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- PDB-3gab: C-terminal domain of Bacillus subtilis MutL crystal form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gab
タイトルC-terminal domain of Bacillus subtilis MutL crystal form I
要素DNA mismatch repair protein mutL
キーワードHYDROLASE / mismatch repair / endonuclease activity / DNA damage / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain ...MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guarne, A. / Pillon, M.C. / Lorenowicz, J.J. / Mitchell, R.R. / Chung, Y.S. / Friedhoff, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structure of the endonuclease domain of MutL: unlicensed to cut.
著者: Pillon, M.C. / Lorenowicz, J.J. / Uckelmann, M. / Klocko, A.D. / Mitchell, R.R. / Chung, Y.S. / Modrich, P. / Walker, G.C. / Simmons, L.A. / Friedhoff, P. / Guarne, A.
履歴
登録2009年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein mutL
B: DNA mismatch repair protein mutL
C: DNA mismatch repair protein mutL
D: DNA mismatch repair protein mutL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4694
ポリマ－91,4694
非ポリマー00
水1,820101
1
A: DNA mismatch repair protein mutL

A: DNA mismatch repair protein mutL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7342
ポリマ－45,7342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area2160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
B: DNA mismatch repair protein mutL
C: DNA mismatch repair protein mutL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7342
ポリマ－45,7342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
3
D: DNA mismatch repair protein mutL

D: DNA mismatch repair protein mutL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7342
ポリマ－45,7342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area2080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.288, 94.894, 218.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
DNA mismatch repair protein mutL


分子量: 22867.223 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 434-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cloned using NcoI and XhoI restriction sites / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU17050, mutL / プラスミド: pProEXHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) STAR / 参照: UniProt: P49850
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24-29% PEG MME 550, 0.1 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 9, 5% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9792, 0.9794, 0.9686
シンクロトロンNSLS X29A21.0809
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年10月27日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年4月24日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.96861
41.08091
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 37176 / Num. obs: 35660 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 41.5
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2768 / Rsym value: 0.194 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.778 Å / SU ML: 0.02 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1631 5.13 %
Rwork0.2164 --
obs0.2189 31771 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.57 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 136.4 Å2 / Biso mean: 54.988 Å2 / Biso min: 18.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.979 Å20 Å2-0 Å2
2--0.872 Å2-0 Å2
3----3.851 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6015 0 0 101 6116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6098299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5212321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.57360.31831530.25142266241993
2.5736-2.65660.2761280.24672449257798
2.6566-2.75150.34711260.24762516264299
2.7515-2.86160.32131280.252225002628100
2.8616-2.99170.36011390.273625162655100
2.9917-3.14920.31861340.28325052639100
3.1492-3.34630.34281550.251124932648100
3.3463-3.60430.26651410.222825552696100
3.6043-3.96620.23071320.196725292661100
3.9662-4.53840.22251320.175325682700100
4.5384-5.71130.22451390.180425722711100
5.7113-29.780.22651240.19252671279598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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