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- PDB-7jsm: CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jsm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1
要素S-arrestin
キーワードPROTEIN BINDING / GPCR / rhodopsin / phototransduction / basal state
機能・相同性
機能・相同性情報


Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / photoreceptor outer segment / response to light stimulus / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / signal transduction / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sander, C.L. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural evidence for visual arrestin priming via complexation of phosphoinositols.
著者: Sander, C.L. / Luu, J. / Kim, K. / Furkert, D. / Jang, K. / Reichenwallner, J. / Kang, M. / Lee, H.J. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Fiedler, D. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2020年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-arrestin
B: S-arrestin
C: S-arrestin
D: S-arrestin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,3394
ポリマ－181,3394
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.175, 186.967, 90.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA9 - 3859 - 385
21LEULEUBB9 - 3859 - 385
12LEULEUAA9 - 3859 - 385
22LEULEUCC9 - 3859 - 385
13LEULEUAA9 - 3859 - 385
23LEULEUDD9 - 3859 - 385
14ASNASNBB9 - 3849 - 384
24ASNASNCC9 - 3849 - 384
15METMETBB9 - 4029 - 402
25METMETDD9 - 4029 - 402
16ASNASNCC9 - 3849 - 384
26ASNASNDD9 - 3849 - 384

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
S-arrestin / 48 kDa protein / Retinal S-antigen / S-AG / Rod photoreceptor arrestin


分子量: 45334.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P08168
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 98577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 72.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.93
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 1.721 / Num. unique obs: 15684 / CC1/2: 0.52 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3UGX

3ugx


解像度: 2.5→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 22.876 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 4928 5 %RANDOM
Rwork0.2076 ---
obs0.2088 93643 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.51 Å2 / Biso mean: 72.077 Å2 / Biso min: 37.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.65 Å2-0 Å2
3----2.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11748 0 0 160 11908
Biso mean---61.48 -
残基数----1497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01711436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.64916257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1921.57526590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2451488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62522.73575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.044152134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3131568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022336
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101940.14
12B101940.14
21A108980.08
22C108980.08
31A103150.13
32D103150.13
41B100270.12
42C100270.12
51B112840.09
52D112840.09
61C101540.12
62D101540.12
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 356 -
Rwork0.414 6819 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6214-0.80480.62960.1432-0.11950.17280.01630.24080.1028-0.005-0.046-0.0379-0.00530.01220.02960.00690.00070.03210.10120.02230.196291.07136.183-3.196
22.24930.7597-0.97731.9706-1.23783.4733-0.0078-0.0835-0.3336-0.03980.06020.16580.4756-0.3207-0.05250.101-0.0163-0.05260.1233-0.04340.169930.65721.635-0.121
30.248-0.9855-0.25324.68740.94170.4432-0.0724-0.0482-0.06990.4320.0290.1415-0.00280.00330.04340.1017-0.0139-0.01630.1643-0.00150.124447.156-10.25325.352
41.76111.0621-1.33572.7611-1.6533.44340.0723-0.09220.15780.145-0.0572-0.3241-0.23080.3546-0.01510.0499-0.006-0.04980.1125-0.04830.150157.48150.1122.528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 386
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 549
3X-RAY DIFFRACTION1D526
4X-RAY DIFFRACTION2B8 - 402
5X-RAY DIFFRACTION2B501 - 525
6X-RAY DIFFRACTION3C9 - 385
7X-RAY DIFFRACTION3C508 - 528
8X-RAY DIFFRACTION4D9 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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