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- PDB-7jnh: Crystal structure of a double-ENE RNA stability element in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jnh
タイトルCrystal structure of a double-ENE RNA stability element in complex with a 28-mer poly(A) RNA
要素
  • 28-mer poly(A) RNA
  • Core double ENE RNA (Xtal construct) from Oryza sativa transposon,Core double ENE RNA (Xtal construct) from Oryza sativa transposon
キーワードRNA / RNA stability / element for nuclear expression (ENE) / poly(A) tail / major-groove triple helix / quintuple-base transition motif / WC-H A-minor interaction / poly(A) 3-end binding pocket
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / SPERMIDINE / STRONTIUM ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Torabi, S.F. / Vaidya, A.T. / Tycowski, K.T. / DeGregorio, S.J. / Wang, J. / Shu, M.D. / Steitz, T.A. / Steitz, J.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01CA16038 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM022778 米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: RNA stabilization by a poly(A) tail 3'-end binding pocket and other modes of poly(A)-RNA interaction.
著者: Torabi, S.F. / Vaidya, A.T. / Tycowski, K.T. / DeGregorio, S.J. / Wang, J. / Shu, M.D. / Steitz, T.A. / Steitz, J.A.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 28-mer poly(A) RNA
B: Core double ENE RNA (Xtal construct) from Oryza sativa transposon,Core double ENE RNA (Xtal construct) from Oryza sativa transposon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,39124
ポリマ－36,7142
非ポリマー2,67722
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.973, 93.973, 202.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 28-mer poly(A) RNA


分子量: 9172.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 Core double ENE RNA (Xtal construct) from Oryza sativa transposon,Core double ENE RNA (Xtal construct) from Oryza sativa transposon


分子量: 27541.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The terminal C is modified in the structure,The terminal C is modified in the structure
由来: (合成) Oryza sativa (イネ) / 参照: GenBank: AL442105.2

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非ポリマー , 5種, 40分子

#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.97 % / 解説: Rod shaped crystals appeared within 7 to 20 days
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 7.0, 9 mM MgCl2, 1.8 mM cobalt (III) hexamine chloride, 0.9 mM spermidine, 2.5 mM spermine and 5% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9272 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 11859 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 16.4 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.879 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.89-310.23.2930.668120.1990.5760.9793.450.744
2.9-2.9519.57.4856460.1411.7097.6820.72499.8
2.95-3.0119.54.956220.3041.135.0790.74799.8
3.01-3.0719.43.7346300.5050.8533.8320.72299.7
3.07-3.14192.2146500.7630.5132.2730.74199.8
3.14-3.2118.51.3586190.920.321.3960.76999.8
3.21-3.2917.31.1126290.8850.2711.1460.76199.4
3.29-3.3818.20.9676450.9490.2280.9940.76599.7
3.38-3.48200.7896350.9650.1780.8090.78499.8
3.48-3.5919.90.6316370.9730.1430.6480.79499.7
3.59-3.7219.50.5046490.9860.1160.5170.8699.8
3.72-3.8719.30.356380.9910.0810.3590.868100
3.87-4.0418.90.2676470.9930.0620.2740.93299.8
4.04-4.2617.70.2276530.9930.0550.2340.948100
4.26-4.5217.80.1676590.9980.0410.1721.043100
4.52-4.8719.50.1396540.9970.0320.1431.074100
4.87-5.36190.116650.9970.0260.1131.155100
5.36-6.1417.90.0866810.9980.0210.0891.152100
6.14-7.7317.50.0616950.9990.0150.0630.96899.4
7.73-5015.90.0477760.9980.0130.0491.00699.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: dENE

解像度: 2.89→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 16.955 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.707 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 581 4.9 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1862 11269 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 228.3 Å2 / Biso mean: 108.846 Å2 / Biso min: 75.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å2-0 Å2
2--0.7 Å2-0 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2324 121 0 2445
Biso mean--148.24 --
残基数----111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0112700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9511.3924284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6752.9833067
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02564
LS精密化 シェル解像度: 2.895→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 22 -
Rwork0.454 564 -
all-586 -
obs--64.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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