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- PDB-4q40: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q40
タイトルCrystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with L-valine
要素Arginase
キーワードHYDROLASE / arginase-deacetylase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine metabolic process / arginase / arginase activity / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / : / VALINE / Arginase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.831 Å
データ登録者Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.
履歴
登録2014年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arginase
B: Arginase
C: Arginase
D: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,10630
ポリマ－169,0694
非ポリマー2,03626
水18,3571019
1
A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,72627
ポリマ－126,8023
非ポリマー1,92424
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area12050 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
2
B: Arginase
ヘテロ分子

B: Arginase
ヘテロ分子

B: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,65727
ポリマ－126,8023
非ポリマー1,85524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area12590 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area35080 Å2
手法PISA
3
C: Arginase
ヘテロ分子

C: Arginase
ヘテロ分子

C: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,45024
ポリマ－126,8023
非ポリマー1,64821
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area12110 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area35270 Å2
手法PISA
4
D: Arginase
ヘテロ分子

D: Arginase
ヘテロ分子

D: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,48312
ポリマ－126,8023
非ポリマー6819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area9290 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area34980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.808, 177.808, 177.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-672-

HOH

21A-675-

HOH

31A-802-

HOH

41B-704-

HOH

51B-746-

HOH

61B-795-

HOH

71C-624-

HOH

81C-641-

HOH

91D-559-

HOH

101D-595-

HOH

111D-613-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Arginase


分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase

-
非ポリマー , 5種, 1045分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-VAL / VALINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: crystal soaked in 50 mM L-valine, 14% PEG20000, 0.1 M imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 163655 / Num. obs: 163491 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.83-1.950.8132.1161800.81399.9
1.9-1.9750.5593162220.55999.9
1.97-2.0650.3674.5162510.36799.9
2.06-2.1750.276162850.27100
2.17-2.3150.1878.4162890.18799.9
2.31-2.4850.14310.9163260.143100
2.48-2.7350.11213.1163400.11299.9
2.73-3.1350.0915.7163560.0999.9
3.13-3.9450.07416.6164670.07499.9
3.94-504.90.05222.1167750.05299.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p


解像度: 1.831→49.315 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 18.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 7678 5.03 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.1751 152572 93.27 %-
all-163446 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.473 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.831→49.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10252 0 117 1019 11388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02614273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.123901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051856
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.831-1.85150.26522050.25464098X-RAY DIFFRACTION80
1.8515-1.87330.29142110.23914258X-RAY DIFFRACTION82
1.8733-1.89620.24542220.22064233X-RAY DIFFRACTION83
1.8962-1.92020.25592140.21524416X-RAY DIFFRACTION85
1.9202-1.94540.24392300.20764470X-RAY DIFFRACTION86
1.9454-1.97210.23252530.20174360X-RAY DIFFRACTION86
1.9721-2.00030.2362460.19624636X-RAY DIFFRACTION90
2.0003-2.03010.24912340.18754657X-RAY DIFFRACTION91
2.0301-2.06180.20852640.18184681X-RAY DIFFRACTION91
2.0618-2.09570.20682510.17814722X-RAY DIFFRACTION91
2.0957-2.13180.21642480.1734739X-RAY DIFFRACTION92
2.1318-2.17060.21162410.17184804X-RAY DIFFRACTION93
2.1706-2.21230.21312630.16674817X-RAY DIFFRACTION94
2.2123-2.25750.19192580.16334884X-RAY DIFFRACTION95
2.2575-2.30650.19032600.16334871X-RAY DIFFRACTION95
2.3065-2.36020.17942800.16614864X-RAY DIFFRACTION95
2.3602-2.41920.21962720.16334973X-RAY DIFFRACTION96
2.4192-2.48460.19052800.16534912X-RAY DIFFRACTION96
2.4846-2.55770.19562530.1664967X-RAY DIFFRACTION96
2.5577-2.64030.20432280.17055028X-RAY DIFFRACTION96
2.6403-2.73470.20042400.17725042X-RAY DIFFRACTION97
2.7347-2.84410.19872730.17165031X-RAY DIFFRACTION98
2.8441-2.97360.2062680.17915066X-RAY DIFFRACTION98
2.9736-3.13030.18572670.17665086X-RAY DIFFRACTION98
3.1303-3.32640.19752960.17225120X-RAY DIFFRACTION99
3.3264-3.58320.16542780.16855152X-RAY DIFFRACTION99
3.5832-3.94360.17442830.15115193X-RAY DIFFRACTION99
3.9436-4.51390.14532590.14795196X-RAY DIFFRACTION99
4.5139-5.68570.17323070.16055235X-RAY DIFFRACTION100
5.6857-49.33290.192940.18555383X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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