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- PDB-4q41: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q41 | ||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with L-lysine | ||||||
![]() | Arginase | ||||||
![]() | HYDROLASE / arginase-deacetylase fold | ||||||
Function / homology | ![]() arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis. Authors: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 275.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 220.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 492 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 506.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 70.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4q3pSC ![]() 4q3qC ![]() 4q3rC ![]() 4q3sC ![]() 4q3tC ![]() 4q3uC ![]() 4q3vC ![]() 4q40C ![]() 4q42C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 42267.293 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: crystal soaked in 50 mM L-lysine, 0.1 M imidazole, pH 7.0, 14% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2012 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.199→50 Å / Num. all: 94329 / Num. obs: 94329 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 34.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 13.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4Q3P Resolution: 2.199→49.215 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.199→49.215 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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