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- PDB-7jr2: Crystal structure of the R64M mutant of Bauhinia Bauhinioides Kal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jr2
タイトルCrystal structure of the R64M mutant of Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor complexed with Bovine Trypsin
要素
  • Cationic trypsin
  • Kunitz-type inihibitor
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Human Kallikrein 4 / Bauhinia Bauhiniordes Kallikrein Inhibitor / Bovine Trypsin / R64M mutant / BbKI / STRUCTURAL PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. ...Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Kunitz-type inihibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bauhinia bauhinioides (マメ科)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Li, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural studies of complexes of kallikrein 4 with wild-type and mutated forms of the Kunitz-type inhibitor BbKI.
著者: Li, M. / Srp, J. / Mares, M. / Wlodawer, A. / Gustchina, A.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
G: Kunitz-type inihibitor
B: Cationic trypsin
C: Cationic trypsin
D: Cationic trypsin
E: Cationic trypsin
F: Cationic trypsin
H: Kunitz-type inihibitor
I: Kunitz-type inihibitor
J: Kunitz-type inihibitor
K: Kunitz-type inihibitor
L: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,28134
ポリマ－247,16812
非ポリマー2,11322
水18,8981049
1
A: Cationic trypsin
G: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4835
ポリマ－41,1952
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
2
B: Cationic trypsin
H: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3874
ポリマ－41,1952
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
3
C: Cationic trypsin
I: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5796
ポリマ－41,1952
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
4
D: Cationic trypsin
J: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5796
ポリマ－41,1952
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
5
E: Cationic trypsin
K: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5796
ポリマ－41,1952
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
6
F: Cationic trypsin
L: Kunitz-type inihibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6757
ポリマ－41,1952
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.700, 207.700, 107.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 16 through 41 or resid 43...
21(chain B and (resid 16 through 41 or resid 43...
31(chain C and (resid 16 through 41 or resid 43...
41(chain D and (resid 16 through 41 or resid 43...
51(chain E and (resid 16 through 41 or resid 43...
61(chain F and (resid 16 through 41 or resid 43...
12chain G
22chain H
32chain I
42chain J
52chain K
62chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 16 through 41 or resid 43...A16 - 41
121(chain A and (resid 16 through 41 or resid 43...A43 - 174
131(chain A and (resid 16 through 41 or resid 43...A176 - 185
141(chain A and (resid 16 through 41 or resid 43...A187 - 245
211(chain B and (resid 16 through 41 or resid 43...B16 - 41
221(chain B and (resid 16 through 41 or resid 43...B43 - 174
231(chain B and (resid 16 through 41 or resid 43...B176 - 185
241(chain B and (resid 16 through 41 or resid 43...B187 - 245
311(chain C and (resid 16 through 41 or resid 43...C16 - 41
321(chain C and (resid 16 through 41 or resid 43...C43 - 174
331(chain C and (resid 16 through 41 or resid 43...C176 - 185
341(chain C and (resid 16 through 41 or resid 43...C187 - 245
411(chain D and (resid 16 through 41 or resid 43...D16 - 41
421(chain D and (resid 16 through 41 or resid 43...D43 - 174
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441(chain D and (resid 16 through 41 or resid 43...D187 - 245
511(chain E and (resid 16 through 41 or resid 43...E16 - 41
521(chain E and (resid 16 through 41 or resid 43...E43 - 174
531(chain E and (resid 16 through 41 or resid 43...E176 - 185
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611(chain F and (resid 16 through 41 or resid 43...F16 - 41
621(chain F and (resid 16 through 41 or resid 43...F43 - 174
631(chain F and (resid 16 through 41 or resid 43...F176 - 185
641(chain F and (resid 16 through 41 or resid 43...F187 - 245
112chain GG1 - 163
212chain HH1 - 163
312chain II1 - 163
412chain JJ1 - 163
512chain KK1 - 163
612chain LL1 - 163

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質
Kunitz-type inihibitor


分子量: 17870.318 Da / 分子数: 6 / Mutation: R64M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VEQ7
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 217047 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 9.21
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 10891 / Rsym value: 0.797

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.851→37.264 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 164.17 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2146 0.99 %
Rwork0.1653 --
obs0.1676 216275 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.67 Å2 / Biso mean: 24.97 Å2 / Biso min: 5.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→37.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17316 0 110 1049 18475
Biso mean--38.7 25.3 -
残基数----2316
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5897X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
12B5897X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
13C5897X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
14D5897X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
15E5897X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
16F5897X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
21G4706X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
22H4706X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
23I4706X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
24J4706X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
25K4706X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
26L4706X-RAY DIFFRACTION11.435TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0097-0.00370.00070.0023-0.00040.0099-0.05570.0209-0.089-0.02640.0369-0.0018-0.01210.036600.0807-0.02680.01870.06260.01460.087795.731979.969173.5674
20.03330.0161-0.03390.0267-0.01510.0378-0.0608-0.1186-0.0012-0.05320.01150.0195-0.0551-0.077700.0793-0.00980.030.05770.03490.07789.958987.045384.489
30.0028-0.00360.00260.004100.00270.00060.00730.025-0.0304-0.0015-0.0412-0.00340.0057-00.10480.00310.01910.07460.00870.0974116.4865100.64776.8149
4-0.00040.0025-0.00120.0008-0.00340.0022-0.0218-0.02940.02150.0214-0.006-0.03910.0015-0.002900.1070.0113-0.01240.0726-0.01250.1407120.4564109.472687.9995
50.0025-0.00020.00060.0010.0020.0013-0.02590.0011-0.00690.00840.01110.0050.02390.003900.1037-0.00160.0150.0613-0.00230.0895101.875397.040579.3738
60.0031-0.00110.00260.00090.00120.0051-0.0273-0.03780.02440.03250.01340.00130.0167-0.0145-00.16780.0265-0.02120.0393-0.01380.1225109.7508108.751990.1741
70.00850.0031-0.00650.0104-0.00230.0079-0.01690.00350.0345-0.05590.0055-0.0293-0.01660.04200.13-0.01370.01350.08470.00780.1234111.8345111.526177.5104
80.008-0.0009-0.00330.00340.00090.00570.0324-0.0013-0.03390.0142-0.02420.0459-0.0136-0.004400.1014-0.0144-0.0140.0881-0.02720.0854126.84462.239792.6091
90.0001-0.00020.0010.0007-0.0019-0.0006-0.01060.008-0.00480.0173-0.02680.0143-0.0185-0.029200.1555-0.02660.00020.1224-0.02750.0965121.791462.594298.1908
100.006-0.00920.0040.006-0.00240.00790.02250.02630.02160.0187-0.0165-0.02240.04650.025600.126-0.032-0.03310.14190.00450.1364134.426358.761994.0577
110.02840.0281-0.00860.01960.00810.0210.02990.0643-0.0564-0.0351-0.05630.0125-0.0090.054-00.09540.0119-0.02150.0699-0.03750.0619133.733261.093980.0668
120.0064-0.00820.0020.00590.00190.0069-0.02460.01290.0767-0.02420.0489-0.0020.0037-0.034-00.1194-0.0269-0.01890.1125-0.03090.1145112.057540.199973.477
130.02420.01420.02020.02660.0030.028-0.0955-0.1120.0062-0.05730.0663-0.00250.04130.0402-00.0875-0.015-0.02580.0889-0.03480.0839117.771933.223984.4273
140.00550.0003-0.00260.00080.00070.01030.0225-0.00710.03520.0469-0.0271-0.06290.03180.011400.1035-0.02720.01050.07420.02090.077482.524557.732994.4093
150.03030.01520.00570.0289-0.0240.03090.10260.05550.0704-0.0151-0.08960.00410.0177-0.07400.1065-0.0220.02330.05960.03210.076774.005259.485483.2198
160.0048-0.0035-0.00590.00120.00440.00730.0556-0.0164-0.02950.0343-0.02950.0672-0.0280.0101-00.0096-0.1347-0.1396-0.1563-0.2537-0.192723.04133.035391.0974
170.00080.0011-0.00020.00330.00020.0026-0.0080.0041-0.00540.0079-0.02080.00940.0047-0.021300.164-0.0511-0.00880.1607-0.04620.100717.79753.315396.4567
180.0049-0.01110.00030.01030.01280.00880.0001-0.00040.00440.0431-0.0130.0050.03050.0459-00.0246-0.1183-0.0536-0.0284-0.07550.054630.5394-0.493892.6329
190.02360.00660.00180.03040.02990.02450.04620.05240.01020.0179-0.0809-0.0527-0.03840.056100.0601-0.0074-0.02830.0318-0.0825-0.149130.19012.141178.5372
200.005-0.0006-0.00160.00580.00160.0073-0.0534-0.0106-0.06560.02340.00230.02060.03660.0275-00.0266-0.0546-0.04570.0486-0.0173-0.0337-10.109518.654475.3656
210.0163-0.00390.00930.0082-0.01330.0241-0.0793-0.04930.0338-0.06840.05240.0598-0.0260.029100.0614-0.08910.0857-0.08380.2455-0.3237-12.992722.57373.0159
220.00120.00040-0.0001-0.0010.0007-0.0354-0.02050.01080.0259-0.0035-0.0275-0.01580.0165-00.0716-0.0074-0.00330.12920.00230.06911.491920.221684.221
230.00060.00070.0001-0.00110.00090.0056-0.0359-0.0115-0.04240.0197-0.01720.0017-0.044-0.043200.05240.00240.03430.0396-0.0257-0.3205-13.208928.483691.1927
240.0122-0.0066-0.01630.00860.00660.00880.024-0.00870.03170.02640.03130.137-0.0108-0.0126-0-0.0296-0.0058-0.1480.04790.0352-0.2661-17.998427.596181.7243
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260.0052-0.00050.00420.00510.00880.00520.00660.03430.07440.0092-0.0376-0.00280.0220.005500.072-0.0072-0.00180.08190.00330.1265137.628590.100481.7674
270.0016-0.0032-0.00060.002-0.00170.004-0.00090.04370.0148-0.0303-0.0275-0.0236-0.0073-0.0053-00.08030.00570.00090.10810.00450.1064142.881688.600276.8417
280.00810.0052-0.0010.00330.0020.00960.0143-0.0190.0580.0478-0.0468-0.0335-0.0295-0.00800.107-0.0095-0.00370.1114-0.00530.1118144.225592.151189.2703
290.0073-0.01150.0020.01990.01060.0107-0.048-0.0115-0.0607-0.00020.03310.0765-0.0365-0.002100.09810.0124-0.0030.09070.00840.123292.913216.97381.7119
300.0026-0.001-0.001-0.000100.0052-0.0217-0.0333-0.0290.0354-0.0004-0.0093-0.03460.0067-00.11510.00730.0030.08760.00120.111598.20211.528990.4723
310.0053-0.00020.00390.00910.00510.0117-0.01630.0167-0.0369-0.05740.01060.0126-0.0069-0.0128-00.1179-0.0056-0.00760.0913-0.00880.132496.05068.496677.9442
320.00210.00020.00330.0014-0.00160.00340.0349-0.0104-0.01710.00040.0197-0.0029-0.00290.0171-00.0943-0.0044-0.00430.14160.00860.104377.100634.219891.2734
330.0030.0028-0.00220.00250.00030.0006-0.0122-0.0004-0.0214-0.0101-0.0136-0.01010.0168-0.001300.1098-0.0183-0.00910.1502-0.03540.225367.204219.294979.0762
340.00430.0031-0.00560.0092-0.00360.00830.02260.0335-0.08830.0098-0.03410.013-0.0392-0.008600.0692-0.0190.00330.0773-0.01280.089568.54933.094380.5272
350.00730.00810.0010.0057-0.00440.01420.0122-0.0327-0.03560.0447-0.03660.020.04090.00700.1065-0.02390.00270.09560.0080.104763.482928.001288.9075
360.00420.0032-0.00230.00170.00080.0020.0187-0.02640.01060.00640.02920.01880.0101-0.009600.0654-0.00620.00980.06730.00070.044526.762426.619690.439
370.0030.00020.00160.0029-0.00060.0006-0.00850.00520.0345-0.0015-0.01720.0108-0.01340.0008-00.14470.00470.03980.12820.0880.214837.161741.768579.2018
380.00820.00420.00110.0060.0034-00.02720.04610.0680.0194-0.01160.0197-0.0116-0.043300.069-0.0149-0.02250.08020.00320.038931.127226.336382.1182
390.002-0.0023-0.00050.0009-0.00150.002-0.01350.03860.0173-0.0192-0.0141-0.02840.02050.012300.085-0.0080.04030.07390.00540.152443.033830.614876.6532
400.00810.0083-0.00080.01060.00560.01190.0004-0.02820.07180.0457-0.0356-0.0425-0.0501-0.0209-00.0686-0.0549-0.00450.06270.01450.082840.530332.748788.6913
410.00210.0002-0.00180.00210.00010.00270.02790.00120.0094-0.01470.0135-0.01480.0183-0.006300.0763-0.01160.00170.084-0.00670.06668.892235.965475.1343
420.00180.0011-0.00110.0051-0.00160.0003-0.0295-0.00550.01180.001-0.009-0.0384-0.0160.0105-00.1147-0.0278-0.1170.0561-0.12610.17816.913852.437387.0523
430.0031-0.0011-0.00110.005-0.00170.00240.00170.00890.0345-0.01210.0238-0.08780.0365-0.0336-00.06540.0011-0.00270.0312-0.00440.06246.150839.300480.6703
440.0002-0.00010.00370.00060.00090.0043-0.0407-0.04650.02060.02450.01830.002-0.02890.013500.1061-0.0081-0.02720.0303-0.00780.11886.743148.989689.5907
450.00490.0005-0.00070.00780.00250.0012-0.0507-0.01790.0259-0.02010.00130.0179-0.0038-0.02-00.0998-0.0105-0.00170.05240.00120.074-0.007848.124479.2245
460.00160.0033-0.0020.00250.0003-0.0007-0.021-0.00120.0257-0.0078-0.0226-0.026-0.04060.074700.137-0.03890.01350.0287-0.01250.185313.465552.266378.5306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 90 )A16 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 245 )A91 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 1 through 34 )G1 - 34
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 35 through 60 )G35 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 61 through 74 )G61 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 75 through 111 )G75 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 112 through 163 )G112 - 163
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 16 through 67 )B16 - 67
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 69 through 90 )B69 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 91 through 123 )B91 - 123
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 124 through 245 )B124 - 245
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 16 through 90 )C16 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 91 through 245 )C91 - 245
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 16 through 90 )D16 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 91 through 245 )D91 - 245
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 16 through 67 )E16 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 69 through 90 )E69 - 90
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 91 through 123 )E91 - 123
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 124 through 245 )E124 - 245
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 16 through 54 )F16 - 54
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 55 through 140 )F55 - 140
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 141 through 155 )F141 - 155
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 156 through 196 )F156 - 196
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 197 through 245 )F197 - 245
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 1 through 34 )H1 - 34
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 35 through 74 )H35 - 74
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 75 through 111 )H75 - 111
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 112 through 163 )H112 - 163
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 1 through 74 )I1 - 74
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'I' and (resid 75 through 111 )I75 - 111
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resid 112 through 163 )I112 - 163
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'J' and (resid 1 through 23 )J1 - 23
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'J' and (resid 24 through 48 )J24 - 48
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'J' and (resid 49 through 111 )J49 - 111
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'J' and (resid 112 through 163 )J112 - 163
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'K' and (resid 1 through 23 )K1 - 23
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'K' and (resid 24 through 48 )K24 - 48
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'K' and (resid 49 through 86 )K49 - 86
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'K' and (resid 87 through 111 )K87 - 111
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'K' and (resid 112 through 163 )K112 - 163
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'L' and (resid 1 through 23 )L1 - 23
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'L' and (resid 24 through 48 )L24 - 48
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'L' and (resid 49 through 74 )L49 - 74
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'L' and (resid 75 through 103 )L75 - 103
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'L' and (resid 104 through 135 )L104 - 135
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'L' and (resid 136 through 163 )L136 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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