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- PDB-4q40: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q40 | ||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with L-valine | ||||||
![]() | Arginase | ||||||
![]() | HYDROLASE / arginase-deacetylase fold | ||||||
Function / homology | ![]() arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis. Authors: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 293.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 233.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 512.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 531.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 86 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4q3pSC ![]() 4q3qC ![]() 4q3rC ![]() 4q3sC ![]() 4q3tC ![]() 4q3uC ![]() 4q3vC ![]() 4q41C ![]() 4q42C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 42267.293 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1045 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/VAL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/VAL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-VAL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-IMD / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: crystal soaked in 50 mM L-valine, 14% PEG20000, 0.1 M imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2012 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→50 Å / Num. all: 163655 / Num. obs: 163491 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4Q3P Resolution: 1.831→49.315 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / Phase error: 18.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.473 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.831→49.315 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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