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- PDB-3zh6: The structure of Haemophilus influenzae Se_Met form of protein E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zh6
タイトルThe structure of Haemophilus influenzae Se_Met form of protein E
要素PROTEIN E
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性Surface-adhesin protein E / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.292 Å
データ登録者Singh, B. / Al-Jubair, T. / Riesbeck, K. / Thunnissen, M.M.G.M.
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2013
タイトル: The Unique Structure of Haemophilus Influenzae Protein E Reveals Multiple Binding Sites for Host Factors.
著者: Singh, B. / Al-Jubair, T. / Morgelin, M. / Thunnissen, M.M. / Riesbeck, K.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Other
改定 1.32015年4月29日Group: Data collection
改定 1.42018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN E
B: PROTEIN E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0382
ポリマ－31,0382
非ポリマー00
水2,144119
1
A: PROTEIN E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5191
ポリマ－15,5191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5191
ポリマ－15,5191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.085, 56.884, 61.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9995, -0.0088, 0.0295), (0.009, -0.9999, 0.0069), (0.0294, 0.0072, 0.9995)
ベクター: 49.5817, 74.1364, -0.9634)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN E


分子量: 15519.126 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
プラスミド: PET26PEL43, 74M / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): 834 / 参照: UniProt: C4F5U7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM MES, PH 6, 200 MM NACL AND 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9700, 0.97918, 0.97942
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
20.979181
30.979421
反射解像度: 2.3→29 Å / Num. obs: 101090 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 26.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.292→28.93 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 616 4.9 %
Rwork0.1868 --
obs0.1901 12573 92.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.062 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1445 Å20 Å2-9.929 Å2
2---14.7835 Å20 Å2
3---20.928 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.292→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 0 0 119 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2082985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2921-2.52270.34751370.27392673X-RAY DIFFRACTION83
2.5227-2.88740.29761510.23642902X-RAY DIFFRACTION90
2.8874-3.63670.26741710.17923120X-RAY DIFFRACTION96
3.6367-28.93190.20231570.15473262X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3194-0.15930.30740.5105-0.23410.51610.24830.11630.0535-0.2775-0.13380.28030.78080.0388-0.05390.47090.0371-0.00850.22260.03170.289629.310315.364547.1118
20.48310.0007-0.0340.875-0.00820.19770.0911-0.11190.2373-0.6624-0.10240.33610.0517-0.06870.52040.28210.0174-0.10470.09170.00440.119926.998927.742252.1354
30.1084-0.0276-0.0055-0.001-0.02650.01410.0546-0.0797-0.1341-0.2696-0.16320.14810.04650.096-0.65740.22580.0242-0.06160.12090.08790.186223.316726.211451.1774
40.4213-0.3982-0.14440.35510.16920.80110.0703-0.0597-0.1342-0.2469-0.01170.1655-0.2114-0.1119-0.00060.18510.0208-0.05380.1019-0.06970.288818.802654.658650.2579
50.60680.06690.03510.70690.1670.42810.0083-0.0982-0.1933-0.316-0.06450.1528-0.0553-0.0095-0.0680.15720.02590.03070.082100.171625.453747.286551.3203
60.09660.06180.07530.13590.10110.1711-0.0114-0.12820.0956-0.3092-0.09250.1892-0.17520.0336-0.36730.28180.1239-0.08720.1149-0.2623-0.030527.781948.082450.2272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 12:49)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 50:107)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 108:142)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 12:59)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 60:108)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 109:140)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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