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- PDB-7jrf: CO-CO-BOUND NITROGENASE MOFE-PROTEIN FROM A. VINELANDII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jrf
タイトルCO-CO-BOUND NITROGENASE MOFE-PROTEIN FROM A. VINELANDII
要素(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITROGENASE / FEMO-COFACTOR / INHIBITION
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / : / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / CARBON MONOXIDE / HYDROSULFURIC ACID / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICE / IMIDAZOLE / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Spatzal, T. / Perez, K.A. / Buscagan, T.M. / Maggiolo, A.O. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Two CO Molecules Bound to the Nitrogenase Active Site.
著者: Buscagan, T.M. / Perez, K.A. / Maggiolo, A.O. / Rees, D.C. / Spatzal, T.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,92528
ポリマ－229,7984
非ポリマー4,12724
水36,4982026
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34000 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area57380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.052, 129.974, 107.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 55363.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

-
非ポリマー , 9種, 2050分子

#3: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#4: 化合物 ChemComp-ICE / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 755.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#7: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Peg 4000, sodium chloride, imidazole / malate, glycerol, spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→39.63 Å / Num. obs: 447443 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.33→1.4 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.883 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 65111 / CC1/2: 0.747 / Rpim(I) all: 0.434 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U7Q

3u7q


解像度: 1.33→39.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.948 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15 22350 5 %RANDOM
Rwork0.116 ---
obs0.1177 425029 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.98 Å2 / Biso mean: 14.493 Å2 / Biso min: 5.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.02 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15859 0 146 2026 18031
Biso mean--15.34 26.18 -
残基数----1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01316680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.68223032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6131.57835312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61752072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51522.625857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.343152902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3791592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.22117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0218640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.534331849
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1681 -
Rwork0.235 31211 -
all-32892 -
obs--97.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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