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- PDB-7jqx: Crystal structure of Cfl1 wild-type from Burkholderia cenocepacia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jqx
タイトルCrystal structure of Cfl1 wild-type from Burkholderia cenocepacia
要素Cif-like 1 wild-type
キーワードHYDROLASE / Octamer / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Hydrolase
機能・相同性情報
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Taher, N.M. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI091699 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM113240 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37-AI83256-06 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20-GM113132 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30-DK117469 米国
Cystic Fibrosis FoundationSTANTO19R0 米国
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural characterization of two cif-like epoxide hydrolases from Burkholderia cenocepacia .
著者: Taher, N.M. / Hvorecny, K.L. / Burke, C.M. / Gilman, M.S.A. / Heussler, G.E. / Adolf-Bryfogle, J. / Bahl, C.D. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cif-like 1 wild-type
B: Cif-like 1 wild-type
C: Cif-like 1 wild-type
D: Cif-like 1 wild-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,1574
ポリマ－138,1574
非ポリマー00
水10,881604
1
A: Cif-like 1 wild-type
C: Cif-like 1 wild-type

A: Cif-like 1 wild-type
C: Cif-like 1 wild-type

A: Cif-like 1 wild-type
C: Cif-like 1 wild-type

A: Cif-like 1 wild-type
C: Cif-like 1 wild-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,3158
ポリマ－276,3158
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area18110 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area78300 Å2
手法PISA
2
B: Cif-like 1 wild-type
D: Cif-like 1 wild-type

B: Cif-like 1 wild-type
D: Cif-like 1 wild-type

B: Cif-like 1 wild-type
D: Cif-like 1 wild-type

B: Cif-like 1 wild-type
D: Cif-like 1 wild-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,3158
ポリマ－276,3158
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area17670 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area79090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.150, 132.150, 341.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-463-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 11 - 304 / Label seq-ID: 11 - 304

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

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要素

#1: タンパク質
Cif-like 1 wild-type


分子量: 34539.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM1529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EJL9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 750 mM potassium sodium tartrate, 100 mM HEPES pH 8.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.63 Å / Num. obs: 76696 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 11911 / CC1/2: 0.794

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2


解像度: 2.2→48.63 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 3819 4.99 %
Rwork0.1801 72782 -
obs0.1817 76601 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.92 Å2 / Biso mean: 42.2694 Å2 / Biso min: 24.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9276 0 0 604 9880
Biso mean---44.48 -
残基数----1176
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5672X-RAY DIFFRACTION8.791TORSIONAL
12B5672X-RAY DIFFRACTION8.791TORSIONAL
13C5672X-RAY DIFFRACTION8.791TORSIONAL
14D5672X-RAY DIFFRACTION8.791TORSIONAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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