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- PDB-3zh7: The structure of crystal form II of Haemophilus influenzae protein E -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zh7 | |||||||||
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Title | The structure of crystal form II of Haemophilus influenzae protein E | |||||||||
![]() | (PROTEIN E) x 2 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Singh, B. / Al-Jubair, T. / Riesbeck, K. / Thunnissen, M.M.G.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The Unique Structure of Haemophilus Influenzae Protein E Reveals Multiple Binding Sites for Host Factors. Authors: Singh, B. / Al-Jubair, T. / Morgelin, M. / Thunnissen, M.M. / Riesbeck, K. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 161.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 137.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.2825, -0.2293, -0.9315), Vector: |
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Components
#1: Protein | Mass: 14719.706 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Protein | Mass: 14861.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.75 Å3/Da / Density % sol: 29.7 % Description: STRUCTURE WAS SOLVED WITH STRUCTURE FROM OTHER CRYSTAL FORM OF PE. |
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Crystal grow | Details: 100 MM BISTRIS PROPANE PH 6.5, 200 MM NAI AND 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2011 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→29 Å / Num. obs: 12867 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.94 |
Reflection shell | Highest resolution: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 79.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.955 Å2 / ksol: 0.439 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.102→28.298 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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