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万見
- PDB-7jqd: Crystal Structure of PAC1r in complex with peptide antagonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jqd
タイトルCrystal Structure of PAC1r in complex with peptide antagonist
要素
  • Peptide-43
  • Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST / ECD / Complex / Antagonist / GPCR / SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to reactive oxygen species / development of primary female sexual characteristics / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / positive regulation of cAMP-mediated signaling / NGF-independant TRKA activation / neuropeptide binding / G protein-coupled peptide receptor activity / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol ...negative regulation of response to reactive oxygen species / development of primary female sexual characteristics / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / positive regulation of cAMP-mediated signaling / NGF-independant TRKA activation / neuropeptide binding / G protein-coupled peptide receptor activity / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / peptide hormone binding / adenylate cyclase binding / bicellular tight junction / multicellular organismal response to stress / cAMP-mediated signaling / caveola / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / Glucagon-type ligand receptors / response to estradiol / signaling receptor activity / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / cell differentiation / receptor complex / endosome / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, pituitary adenylate cyclase activating polypeptide type 1 receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like ...GPCR, family 2, pituitary adenylate cyclase activating polypeptide type 1 receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lutzomyia longipalpis (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Piper, D.E. / Hu, E. / Fang-Tsao, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Selective Pituitary Adenylate Cyclase 1 Receptor (PAC1R) Antagonist Peptides Potent in a Maxadilan/PACAP38-Induced Increase in Blood Flow Pharmacodynamic Model.
著者: Hu, E. / Hong, F.T. / Aral, J. / Long, J. / Piper, D.E. / Poppe, L. / Andrews, K.L. / Hager, T. / Davis, C. / Li, H. / Wong, P. / Gavva, N. / Shi, L. / Zhu, D.X.D. / Lehto, S.G. / Xu, C. / Miranda, L.P.
履歴
登録2020年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor
B: Peptide-43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2482
ポリマ－16,2482
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Activity assays
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.680, 67.680, 56.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide type I receptor / PACAP-R1


分子量: 11858.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-143 / 変異: A18G, P19S, A20M, M21A, C25G, del(89-109) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCYAP1R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41586
#2: タンパク質・ペプチド Peptide-43


分子量: 4390.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lutzomyia longipalpis (昆虫)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 20% PEG3000, 0.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射モノクロメーター: single crystal cylindrically bent Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.1 Å / Num. obs: 3871 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 45.67 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 20415 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.835.30.96326925080.7260.4451.0651.899.9
8.95-29.14.30.1255481280.9860.0650.1419.195.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIXdev-2328_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2JOD

2jod


解像度: 2.7→29.096 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 397 10.29 %
Rwork0.2037 3462 -
obs0.2125 3859 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.18 Å2 / Biso mean: 47.2662 Å2 / Biso min: 25.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 0 8 984
Biso mean---37.84 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9381354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.956611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7001-3.09040.32641410.2439111399
3.0904-3.89210.31871140.2061114498
3.8921-29.0960.26291420.1894120598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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