PDB-7jqy: Crystal structure of Cfl1-D123S from Burkholderia cenocepacia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jqy

タイトル

Crystal structure of Cfl1-D123S from Burkholderia cenocepacia

要素

Cif-like 1

キーワード

HYDROLASE / Octamer / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Taher, N.M. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM113240	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R37-AI83256-06	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20-GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	P30-DK117469	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural characterization of two cif-like epoxide hydrolases from Burkholderia cenocepacia .
著者: Taher, N.M. / Hvorecny, K.L. / Burke, C.M. / Gilman, M.S.A. / Heussler, G.E. / Adolf-Bryfogle, J. / Bahl, C.D. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jqy.cif.gz	914.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jqy.ent.gz	765.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jqxC 7jqzC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jqx-2 7jqx-1 1glc-1 2zfa-1 1gla-1 2nli-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cif-like 1

B: Cif-like 1

C: Cif-like 1

D: Cif-like 1

E: Cif-like 1

F: Cif-like 1

G: Cif-like 1

H: Cif-like 1

276 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Cif-like 1

B: Cif-like 1

A: Cif-like 1

B: Cif-like 1

G: Cif-like 1

E: Cif-like 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
276 kDa, 8 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	1_565	x,y+1,z	1
crystal symmetry operation	2_566	-x,y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_455	x-1/2,y+1/2,z	1
crystal symmetry operation	4_556	-x+1/2,y+1/2,-z+1	1

2

C: Cif-like 1

D: Cif-like 1

F: Cif-like 1

H: Cif-like 1

C: Cif-like 1

D: Cif-like 1

F: Cif-like 1

H: Cif-like 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
276 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	195.000, 98.400, 170.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.600, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-426- HOH
2	1	D-445- HOH
3	1	H-429- HOH

#1: タンパク質	Cif-like 1 分子量: 34511.316 Da / 分子数: 8 / 変異: D123S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM1529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EJL9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cif-like 1

分子量: 34511.316 Da / 分子数: 8 / 変異: D123S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM1529 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EJL9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 6% ethylene glycol, 8% PEG 8000, 100 mM HEPES pH 7.6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.367 Å / Num. obs: 152155 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.96
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / Num. unique obs: 23995 / CC_1/2: 0.781

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 2.15→44.71 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	7615	5.01 %
R_work	0.2089	144390	-
obs	0.2104	152005	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.71 Å² / B_iso mean: 57.0318 Å² / B_iso min: 23.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→44.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18502	0	0	787	19289
B_iso mean	-	-	-	45.61	-
残基数	-	-	-	-	2348

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.18 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4105	379	-
R_work	0.3516	4177	-
obs	-	-	90 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0256	-0.0007	-0.0255	-0.0018	0.0079	0.0071	0.036	-0.0077	-0.1349	0.1216	-0.0195	-0.0096	0.0692	-0.031	-0	0.448	0.0208	-0.0533	0.3357	0.0176	0.3222	-22.7933	8.4865	72.596
2	0.0287	-0.0002	-0.0186	0.0024	-0.0279	0.0152	0.0183	-0.0248	0.0269	0.014	-0.0224	-0.1328	-0.0186	0.1162	0	0.2964	0.044	-0.0462	0.2898	0.0053	0.3155	-11.4753	16.0157	73.9595
3	0.1036	0.0586	-0.0097	0.118	0.0839	0.1473	0.0017	0.0593	0.0848	0.0031	0.007	-0.0488	0.0374	0.0075	-0	0.3115	-0.0001	-0.0037	0.2661	0.0094	0.3037	-13.3591	24.5523	65.2504
4	0.0136	-0.0145	-0.0044	0.0262	0.023	0.0289	-0.0101	0.0741	0.0689	-0.1059	0.0238	-0.0728	0.0658	0.0623	-0	0.3213	0.0182	0.0012	0.3279	0.0067	0.2803	-8.8043	14.4483	54.0608
5	0.0149	0.0135	0.0243	0.009	0.0152	0.0164	0.0053	-0.0933	-0.0338	-0.0578	-0.0536	0.002	0.1583	-0.0131	-0	0.438	-0.0202	-0.0407	0.3571	0.0096	0.3052	-39.0805	8.4792	91.9389
6	0.0282	0.0287	0.0252	0.0103	-0.0196	0.0396	0.0788	-0.1987	-0.046	0.0627	-0.0586	-0.0393	-0.0105	-0.0636	-0	0.3395	-0.0297	-0.0282	0.3302	0.0182	0.1708	-37.829	12.0375	101.5094
7	0.1153	0.0686	0.0421	0.0805	-0.0701	0.0787	0.0387	-0.2813	0.2473	-0.0186	-0.0117	-0.0159	0.0276	-0.0148	0	0.241	0.0222	-0.0361	0.3597	-0.0775	0.1964	-30.8443	25.9548	101.982
8	0.0233	-0.0098	0.0053	-0.0009	0.0112	0.0111	0.0508	-0.2624	-0.038	-0.005	-0.0564	-0.2358	0.1032	0.1551	-0	0.3785	0.0127	-0.0761	0.4749	0.017	0.2974	-20.0908	13.0608	105.4027
9	0.009	0.0102	-0.0197	0.0012	0.0063	0.0007	-0.0181	-0.0626	-0.0185	0.0454	-0.0574	-0.1066	0.0028	0.1719	0	0.4238	0.0256	-0.0269	0.5882	-0.0665	0.3833	8.2671	-2.1111	32.4628
10	0.0099	-0.0035	-0.009	0.005	-0.0232	0.0048	-0.0208	-0.0369	-0.1155	0.0274	0.0614	-0.0262	0.1228	0.0401	0	0.3933	0.0348	-0.0069	0.3278	0.0257	0.2818	-2.26	-9.7887	32.0732
11	0.0468	-0.0224	-0.1113	0.0866	0.0798	0.1558	0.0335	0.0565	-0.0387	0.053	0.0304	0.0619	0.0442	-0.0388	0	0.3943	0.0129	0.0309	0.3516	-0.0096	0.3178	-11.3348	-4.4174	30.3394
12	0.0217	-0.0955	-0.0155	0.04	0.0319	0.083	0.007	0.0467	0.0236	0.0093	0.0268	0.0131	0.0236	-0.1117	0	0.3691	-0.0254	0.0156	0.3835	-0.0155	0.3297	-12.0996	2.1965	27.5282
13	0.0097	-0.0096	-0.0148	0.0188	0.0175	0.0149	-0.0459	-0.0644	-0.021	0.191	0.0677	0.0246	0.0553	0.0092	0	0.3928	0.0088	0.0188	0.3563	-0.0061	0.2901	-11.4325	3.889	43.4623
14	0.0155	0.0041	0.0188	0.0045	0.0097	0.013	0.0035	-0.0609	0.0334	0.096	0.1015	-0.0787	-0.0274	0.037	0	0.3681	0.0728	-0.06	0.9113	-0.0266	0.3792	27.22	-4.9152	17.4798
15	0.0087	0.0015	0.0021	0.0315	-0.002	-0.0053	0.0227	0.0349	0.0016	-0.0202	0.0763	-0.1401	0.1031	0.2439	0	0.3698	0.2008	-0.0156	0.8019	-0.0233	0.3089	29.1184	-12.937	10.8021
16	0.0476	-0.0219	-0.0554	0.026	-0.0318	0.1622	-0.1374	-0.0863	0.1693	-0.0134	0.0803	0.1032	0.1934	0.4103	-0	0.4128	0.127	0.0594	0.486	0	0.239	16.4265	-16.6732	3.8118
17	0.0242	0.0104	0.0033	0.0072	-0.019	0.0193	-0.0735	-0.2336	-0.1652	0.0337	-0.0044	-0.0428	0.323	0.2431	-0	0.6335	0.272	0.0401	0.5701	0.078	0.3695	19.8253	-28.1981	12.3701
18	0.0093	-0.0194	-0.0032	0.0081	0.0079	0.0233	0.0386	-0.0329	0.1371	0.1141	-0.1205	-0.1263	0.0696	-0.1429	0	0.4583	0.0688	-0.1266	0.2771	0.0144	1.2416	36.8769	17.6528	72.054
19	0.0047	0.0036	0.0219	-0.0022	-0.0121	0.0355	-0.1858	-0.0528	0.4926	0.0661	-0.1147	-0.1361	0.4914	-0.44	-0	-0.1896	0.5384	-0.1867	-0.4084	0.1525	0.9926	27.059	12.0842	67.8907
20	0.0385	-0.0666	-0.0295	0.0706	0.007	-0.0204	0.0476	0.1917	0.3465	0.0252	-0.0963	-0.0652	0.0718	-0.0478	0	0.3003	0.011	-0.0131	0.265	0.1329	0.6477	33.8529	0.2577	59.348
21	0.0134	0.0045	0.0158	0.0287	-0.0104	0.0284	-0.0332	0.1136	0.1365	-0.1028	-0.0397	-0.1912	-0.023	-0.1482	-0	0.318	0.1641	-0.1107	0.2648	0.4622	1.159	27.6365	15.2135	51.1471
22	0.0033	0.0019	0.0005	0.0032	-0.0069	0.0001	0.1034	0.0474	-0.0596	-0.0205	0.0479	0.0624	-0.1587	-0.1413	-0	0.5501	0.1941	0.0218	0.8598	0.2276	0.4775	-30.3055	19.3184	-14.9088
23	0.0214	-0.0114	-0.0205	0.0117	-0.0097	0.0165	0.1712	0.0581	0.0676	0.029	0.1353	-0.0374	-0.3079	-0.1703	-0	0.4787	0.6459	-0.0285	0.9132	0.4208	0.1574	-34.0849	24.8967	-6.8397
24	0.0322	0.0289	-0.0517	0.0444	-0.0003	0.0955	0.2532	0.1957	-0.1805	0.0455	0.0858	-0.1021	-0.2701	-0.5361	-0	0.43	0.212	0.1534	0.6539	0.1213	0.2309	-29.0356	20.0098	7.0935
25	0.0232	0.0029	-0.0107	0.0124	-0.0121	0.0117	0.0963	0.0904	0.0152	-0.0219	0.1358	0.042	0.0122	-0.1741	-0	0.2231	0.312	0.0775	1.3608	0.1845	0.4588	-44.567	14.2628	3.4335
26	0.0008	-0.015	0.0026	0.0172	-0.0202	0.0019	-0.0495	0.0991	0.2468	-0.048	-0.0867	-0.1257	-0.0332	-0.1053	-0	-0.153	0.772	-0.503	-1.11	1.3782	1.2779	-35.713	-31.2919	50.8253
27	-0.0245	-0.0106	0.0584	0.0749	-0.0251	0.0005	-0.2398	0.4618	0.8357	0.1227	-0.0265	-0.2071	0.1801	-0.0805	0	0.1847	-0.188	0.0603	-1.2995	1.7175	0.211	-28.1906	-46.4032	48.3554
28	0.004	0.0205	-0.0282	0.0137	-0.0141	0.0027	-0.1049	0.0626	0.2456	-0.046	0.0838	-0.0813	-0.0046	0.1485	-0	-0.0189	-0.5824	0.233	-0.0614	1.1976	1.3777	-17.213	-33.6781	46.1005
29	-0.0039	-0.0022	0.0147	0.0601	0.0032	0.0357	0.1434	-0.1838	-0.186	0.0607	0.1349	0.0129	-0.2378	0.2149	-0	0.8034	-0.2531	0.1897	0.5123	-0.2217	0.2597	6.615	28.8632	30.6691
30	0.0394	-0.0107	0.0215	0.0262	-0.0095	0.0493	0.5764	0.1095	-0.1687	-0.0242	0.3319	0.1884	-0.6102	0.2658	0	0.9448	-0.1371	0.5074	0.2233	-0.0002	0.1933	-0.3576	36.0832	16.8436
31	-0.0059	0.0082	-0.0024	0.019	-0.0018	-0.002	0.0881	0.0107	0.0562	0.001	0.1076	-0.0174	-0.1136	0.0764	-0	1.3923	-0.8448	0.3896	-0.1012	-0.6138	0.302	12.052	46.009	23.2627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 32 )	A	11 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 60 )	A	33 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 243 )	A	61 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 303 )	A	244 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 32 )	B	11 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 82 )	B	33 - 82
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 83 through 243 )	B	83 - 243
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 244 through 304 )	B	244 - 304
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 12 through 32 )	C	12 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 33 through 60 )	C	33 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 61 through 186 )	C	61 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 187 through 259 )	C	187 - 259
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 260 through 304 )	C	260 - 304
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 11 through 32 )	D	11 - 32
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 33 through 82 )	D	33 - 82
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 83 through 230 )	D	83 - 230
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 231 through 304 )	D	231 - 304
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 11 through 36 )	E	11 - 36
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 37 through 135 )	E	37 - 135
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 136 through 243 )	E	136 - 243
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 244 through 304 )	E	244 - 304
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 11 through 32 )	F	11 - 32
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 33 through 82 )	F	33 - 82
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 83 through 243 )	F	83 - 243
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 244 through 303 )	F	244 - 303
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 11 through 81 )	G	11 - 81
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 82 through 243 )	G	82 - 243
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 244 through 303 )	G	244 - 303
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 11 through 82 )	H	11 - 82
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 83 through 243 )	H	83 - 243
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resid 244 through 304 )	H	244 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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