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万見
- PDB-1xdw: NAD+-dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase from Acidamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdw
タイトルNAD+-dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase from Acidaminococcus fermentans
要素NAD+-dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural variant of the bab Rossmann fold
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Martins, B.M. / Macedo-Ribeiro, S. / Bresser, J. / Buckel, W. / Messerschmidt, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for stereo-specific catalysis in NAD(+)-dependent (R)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase from Acidaminococcus fermentans.
著者: Martins, B.M. / Macedo-Ribeiro, S. / Bresser, J. / Buckel, W. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2004年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD+-dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6311
ポリマ－36,6311
非ポリマー00
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.490, 67.490, 312.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NAD+-dependent (R)-2-Hydroxyglutarate Dehydrogenase


分子量: 36631.152 Da / 分子数: 1 / 断片: HGDH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
遺伝子: hgh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15-18 % PEG MME 2000 or PEG 2000, and 0.2 M sodium or lithium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.2545, 1.2555, 1.0500
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25451
21.25551
31.051
反射解像度: 1.98→20 Å / Num. all: 30959 / Num. obs: 28589 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 20.99 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 28.17
反射 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.84 / Num. unique all: 1728 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.98→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.171 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22532 1492 5 %RANDOM
Rwork0.17726 ---
obs0.17966 28589 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20.55 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 0 403 2967
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9643444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87935400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9435330
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2570.22744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0910.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3190.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1441.51635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85122622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0423908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7124.5822
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.357 95
Rwork0.301 1728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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