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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7jve | |||||||||
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| Title | Crystal structure of Salmonella enterica Typhimurium BcfH | |||||||||
Components | DsbA family protein | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / isomerase / fimbrial operon / virulence factor | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationThioredoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | |||||||||
| Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.31 Å | |||||||||
Authors | Subedi, P. / Heras, B. / Hor, L. / Paxman, J.J. | |||||||||
| Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Antioxid.Redox Signal. / Year: 2021Title: Salmonella enterica BcfH Is a Trimeric Thioredoxin-Like Bifunctional Enzyme with Both Thiol Oxidase and Disulfide Isomerase Activities. Authors: Subedi, P. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Hor, L. / Hong, Y. / Verderosa, A.D. / Whitten, A.E. / Panjikar, S. / Santos-Martin, C.F. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Heras, B. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7jve.cif.gz | 602 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7jve.ent.gz | 499.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7jve.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7jve_validation.pdf.gz | 503.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7jve_full_validation.pdf.gz | 521.1 KB | Display | |
| Data in XML | 7jve_validation.xml.gz | 63.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 7jve_validation.cif.gz | 90.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jve | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27662.166 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria)Gene: B9C96_12120, CC725_14640, D7O80_18050, DOC60_06685, DSM38_01995, ECA50_10820, SAMEA4398682_04006 Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-PGE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: 0.2 M MgCl2, 0.1 mM Bis Tris propane, pH 6.0, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 11, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 88024 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 763336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.31→42.65 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.15 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 153.86 Å2 / Biso mean: 40.1789 Å2 / Biso min: 16.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.31→42.65 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Australia, 2items
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