PDB-3kdg: C-terminal domain of Bacillus subtilis MutL crystal form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kdg

タイトル

C-terminal domain of Bacillus subtilis MutL crystal form II

要素

DNA mismatch repair protein mutL

キーワード

HYDROLASE / Mismatch repair / MutL / endonuclease / DNA damage / DNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guarne, A. / Pillon, M.C.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structure of the endonuclease domain of MutL: unlicensed to cut.
著者: Pillon, M.C. / Lorenowicz, J.J. / Uckelmann, M. / Klocko, A.D. / Mitchell, R.R. / Chung, Y.S. / Modrich, P. / Walker, G.C. / Simmons, L.A. / Friedhoff, P. / Guarne, A.

履歴

登録	2009年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kdg.cif.gz	171.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kdg.ent.gz	135.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gabSC 3kdkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kdk-d 3gab-1 3gab-2 3gab-3 4lav-d 6qd6-9 7jnh-d 6nrl-2 6o01-1 3h94-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA mismatch repair protein mutL

B: DNA mismatch repair protein mutL

45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.417, 74.335, 182.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA mismatch repair protein mutL 分子量: 22867.223 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 434-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU17050, mutL / プラスミド: pProEX HTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P49850
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 NaCl, 0.1 M TRIS pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.282 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 60242 / Num. obs: 60242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2951 / R_sym value: 0.69 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GAB

3gab

解像度: 2→38.88 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2281	3049	5.08 %	random
R_work	0.1906	-	-	-
obs	0.1925	60020	99.15 %	-
all	-	60242	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.559 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.831 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3089	0	0	190	3279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3173
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.875	4280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.388	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	558

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2-2.0174	0.3038	119	0.2284	2214	2214	87
2.0174-2.0505	0.2439	142	0.2135	2617	2617	99
2.0505-2.0858	0.2066	155	0.1941	2658	2658	100
2.0858-2.1238	0.2292	125	0.1986	2558	2558	100
2.1238-2.1646	0.2482	142	0.1952	2549	2549	99
2.1646-2.2088	0.2536	138	0.1922	2666	2666	100
2.2088-2.2568	0.2455	89	0.1894	2627	2627	100
2.2568-2.3093	0.2155	143	0.184	2597	2597	100
2.3093-2.367	0.2348	123	0.186	2622	2622	100
2.367-2.431	0.2393	149	0.1966	2582	2582	99
2.431-2.5026	0.2551	137	0.2101	2632	2632	100
2.5026-2.5833	0.2276	148	0.1918	2603	2603	100
2.5833-2.6756	0.2635	175	0.2044	2527	2527	100
2.6756-2.7827	0.257	149	0.2077	2669	2669	100
2.7827-2.9093	0.2337	137	0.2121	2573	2573	100
2.9093-3.0627	0.2652	131	0.2151	2626	2626	100
3.0627-3.2545	0.2238	114	0.2004	2637	2637	100
3.2545-3.5056	0.1957	142	0.1813	2590	2590	100
3.5056-3.8581	0.2333	123	0.1683	2640	2640	100
3.8581-4.4157	0.1776	166	0.1523	2576	2576	100
4.4157-5.5607	0.2041	162	0.1597	2622	2622	100
5.5607-38.8876	0.2263	140	0.1867	2586	2586	100

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	1.4907	-0.2073	-0.2307	-0.1226	1.0141	1.3543	-0.0014	-0.1787	0.2064	-0.148	-0.0889	-0.0236	-0.1684	0.0193	0.1025	0.0578	0.0138	0.0108	0.0608	0.0242	0.1214	19.4922	8.1595	11.2336
2		0.4268	-0.5724	-0.3524	0.2836	0.4821	0.0792	-0.0426	-0.0903	-0.025	-0.0107	0.0383	-0.0186	-0.0458	0.0019	-0.0048	0.0511	0.0309	-0.0061	0.0652	0.0315	0.063
3		0.7005	0.6254	0.7655	2.1335	0.5648	1.0651	0.4211	-1.2897	0.6047	0.4362	-0.4658	0.6591	0.933	-0.3899	0.1539	0.3642	0.1512	0.1084	0.6931	0.0355	0.261
4		2.2369	-0.399	0.3199	0.2754	0.0783	0.4342	1.0486	-1.2257	0.1799	-0.0232	0.077	-0.0555	-1.2142	0.3111	-0.7673	0.9237	-0.246	0.11	0.6995	-0.1995	0.2591
5		-0.6807	-0.0492	-0.3022	-3.3473	1.721	0.6113	-0.0422	-0.602	0.3144	0.2907	-0.0995	-0.2394	-0.8478	-0.2272	0.0815	0.7199	0.0942	0.0652	0.6204	-0.0766	0.2719
6		0.2479	-0.1596	-0.3543	-0.0958	1.0346	0.3186	0.2958	-0.7764	-0.1927	0.5426	-0.6307	-0.3871	-0.7378	1.1813	0.3229	0.5117	-0.1341	-0.0871	0.8433	0.1083	0.1902
7		1.8535	1.8374	-2.6519	1.748	0.4276	3.9292	0.4707	-0.9042	-0.1467	-0.2606	-0.8441	-0.1056	-0.8807	0.7545	0.2807	0.2921	-0.0078	-0.0307	0.3147	0.1039	0.1612
8		1.2624	0.2011	-1.1322	1.3783	0.3536	0.8327	-1.1341	0.6458	-1.6675	-0.1906	0.0458	-0.2944	0.6798	-0.6469	0.18	-0.2161	0.3015	-0.253	-0.0787	0.4637	-0.0527
9		0.5825	-1.0107	0.0218	0.7258	0.2328	0.0406	-0.0989	-0.0305	-0.094	0.0775	0.1899	0.0574	-0.0191	-0.0873	-0.0702	0.0423	0.02	-0.0131	0.0651	0.0275	0.0992
10		0.0359	-0.2598	0.2935	0.1049	0.2916	0.1786	-0.0108	0.014	-0.027	-0.1275	0.0316	-0.0821	-0.0998	-0.0294	-0.0216	0.1326	-0.035	0.0415	0.0651	0.0393	0.1075
11		0.0558	0.581	-1.1704	-0.4455	1.1603	-0.0941	-0.248	0.0736	-0.1833	-0.1023	-0.0177	-0.2329	0.1928	0.1228	0.1678	0.107	-0.0023	0.0268	0.0763	0.0229	0.1323
12		0.5613	-0.1646	0.0698	0.9939	0.2424	-0.1245	-0.0885	-0.0252	-0.2095	-0.2246	0.1087	0.0086	0.0732	-0.0067	0.0445	0.073	0.0114	0.0362	0.0175	0.0103	0.1034
13		0.2928	-0.6026	-0.173	0.6674	0.0682	0.2491	-0.0396	0.0667	0.1098	-0.0075	-0.0344	-0.0387	-0.0756	-0.0285	0.0296	0.1669	-0.0686	0.045	0.1004	-0.0485	0.0882
14		1.3372	-0.2095	-0.0456	1.1137	0.5516	1.1496	-0.0159	0.589	-0.069	-0.162	-0.0805	-0.0451	0.2734	0.0816	0.0534	0.1033	-0.0371	-0.0178	0.3617	0.0429	0.1154
15		1.5529	0.4148	-1.1781	1.3896	0.0916	1.9106	-0.0161	0.6169	0.0472	-0.2561	-0.0374	-0.1113	0.2386	-0.1517	0.0429	0.1875	-0.0034	0.0076	0.271	0.0212	0.1296
16		0.9738	-0.4126	0.0505	1.0209	-0.2184	0.8598	0.0581	-0.2572	0.1393	0.3748	-0.1291	-0.0826	-0.1781	-0.0232	-0.0091	0.1666	-0.0282	0.0205	0.1118	-0.0073	0.1236
17		2.474	0.0718	-0.9356	0.6509	0.0972	1.6384	0.3826	0.1285	-0.3236	0.0784	-0.1619	-0.1434	0.3715	-0.3323	-0.213	0.3186	-0.1136	-0.1371	0.2516	0.1228	0.3411
18		0.8526	-0.5061	-0.4719	0.2362	0.0929	0.8512	-0.59	-0.1318	-0.1226	-0.6401	0.4293	-0.1884	0.8664	0.0735	0.0985	0.2887	-0.0765	0.0095	0.0205	0.0143	0.1855
19		-0.1116	-0.3559	0.0569	1.0326	0.0845	0.0343	0.0372	-0.0133	-0.0206	-0.1191	0.0072	-0.2282	-0.1313	-0.2357	-0.115	0.0808	-0.0305	0.047	-0.0025	0.0148	0.1468
20		0.8622	-0.2558	-0.0972	3.2993	-0.2839	1.1123	-0.3039	-0.2371	0.2605	0.0342	0.406	-0.6718	-0.017	-0.0733	-0.0551	0.1064	-0.0105	-0.0593	0.1424	-0.0125	0.1762

精密化 TLSグループ

Selection details: chain B and resid 618:625)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)