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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jrq | ||||||
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タイトル | Crystallographically Characterized De Novo Designed Mn-Diphenylporphyrin Binding Protein | ||||||
![]() | MPP1 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / metalloprotein / porphyrin / oxidation / sulfoxidation / high-talent / helical bundle | ||||||
機能・相同性 | Chem-SMU![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mann, S.I. / DeGrado, W.F. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: De Novo Design, Solution Characterization, and Crystallographic Structure of an Abiological Mn-Porphyrin-Binding Protein Capable of Stabilizing a Mn(V) Species. 著者: Mann, S.I. / Nayak, A. / Gassner, G.T. / Therien, M.J. / DeGrado, W.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5tgyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15495.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→39.68 Å / Num. obs: 18042 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / Num. unique obs: 1510 / CC1/2: 0.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5tgy 解像度: 1.75→39.68 Å / SU ML: 0.1883 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0354 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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