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- PDB-7jp2: Crystal structure of TP0037 from Treponema pallidum, a D-lactate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jp2
タイトルCrystal structure of TP0037 from Treponema pallidum, a D-lactate dehydrogenase
要素D-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-lactate dehydrogenase / spirochete / acetogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase / D-lactate dehydrogenase activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Biophysical and Biochemical Characterization of TP0037, a d-Lactate Dehydrogenase, Supports an Acetogenic Energy Conservation Pathway in Treponema pallidum.
著者: Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Norgard, M.V. / Brautigam, C.A.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-lactate dehydrogenase
B: D-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,08910
ポリマ－74,6452
非ポリマー4438
水11,584643
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Also, sedimentation velocity analytical ultracentrifugation was performed.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.660, 94.687, 101.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-lactate dehydrogenase / D-LDH / D-specific 2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 37322.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
遺伝子: ldhD, TP_0037 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83080, D-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium-potassium phosphate, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 143109 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.469 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 618853
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.38-1.44.30.29670710.9230.1570.3370.43798.8
1.4-1.434.40.25870750.9410.1360.2920.4599.7
1.43-1.464.30.22771270.9440.120.2570.45799.7
1.46-1.494.30.270720.9610.1060.2270.4499.7
1.49-1.524.20.16970890.9710.0910.1920.4499.6
1.52-1.5540.15370670.9690.0850.1760.44999.2
1.55-1.594.30.13371190.9820.0710.1520.43299.7
1.59-1.644.50.12171180.9870.0630.1370.42799.6
1.64-1.684.40.10671400.9890.0560.120.42999.8
1.68-1.744.40.09570860.9910.050.1070.4399.6
1.74-1.84.30.0871350.9920.0430.0920.43499.7
1.8-1.8740.06870660.9940.0380.0780.42298.7
1.87-1.964.50.0671670.9960.0310.0670.44999.6
1.96-2.064.50.0571600.9970.0260.0570.44299.8
2.06-2.194.40.04471720.9970.0230.050.45399.8
2.19-2.364.10.03971490.9970.0220.0450.45998.9
2.36-2.64.60.03672150.9980.0190.0410.46599.6
2.6-2.974.50.03572590.9980.0190.040.54899.9
2.97-3.754.20.03172640.9980.0170.0360.63499
3.75-504.30.02975580.9980.0160.0330.67599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XDW

1xdw


解像度: 1.38→38.082 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.158 7172 5.01 %
Rwork0.1358 135844 -
obs0.1369 143016 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.42 Å2 / Biso mean: 14.866 Å2 / Biso min: 3.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→38.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5186 0 62 643 5891
Biso mean--28.17 22.83 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9017531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5812077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3804-1.39610.17132090.1286441197
1.3961-1.41250.18362210.12254502100
1.4125-1.42970.15012570.12034470100
1.4297-1.44780.15222250.11354503100
1.4478-1.46690.16142250.11644502100
1.4669-1.4870.16222340.11874501100
1.487-1.50820.16552660.1084447699
1.5082-1.53080.1452390.10454474100
1.5308-1.55470.13662620.1024446099
1.5547-1.58020.14652150.10124543100
1.5802-1.60740.1522410.10324479100
1.6074-1.63660.15162210.10584535100
1.6366-1.66810.14452420.10864496100
1.6681-1.70220.14272480.10754497100
1.7022-1.73920.13472380.11034500100
1.7392-1.77960.14792430.11494556100
1.7796-1.82410.14962590.11624482100
1.8241-1.87350.14622130.1208446598
1.8735-1.92860.15262150.1234573100
1.9286-1.99080.14612470.12344521100
1.9908-2.0620.14992470.12994524100
2.062-2.14450.14722420.1294543100
2.1445-2.24210.16112210.134566100
2.2421-2.36030.14732210.1295452599
2.3603-2.50820.15252260.13364571100
2.5082-2.70180.15592400.14554598100
2.7018-2.97360.17012510.16124583100
2.9736-3.40360.1782360.1634459999
3.4036-4.28730.152630.15614628100
4.2873-38.0820.18763050.1744476199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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