0531.31599.9
4.33-4.9510.60.04645240.9980.0150.0481.239100
4.95-6.2411.50.04445400.9980.0130.0461.012100
6.24-5011.30.03447370.9990.010.0360.87899.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
Auto-Rickshaw位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.31→42.65 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 4312 4.97 %
Rwork0.1665 82494 -
obs0.1686 86806 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.86 Å2 / Biso mean: 40.1789 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11445 0 204 928 12577
Biso mean--48.87 38.43 -
残基数----1487
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.31-2.340.25651140.18251966208070
2.34-2.360.261210.1952411253287
2.36-2.390.25861240.19412448257288
2.39-2.420.22011350.19522590272592
2.42-2.460.26271460.19672651279795
2.46-2.490.26491430.19292643278696
2.49-2.520.26371210.19472703282496
2.52-2.560.20961350.19722705284097
2.56-2.60.28011390.19112777291699
2.6-2.650.26461450.186527862931100
2.65-2.690.24681700.185427582928100
2.69-2.740.21961600.185527732933100
2.74-2.790.23841300.19228352965100
2.79-2.850.24391570.191327992956100
2.85-2.910.25871450.196428022947100
2.91-2.980.19871300.185828332963100
2.98-3.050.25051740.176527992973100
3.05-3.140.22161560.178128042960100
3.14-3.230.21791530.177328032956100
3.23-3.330.2221350.172328592994100
3.33-3.450.21391440.173328172961100
3.45-3.590.23521460.163628262972100
3.59-3.750.21421540.163328342988100
3.75-3.950.19351410.144928422983100
3.95-4.20.19371590.138928302989100
4.2-4.520.17661370.130128633000100
4.52-4.980.14061360.131529063042100
4.98-5.70.17651600.149828633023100
5.7-7.170.20921320.17929403072100
7.17-42.650.14921700.152630283198100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4321.7280.55353.00532.41293.6998-0.215-0.1926-0.2301-0.12270.2655-0.64470.0721.08410.36310.5166-0.0783-0.05420.65970.47050.732952.981633.84733.4063
21.25150.6213-0.69710.54-1.04921.67220.1264-0.05060.2208-0.0989-0.2426-0.2846-0.00430.40240.0960.2512-0.01980.0410.30290.10780.442933.408918.056717.3578
30.34590.41190.2091.0727-0.44743.21390.2211-0.13860.40070.27870.18990.1845-0.6314-0.1519-0.43230.30580.06590.07420.2181-0.0530.36552.232723.568938.4606
42.9863-0.5055-0.28383.19961.02052.7538-0.0733-0.222-0.08170.312-0.0457-0.0238-0.0180.17650.10660.1912-0.01790.01230.26190.02140.18367.280710.254738.8115
52.659-0.1557-0.38352.5220.56793.797-0.1145-0.1005-0.31330.0641-0.04210.04090.2646-0.12970.12510.1841-0.0060.01850.19720.02510.2371-4.5883.053437.3351
62.47791.6223-0.93772.2872-1.12181.88880.0636-0.13220.1073-0.0445-0.08760.20030.0567-0.13450.00760.21470.0308-0.01720.2313-0.03440.2364-8.92129.832729.3605
73.5197-0.26210.28512.5578-0.58723.5153-0.0149-0.19990.631-0.25210.0449-0.395-1.02290.11770.03940.3422-0.00010.07050.157-0.01740.339810.484821.624233.0671
84.2319-0.30950.7134.7334-0.21387.27980.0731-0.57570.43570.34430.1311-0.8261-0.57570.6141-0.20020.2481-0.0793-0.01310.3599-0.07870.332317.667818.973740.3314
90.58710.56530.37451.5799-1.03260.80190.04220.21960.21870.159-0.2433-0.1978-0.21550.20060.13950.32390.0050.10490.39350.15050.431545.79211.752213.194
102.87091.96920.22594.6141-0.04622.04410.0373-0.12660.1476-0.0426-0.14140.06650.0538-0.00730.10090.2218-0.01470.01450.14790.02430.203530.6869-29.063128.7986
113.5081.487-3.48916.5195-0.68536.7473-0.16290.2840.1071-0.82810.1027-1.13090.14240.58230.03390.344-0.03330.14230.31030.04570.508146.8456-22.40318.3249
122.04621.8682-0.3343.4393-0.24791.4417-0.1270.39360.1835-0.232-0.0475-0.13010.00470.3540.10580.30270.07870.08610.46990.22520.437942.075419.53867.9213
133.78960.49610.80252.6055-0.24095.0942-0.0580.4706-0.2557-0.4044-0.11830.32830.06250.14430.23720.27860.05380.02390.3213-0.03390.335121.4001-4.60379.3584
141.5516-0.2575-0.0571.9546-0.07112.26350.0128-0.0133-0.21450.0323-0.0617-0.01570.05670.09050.03430.17980.0230.04330.20070.0350.281622.967-1.862324.2587
157.11440.90970.65183.1116-0.17436.9731-0.12920.9812-0.369-1.0365-0.06970.2820.1503-0.46210.14660.46970.0412-0.02330.4387-0.07460.340516.3199-4.98323.2182
160.09260.219-0.13961.02060.46913.42750.1337-1.8665-0.49670.6645-0.42470.14090.01-0.3913-0.00720.7363-0.28930.0661.65740.03710.36750.46313.448243.9647
172.98212.37260.7561.82780.27590.97820.0943-0.66130.38260.0072-0.28330.3753-0.097-0.31080.11970.25750.03690.05860.3245-0.11840.362867.342716.229924.5183
183.2187-0.9534-0.07842.1043-0.20353.20520.10840.13490.8804-0.1856-0.1357-0.2053-0.69790.39780.00920.3519-0.04610.00280.1738-0.02460.362190.124231.096414.4661
193.0429-0.7867-0.41371.92770.03011.7689-0.02520.38530.1673-0.269-0.0473-0.0022-0.08680.02520.09640.2448-0.00850.0050.2560.04610.165690.230519.00866.9913
203.7168-0.3524-0.5492.1996-0.0052.3452-0.1890.8178-0.181-0.5455-0.0563-0.24450.36440.08610.15280.40790.06860.11360.46090.00360.239597.179813.9157-0.1211
212.83221.6251-2.65183.8016-3.34156.9002-0.00340.49280.0296-0.4655-0.0817-0.71380.70950.6190.30460.32960.10360.10710.44830.05810.3985110.547914.8265.7555
223.6136-0.838-0.01032.0756-0.76632.2182-0.1332-0.17690.3895-0.00710.07230.0792-0.2484-0.13610.01540.28570.0056-0.01990.1626-0.02990.217685.503922.285117.2951
234.2528-0.8133-1.64115.16590.68014.9714-0.45980.46990.6273-0.4102-0.05780.9489-0.5002-0.7269-0.13310.43340.1054-0.13110.34730.1110.461574.225429.54917.5745
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275.2571-0.90661.21172.1642-0.85173.06420.296-0.0495-0.6409-0.06690.2614-0.1020.41710.074-0.29950.2224-0.0103-0.06220.2646-0.04470.394376.7994-6.431817.0952
284.9262-0.46231.4962.7459-0.15372.76990.27160.36-0.5098-0.1049-0.0376-0.17020.12090.2665-0.31440.2181-0.022-0.01120.1992-0.04920.235979.1054-4.663917.4356
293.3504-0.27551.33465.72962.40873.71590.02490.1124-0.3804-0.15390.2735-0.13870.0850.1406-0.28540.153-0.04170.02430.2151-0.01170.177672.7852.0349.873
302.73620.74991.01852.5994-0.78993.4187-0.12120.1114-0.105-0.17210.25260.1665-0.3008-0.2813-0.12240.18630.01440.0280.2571-0.0510.221165.37852.50988.4859
312.39171.0817-1.97256.98240.61566.02390.0136-0.2978-1.58890.38880.04920.12191.2761-0.153-0.0140.497-0.0779-0.20320.30520.03310.75176.2583-15.238423.2352
321.7653-0.346-1.89585.8186-0.33642.23030.3529-0.6961-1.14780.28570.2449-0.45841.03760.6595-0.41590.45110.0576-0.24640.45130.0620.585285.1338-13.292526.3646
331.90351.7329-1.05133.1233-1.30580.62820.4199-0.44570.79750.7671-0.67821.1086-0.7552-0.5005-0.02880.6937-0.12490.14831.63-0.33660.545150.3148.889942.227
340.90330.93-0.59061.66511.9595.3310.2027-0.1710.06160.0044-0.33590.0772-0.151-0.51280.20620.18510.05360.03480.34980.00170.277451.9522-7.95789.1032
353.51441.0766-1.23983.680.00274.7756-0.2149-0.5644-0.47960.41090.1427-0.02071.02230.40620.0380.52770.12020.06420.38850.03030.207657.5656-22.7761-3.8252
362.0044-0.9325-0.99741.72520.14364.0067-0.1636-0.5386-0.0130.26820.1545-0.2250.72290.6082-0.00710.32280.0927-0.0030.3283-0.01340.161162.8269-18.6493-11.1358
370.43680.40590.13061.29680.34754.0478-0.2028-0.69230.0621-0.09880.543-0.69450.25691.1499-0.1080.30240.1853-0.02760.5376-0.04260.290772.1425-17.733-17.6362
381.96950.249-1.27213.0674-1.31826.5482-0.1819-0.37590.0340.45820.17380.43560.2515-0.3195-0.00070.35310.07120.05810.3579-0.03050.225551.8467-14.656-0.4937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 19 )A2 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 64 )A20 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 83 )A65 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 124 )A84 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 125 through 181 )A125 - 181
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 182 through 210 )A182 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 211 through 229 )A211 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 254 )A230 - 254
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 4 through 64 )B4 - 64
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 65 through 223 )B65 - 223
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 224 through 254 )B224 - 254
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 7 through 51 )C7 - 51
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 52 through 100 )C52 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 101 through 210 )C101 - 210
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 211 through 254 )C211 - 254
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 11 through 35 )D11 - 35
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 36 through 64 )D36 - 64
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 65 through 83 )D65 - 83
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 84 through 145 )D84 - 145
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 146 through 181 )D146 - 181
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 182 through 193 )D182 - 193
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 194 through 241 )D194 - 241
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 242 through 254 )D242 - 254
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 9 through 35 )E9 - 35
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 36 through 52 )E36 - 52
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 53 through 69 )E53 - 69
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 70 through 100 )E70 - 100
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 101 through 127 )E101 - 127
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 128 through 164 )E128 - 164
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 165 through 210 )E165 - 210
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 211 through 229 )E211 - 229
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 230 through 253 )E230 - 253
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 9 through 36 )F9 - 36
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 37 through 77 )F37 - 77
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 78 through 110 )F78 - 110
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 111 through 160 )F111 - 160
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 161 through 195 )F161 - 195
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 196 through 254 )F196 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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