PDB-7jqz: Crystal structure of Cfl2 wild-type from Burkholderia cenocepacia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jqz

タイトル

Crystal structure of Cfl2 wild-type from Burkholderia cenocepacia

要素

Alpha/beta hydrolase fold

キーワード

HYDROLASE / decamer / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Taher, N.M. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM113240	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R37-AI83256-06	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20-GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	P30-DK117469	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural characterization of two cif-like epoxide hydrolases from Burkholderia cenocepacia .
著者: Taher, N.M. / Hvorecny, K.L. / Burke, C.M. / Gilman, M.S.A. / Heussler, G.E. / Adolf-Bryfogle, J. / Bahl, C.D. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jqz.cif.gz	585.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jqz.ent.gz	484.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jqz_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jqz_full_validation.pdf.gz	517.7 KB	表示
XML形式データ	7jqz_validation.xml.gz	107.1 KB	表示
CIF形式データ	7jqz_validation.cif.gz	150.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jqxC 7jqyC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	21892 5f0k-d 5zia-d 5h4v-d 1241 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold

B: Alpha/beta hydrolase fold

C: Alpha/beta hydrolase fold

D: Alpha/beta hydrolase fold

E: Alpha/beta hydrolase fold

F: Alpha/beta hydrolase fold

G: Alpha/beta hydrolase fold

H: Alpha/beta hydrolase fold

I: Alpha/beta hydrolase fold

J: Alpha/beta hydrolase fold

345 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.734, 210.471, 86.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold 分子量: 34540.922 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain MC0-3) (バクテリア) 株: MC0-3 / 遺伝子: Bcenmc03_3580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1K378
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 784 mM sodium thiocyanate, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.54 Å / Num. obs: 170389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 27173 / CC_1/2: 0.822 / R_rim(I) all: 0.841

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 2.2→48.54 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2165	8500	4.99 %	Random selection in thin resolution shells
R_work	0.1848	161762	-	-
obs	0.1863	170263	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.23 Å² / B_iso mean: 39.4107 Å² / B_iso min: 19.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23260	0	0	1141	24401
B_iso mean	-	-	-	41.6	-
残基数	-	-	-	-	2940

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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