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- PDB-7jur: Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jur
タイトルCrystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Trametinib
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Kinase suppressor of Ras 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Pseudokinase / drug target / cell signaling and cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants ...mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein tyrosine kinase activity / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / mitochondrion / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinase suppressor of RAS, SAM-like domain / SAM like domain present in kinase suppressor RAS 1 / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin superfamily / Kinase suppressor RAS 1 N-terminal helical hairpin / : / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Kinase suppressor of RAS, SAM-like domain / SAM like domain present in kinase suppressor RAS 1 / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin superfamily / Kinase suppressor RAS 1 N-terminal helical hairpin / : / : / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Trametinib / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / Kinase suppressor of Ras 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Khan, Z.M. / Dar, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)5R01CA227636-02 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)1DP2CA186570-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the action of the drug trametinib at KSR-bound MEK.
著者: Khan, Z.M. / Real, A.M. / Marsiglia, W.M. / Chow, A. / Duffy, M.E. / Yerabolu, J.R. / Scopton, A.P. / Dar, A.C.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Kinase suppressor of Ras 2
C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5447
ポリマ－82,8682
非ポリマー1,6765
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The MEK1:KSR2 heterodimer was also eluted as a homo-dimer of MEK1:KSR2 heterodimer, centered around KSR2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.000, 140.000, 222.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BC

#1: タンパク質 Kinase suppressor of Ras 2 / hKSR2


分子量: 39748.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KSR2 / プラスミド: pFastBac Dual
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6VAB6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAPKK 1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 43119.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / プラスミド: pFastBac Dual
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29678, mitogen-activated protein kinase kinase

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非ポリマー , 4種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-QOM / Trametinib / N-(3-{3-cyclopropyl-5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-6,8-dimethyl-2,4,7-trioxo-3,4,6,7-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-1(2H)-yl}phenyl)acetamide / トラメチニブ


分子量: 615.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H23FIN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG-3350, 100 mM MES pH 6.25, 200 mM Magnesium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→50 Å / Num. obs: 31255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.87
反射 シェル解像度: 2.82→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique obs: 2270 / CC1/2: 0.52 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3177)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y4I

2y4i


解像度: 2.82→46.895 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 1493 4.78 %
Rwork0.237 --
obs-31247 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→46.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4662 0 101 7 4770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0856575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7052917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.824-2.91510.3791090.34362416X-RAY DIFFRACTION90
2.9151-3.01930.38341560.31182625X-RAY DIFFRACTION100
3.0193-3.14010.34931360.31112669X-RAY DIFFRACTION100
3.1401-3.2830.33121310.30052696X-RAY DIFFRACTION100
3.283-3.45610.28191390.27122678X-RAY DIFFRACTION100
3.4561-3.67250.28461210.25932719X-RAY DIFFRACTION100
3.6725-3.95590.28831440.24272701X-RAY DIFFRACTION100
3.9559-4.35380.27651570.22682714X-RAY DIFFRACTION100
4.3538-4.98320.26431440.21112743X-RAY DIFFRACTION100
4.9832-6.27590.28061300.23712801X-RAY DIFFRACTION100
6.2759-46.8950.22061260.19862992X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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