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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jn7 | ||||||
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タイトル | Human DPP9-CARD8 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE / CARD8 / DPP9 / inflammasome / Val-boroPro (VbP) / talabostat / innate immunity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CARD8 inflammasome complex assembly / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...CARD8 inflammasome complex assembly / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / Regulation of the apoptosome activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of interleukin-1 beta production / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / antiviral innate immune response / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aminopeptidase activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / serine-type peptidase activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / peptidase activity / regulation of apoptotic process / microtubule / defense response to virus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sharif, H. / Hollingsworth, L.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2021 タイトル: Dipeptidyl peptidase 9 sets a threshold for CARD8 inflammasome formation by sequestering its active C-terminal fragment. 著者: Humayun Sharif / L Robert Hollingsworth / Andrew R Griswold / Jeffrey C Hsiao / Qinghui Wang / Daniel A Bachovchin / Hao Wu / 要旨: CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) ...CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) and C-terminal (CT) fragments and binds the cellular dipeptidyl peptidases DPP8 and 9 (DPP8/9). Certain danger-associated signals, including the DPP8/9 inhibitor Val-boroPro (VbP) and HIV protease, induce proteasome-mediated NT degradation and thereby liberate the inflammasome-forming CT. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CARD8 bound to DPP9, revealing a repressive ternary complex consisting of DPP9, full-length CARD8, and CARD8-CT. Unlike NLRP1-CT, CARD8-CT does not interact with the DPP8/9 active site and is not directly displaced by VbP. However, larger DPP8/9 active-site probes can directly weaken this complex in vitro, and VbP itself nevertheless appears to disrupt this complex, perhaps indirectly, in cells. Thus, DPP8/9 inhibitors can activate the CARD8 inflammasome by promoting CARD8 NT degradation and by weakening ternary complex stability. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jn7.cif.gz | 376.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jn7.ent.gz | 306.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jn7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jn7_validation.pdf.gz | 878.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jn7_full_validation.pdf.gz | 901.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jn7_validation.xml.gz | 66.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jn7_validation.cif.gz | 100.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/7jn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/7jn7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22402MC 7jkqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10596 (タイトル: Human DPP9-CARD8 complex-VbP / Data size: 2.1 TB Data #1: Unaligned multi frame micographs of CARD8-DPP9-VbP-noTILT [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi frame micographs of CARD8-DPP9-VbP-TILT [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 101761.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV #2: タンパク質 | 分子量: 60716.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD8, KIAA0955, NDPP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2G2 #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DPP9-CARD8 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pcDNA3.1 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(補正後): 10500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm / Cs: 2.7 mm | |||||||||||||||
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | |||||||||||||||
撮影 | Imaging-ID: 1 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1404573 / 詳細: no tilt dataset | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205538 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6EOQ PDB chain-ID: A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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