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- PDB-7jni: Crystal structure of the angiotensin II type 2 receptoror (AT2R) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jni
タイトルCrystal structure of the angiotensin II type 2 receptoror (AT2R) in complex with EMA401
要素Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / angiotensin II type 2 receptor / AT2R / EMA401 / PD-126055 / G protein-coupled receptor / GPCR / BRIL fusion / Glioblastoma / GBM / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of metanephros size / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / angiotensin type II receptor activity / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / positive regulation of metanephric glomerulus development / receptor antagonist activity / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis ...regulation of metanephros size / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / angiotensin type II receptor activity / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / positive regulation of metanephric glomerulus development / receptor antagonist activity / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of heart rate / exploration behavior / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / blood vessel remodeling / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Peptide ligand-binding receptors / electron transport chain / negative regulation of cell growth / brain development / regulation of blood pressure / vasodilation / neuron apoptotic process / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 2 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / HEXANE-1,6-DIOL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Olodanrigan / Soluble cytochrome b562 / Type-2 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Cherezov, V. / Shaye, H. / Han, G.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Inhibition of the angiotensin II type 2 receptor AT 2 R is a novel therapeutic strategy for glioblastoma.
著者: Perryman, R. / Renziehausen, A. / Shaye, H. / Kostagianni, A.D. / Tsiailanis, A.D. / Thorne, T. / Chatziathanasiadou, M.V. / Sivolapenko, G.B. / El Mubarak, M.A. / Han, G.W. / Zarzycka, B. / ...著者: Perryman, R. / Renziehausen, A. / Shaye, H. / Kostagianni, A.D. / Tsiailanis, A.D. / Thorne, T. / Chatziathanasiadou, M.V. / Sivolapenko, G.B. / El Mubarak, M.A. / Han, G.W. / Zarzycka, B. / Katritch, V. / Lebon, G. / Lo Nigro, C. / Lattanzio, L. / Morse, S.V. / Choi, J.J. / O'Neill, K. / Kanaki, Z. / Klinakis, A. / Crook, T. / Cherezov, V. / Tzakos, A.G. / Syed, N.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
B: Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,73413
ポリマ－93,3552
非ポリマー3,37911
水724
1
A: Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,26610
ポリマ－46,6781
非ポリマー2,5899
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4683
ポリマ－46,6781
非ポリマー7902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.658, 68.090, 89.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 42 through 43 and (name N...
21(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...
12(chain A and (resid 1001 through 1014 or (resid 1015...
22(chain B and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSPHEPHE(chain A and ((resid 42 through 43 and (name N...AA42 - 333119 - 410
121LYSLYSPHEPHE(chain A and ((resid 42 through 43 and (name N...AA42 - 333119 - 410
131LYSLYSPHEPHE(chain A and ((resid 42 through 43 and (name N...AA42 - 333119 - 410
141LYSLYSPHEPHE(chain A and ((resid 42 through 43 and (name N...AA42 - 333119 - 410
211LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...BB42 - 333119 - 410
221LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...BB42 - 333119 - 410
231LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...BB42 - 333119 - 410
241LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...BB42 - 333119 - 410
251LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...BB42 - 333119 - 410
261LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 42 through 246 or (resid 247...BB42 - 333119 - 410
112ALAALALEULEU(chain C and (resid 1001 through 1014 or (resid 1015...AA1001 - 11062 - 107
122ALAALALEULEU(chain C and (resid 1001 through 1014 or (resid 1015...AA1001 - 11062 - 107
132ALAALALEULEU(chain C and (resid 1001 through 1014 or (resid 1015...AA1001 - 11062 - 107
142ALAALALEULEU(chain C and (resid 1001 through 1014 or (resid 1015...AA1001 - 11062 - 107
152ALAALALEULEU(chain C and (resid 1001 through 1014 or (resid 1015...AA1001 - 11062 - 107
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212ALAALALEULEU(chain D and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...BB1001 - 11062 - 107
222ALAALALEULEU(chain D and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...BB1001 - 11062 - 107
232ALAALALEULEU(chain D and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...BB1001 - 11062 - 107
242ALAALALEULEU(chain D and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...BB1001 - 11062 - 107
252TYRTYRLEULEU(chain D and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...BB1101 - 1106102 - 107
262TYRTYRLEULEU(chain D and (resid 1001 through 1103 or (resid 1104...BB1101 - 1106102 - 107

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The authors state that the biological unit is unknown

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor / Cytochrome b-562 / Angiotensin II type-2 receptor / AT2


分子量: 46677.695 Da / 分子数: 2 / 変異: M29W,H124I,R128L in cyt b562 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, AGTR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P50052

-
非ポリマー , 6種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-VFD / Olodanrigan / EMA401 / (3S)-5-(benzyloxy)-2-(diphenylacetyl)-6-methoxy-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxylic acid / EMA-401


分子量: 507.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H29NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Tris-HCl pH 8.0, Potassium Formate, PEG400, and 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→32.72 Å / Num. obs: 17858 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 844 / CC star: 0.68 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 5UNH

5unh


解像度: 3→32.72 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2726 862 4.83 %
Rwork0.2343 16968 -
obs0.2361 17830 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 239.83 Å2 / Biso mean: 96.1298 Å2 / Biso min: 38.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→32.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6342 0 226 4 6572
Biso mean--76.26 55.88 -
残基数----805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5519106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5812403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031127
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2646X-RAY DIFFRACTION12.523TORSIONAL
12B2646X-RAY DIFFRACTION12.523TORSIONAL
21A956X-RAY DIFFRACTION12.523TORSIONAL
22B956X-RAY DIFFRACTION12.523TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.180.34981430.3315263992
3.18-3.430.34961520.29286899
3.43-3.770.31521410.2536283698
3.77-4.310.24991490.2265286898
4.31-5.430.23031340.2129286398
5.43-32.720.26011430.2113289497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1016-0.2763-0.30252.3927-0.27753.19630.1656-0.36610.00940.1598-0.0797-0.01490.23760.0704-00.56660.0320.01580.393-0.02390.536634.8781-12.27478.9229
20.5092-0.16710.18190.9180.71540.5578-0.5271-1.27942.35920.15380.4556-1.3375-0.46120.8598-0.01870.7497-0.0358-0.06711.2529-0.33141.156749.2338-0.99421.2639
30.04970.4106-0.42612.3179-0.11432.042-0.0950.0149-0.00810.21320.33690.33580.1713-0.3603-00.60110.0336-0.03080.58780.00330.727519.05421.87358.2723
40.89870.29570.37332.3653-0.46991.9230.17530.23560.1182-0.292-0.1301-0.44210.01850.252100.59080.02980.04060.38810.0260.598642.9846-1.2611-1.285
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61.191-0.3289-1.60411.42990.03513.0267-0.3189-1.1418-0.53820.3830.57180.3720.53310.0052-0.00130.81570.17330.11171.12990.36220.835830.4746-27.911733.7194
70.22550.2364-0.56731.5505-0.53411.3839-0.8369-0.50450.5245-0.59830.10280.8374-0.3545-0.4309-0.00080.7310.0307-0.04640.81030.00590.951720.3626-20.168817.4394
80.17420.1330.60460.69690.03921.156-0.1958-1.2759-0.18720.57990.00120.04120.8319-0.1419-0.00410.7550.1203-0.06891.6640.13280.67848.8784-16.986832.0881
90.5877-0.2278-1.11223.81260.28592.4569-0.4406-1.4582-0.49620.52450.55850.38750.10660.4765-0.02180.7710.30860.10251.58940.08730.5225.1182-12.330838.5052
100.0889-0.07350.05320.0558-0.0250.02490.2584-0.38170.0006-0.7332-0.58120.62450.27320.7443-0.00011.0438-0.04310.18421.23190.11671.47265.5718-21.194631.7792
111.39471.29860.06113.3817-1.32071.2222-0.11760.04020.437-0.191-0.0723-0.7067-0.26110.30500.7473-0.00370.00240.71360.02050.98422.288518.36116.2067
121.5330.84860.95022.2875-0.43691.1524-0.24080.7398-0.8797-0.31870.04950.2360.4544-0.4250.00010.75570.0983-0.0810.8903-0.09840.8337-3.11310.9933-2.534
130.64380.14310.66031.65750.03920.730.0806-0.33760.29050.05770.074-0.7971-0.05710.21820.00010.76930.1580.11150.87570.08010.92181.09398.378.2597
140.509-0.01160.38641.34270.74260.68720.3545-1.1439-0.18160.5630.2390.6726-0.8004-1.4406-0.00121.10190.04220.09921.4210.16450.847662.87597.114842.8845
150.486-0.09630.1170.4060.42720.4777-0.6428-0.6725-0.7878-0.0834-0.3577-0.53311.42870.77720.00011.1186-0.0037-0.05371.07120.22761.277568.594-3.309346.4174
160.3129-0.6176-0.07491.65080.27440.0464-0.0938-0.2621-0.22280.9618-0.46110.2106-0.04750.00910.00730.9927-0.1678-0.08641.50720.0340.894361.1228-0.6635.914
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 39 through 147 )A39 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 148 through 174 )A148 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 220 )A175 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 221 through 318 )A221 - 318
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 319 through 334 )A319 - 334
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 42 through 147 )B42 - 147
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 148 through 174 )B148 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 175 through 220 )B175 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 221 through 318 )B221 - 318
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 319 through 333 )B319 - 333
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1001 through 1048 )A1001 - 1048
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1049 through 1080 )A1049 - 1080
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 1081 through 1106 and resid 900 through 903 and resid 35)A1081 - 35
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1001 through 1048 )B1001 - 1048
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 1049 through 1080 )B1049 - 1080
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1081 through 1106 )B1081 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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