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万見
- PDB-7jsi: Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Hexamer-ssDNA with ATPgS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jsi
タイトルAdeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Hexamer-ssDNA with ATPgS
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Protein Rep68
キーワードVIRAL PROTEIN / AAV / Protein-DNA / AAA+ / SF3 / HUH
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein Rep68
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.01 Å
データ登録者Escalante, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124204 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: The Cryo-EM structure of AAV2 Rep68 in complex with ssDNA reveals a malleable AAA+ machine that can switch between oligomeric states.
著者: Vishaka Santosh / Faik N Musayev / Rahul Jaiswal / Francisco Zárate-Pérez / Bram Vandewinkel / Caroline Dierckx / Molly Endicott / Kamyar Sharifi / Kelly Dryden / Els Henckaerts / Carlos R Escalante /
要旨: The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and ...The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and during the latent phase, site-specific integration. Rep proteins contain two multifunctional domains: an Origin Binding Domain (OBD) and a SF3 helicase domain (HD). Studies have shown that Rep proteins have a dynamic oligomeric behavior where the nature of the DNA substrate molecule modulates its oligomeric state. In the presence of ssDNA, Rep68 forms a large double-octameric ring complex. To understand the mechanisms underlying AAV Rep function, we investigated the cryo-EM and X-ray structures of Rep68-ssDNA complexes. Surprisingly, Rep68 generates hybrid ring structures where the OBD forms octameric rings while the HD forms heptamers. Moreover, the binding to ATPγS promotes a large conformational change in the entire AAA+ domain that leads the HD to form both heptamer and hexamers. The HD oligomerization is driven by an interdomain linker region that acts as a latch to 'catch' the neighboring HD subunit and is flexible enough to permit the formation of different stoichiometric ring structures. Overall, our studies show the structural basis of AAV Rep's structural flexibility required to fulfill its multifunctional role during the AAV life cycle.
履歴
登録2020年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22455
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rep68
B: Protein Rep68
C: Protein Rep68
D: Protein Rep68
E: Protein Rep68
F: Protein Rep68
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,3677
ポリマ－367,3677
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Protein Rep68


分子量: 60829.742 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: Rep68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P03132, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2388.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AAV-2 Rep68/dT25 complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: hexameric complex / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.37 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)10804
21synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM(hydroxymethyl) aminomethaneC4H11NO31
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1722

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2Leginon画像取得
4RELIONCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 578679
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61195 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1S9H

1s9h


PDB chain-ID: a / Accession code: 1S9H / Pdb chain residue range: 225-490 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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