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- PDB-7dbw: PnpA1, the oxygenase component of a two-component para-nitropheno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dbw
タイトルPnpA1, the oxygenase component of a two-component para-nitrophenol hydroxylase from Rhodococcus imtechensis RKJ300
要素4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / para-nitrophenol / flavin-dependent two-component monooyxgenase / hydroxylase / biodegradation
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors
類似検索 - 分子機能
HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus imtechensis RKJ300 = JCM 13270 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guo, Y. / Zheng, J.T. / Zhou, N.Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0901200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670107 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770068 中国
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: Single-Component and Two-Component para -Nitrophenol Monooxygenases: Structural Basis for Their Catalytic Difference.
著者: Guo, Y. / Li, D.F. / Zheng, J. / Xu, Y. / Zhou, N.Y.
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase
A: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase
B: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,4173
ポリマ－179,4173
非ポリマー00
水1,33374
1
C: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase

C: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase

C: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase

C: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,2234
ポリマ－239,2234
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_445-y-1,-x-1,-z1
crystal symmetry operation10_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area25180 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area65960 Å2
手法PISA
2
A: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase
B: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase

A: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase
B: 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,2234
ポリマ－239,2234
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-x,-y-1,z1
Buried area25160 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area65250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.007, 150.007, 321.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase


分子量: 59805.770 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus imtechensis RKJ300 = JCM 13270 (バクテリア)
遺伝子: W59_00989 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I0WZP1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 M Tris (pH 7.25), 1.5 M (NH4)2SO4 and 4% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 63441 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.381 / Net I/σ(I): 13.14
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 3097 / CC1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.18 / Rrim(I) all: 0.642 / Χ2: 0.415 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G5E

4g5e


解像度: 2.5→22.78 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2913 3212 5.1 %
Rwork0.2418 59779 -
obs0.2444 62991 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.97 Å2 / Biso mean: 39.8107 Å2 / Biso min: 11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→22.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11895 0 0 74 11969
Biso mean---28.89 -
残基数----1494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.540.31581490.29462493264298
2.54-2.580.38551300.283525792709100
2.58-2.620.32271430.283525562699100
2.62-2.660.34831400.270825842724100
2.66-2.710.32351340.283725822716100
2.71-2.770.35321350.28525702705100
2.77-2.820.31121290.281825952724100
2.82-2.880.35011430.262225892732100
2.88-2.950.2961490.26525822731100
2.95-3.020.28321460.26825682714100
3.02-3.10.33531300.2642586271699
3.1-3.20.33921460.25722575272199
3.2-3.30.28521370.251725842721100
3.3-3.420.31861450.247325952740100
3.42-3.550.32551210.2326262747100
3.55-3.710.27171480.223125972745100
3.71-3.910.2591380.214125952733100
3.91-4.150.24521370.204626402777100
4.15-4.470.17851320.192426312763100
4.47-4.920.23131260.203526482774100
4.92-5.620.32561530.22452641279499
5.62-7.040.35961450.25952664280999
7.04-22.780.27911560.25492699285596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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